李世民称帝之后秦琼“多疾病，”绘图凌烟阁之前便已去世
李世民年少戎马，行为作风更倾向于武将，所以李世民养成了当时文人鲜有的一个好习惯：化敌为友。
隋末天下大乱，英雄辈出，而有一个堪称惊艳前后五百年的农民起义组织，在隋朝的末年，成为了天下人才的储备库、李世民的文武智囊营，这个组织，正是“瓦岗寨”。
唐朝著名的文臣魏征，武将程咬金、秦琼、李勣、张亮等人，都是瓦岗寨出身，从客观角度来说，瓦岗寨是古代鲜有的“顶级农民起义组织”，因为能够出这么多人才的农民起义组织，自古以来根本就没有几个，而对于这个顶级的组织来说，最重要的不是他们的文韬武略，乃是当权者对他们的态度。
李渊从山西起家，打到了长安后，不久便效仿杨坚改朝换代，在关中建立大唐王朝，所以大唐王朝，才是隋朝之后的正朔，除此之外的所有政权，都是割据政权，而李渊得以称帝得天下，既有李世民的劳苦功高，也有隋朝旧贵族们的竭力奉献。
所以这就形成了一个问题，以李渊为代表的旧贵族集团和以李世民为代表的新秀集团，产生了冲突，如果按照旧贵族集团的行事风格来看，瓦岗寨之人，几乎都是不可饶恕的，必须要绳之以法，可在李世民的眼中，瓦岗寨的人都只是想建功立业，可以多加引导，化为己用。
这就是李世民问鼎天下，成为一代贤君的智慧法宝，而秦琼、尉迟敬德这些人愿意跟随李世民，都是因为李世民的这一种不拘小节的风格。
秦琼
从严格的角度来说，秦琼的“履历”很不体面，因为他是典型的“贰臣”，这放在任何时代，敢重用他的人，想必都没有几个，可李世民却将秦琼视为了生死兄弟，这种知遇之恩，让秦琼对李世民死心塌地。
秦琼的黄金时期
秦琼最初是隋朝的一名武官，因为他的骁勇善战，所以被隋朝名将来护儿十分重视，只可惜，秦琼活在了隋炀帝当政的时代，随着大隋三征高句丽的失当，整个天下大乱，而秦琼也在大业十三年（617年）的时候，因为裴仁基投靠瓦岗寨领袖李密，作为裴仁基部下的秦琼，摇身一变被迫成为“起义军”。
不过李密并非是什么蛮野武夫，他本就是名门之后，一个领袖的高度决定了一个组织的高度，在瓦岗寨的日子里，秦琼也颇受重用，特别是在大业十四年（618年）的黎阳之战中，秦琼拼了命救下差点被敌军杀死的李密，这一次的救命之恩让李密对秦琼更加重视。
此时的瓦岗寨人才济济，隋唐时期的名人大多数聚集于此，可瓦岗寨或许是因为太强了，每一个英雄都很独，加之李密有些目中无人的性格，导致在和王世充对抗的邙山之战中，瓦岗寨大败，李密逃跑去投奔了李渊，而秦琼，则是再度转变阵营，成为了王世充的将领。
从隋朝武将的身份，投奔瓦岗寨，又投奔王世充，秦琼这个时候都已经可以说是“三臣”了，可这还不是结束，在武德二年（619年）的时候，秦琼因为对王世充为人的不满，和程咬金等人一同趁唐郑两军对峙，投奔了大唐。
秦琼
严格来说，秦琼这一次投奔，给他留下了很大的隐患，因为秦琼属于是“临阵背叛”。
可当时的李渊却没有追究那么多，因为在李渊看来，安抚好秦琼，本身就是在削弱王世充，因此李渊还是以礼招待了秦琼，然后将秦琼交给了秦王李世民，在整个大唐阵营中，能把秦琼用好的人，确实也只有李世民。
如果李世民是一个在乎背景的人，那么秦琼肯定就不能受用，可在乱世，用人不疑是一个很大的学问，如果坚持以往那种“死忠”观念，那么便是迂腐，因为这些人才都是投机主义者，他们在隋朝崩溃、天下重塑之时寻找机会，为的就是打破阶级改变命运。
他们不是不忠诚，不是不会拼命，只是还没遇到一个能让他们放手一搏的人。
所以李世民的成功在于，他并不太在乎原则，他在乎的是，自己是否有资格能让人打破原则。
要求自己，才能慑服他人。
秦琼跟随李世民上几次战场，便对李世民佩服得五体投地，因为李世民虽然年轻，虽然贵为秦王，可领兵打仗却不输任何一个战场名宿，最重要的是，天子不立于危墙之下，可李世民却屡屡身先士卒，掩护战友，真挚作风的李世民，打动了秦琼。
李世民
李世民也算是捡到宝了，他在秦琼的黄金年代，与秦琼并肩作战，所以两人无敌不破，战无不胜。
武德三年（620年），刘武周依靠着突厥援助的兵力在李渊的老巢山西搞事，李渊本来以为派出自己的心腹大臣将领便能收拾刘武周，可一次次失利让李渊心灰意冷，一度想要放弃山西，而李世民眼见山西将失，便请命讨伐刘武周，自此开启了“柏壁之战”。
刘武周之强，主要是由尉迟敬德和宋金刚来彰显的，所以李世民的计划是，分头击破两人，自己领兵攻打宋金刚，让秦琼等人带兵去攻打尉迟敬德，而秦琼也不负李世民的重任，在美良川击败了尉迟敬德，尉迟敬德最后愿意归降，秦琼有着很大的功劳。
因为有柏壁、美良川之胜，尉迟敬德归降之功，李渊给秦琼赐予了最高的十二转军功，册封上柱国，也是这一次对刘武周的战争，让刘武周向北逃往了突厥，山西危局正式解除。
而在这一战中，李世民和秦琼有很多交换生死信任的细节，讨伐刘武周是奠定李世民和秦琼两人关系的重要节点。
不久后，秦琼又再度跟着李世民讨伐洛阳的王世充，跟着新主讨伐旧主，秦琼或许有别样的心情，但更关键的问题是，李世民能放心吗？
李世民
李世民之所以是李世民，正因为他放心，不仅放心，还将最精锐的“玄甲军”交给了秦琼和尉迟敬德、程咬金、翟长孙，“秦王世民选精锐千余骑，皆皂衣玄甲，分为左右队，使秦叔宝、程知节、尉迟敬德、翟长孙分将之。”玄甲军一共四支军队，而这四个将领要不就是半路投靠的，要不就是招降的，根本没有一个从头到尾都是原装的“唐人”，但这就是李世民的魄力。
既然李世民信得过，他们就拿命去拼，在洛阳之役中，李世民以少败多，在虎牢关大战一举解决了窦建德和王世充两方联盟，此时的大唐已然稳住了天下之主的位置，结束了群雄割据的阶段，正式进入一统天下的阶段。
秦琼也因为参与平定王世充、窦建德之功被封为翼国公，这是秦琼的高光时刻，也是他人生的巅峰时刻，不过在此之后，秦琼便进入了“衰弱期”。
李世民称帝之后的秦琼
隋唐交际，天下群雄斗智更斗勇，战争讲究的是凶狠，所以每一个参加过战场的将领，即便大难不死，也都是满身伤痕，弊病无数，李世民是如此，秦琼更是如此。
随着玄武门事变爆发，大唐的权力出现了反转，李世民掌控了最高权力，告别了李渊时代，而李世民登基之后，并没有耗费自己的人生变成昏君去贪图享乐，而是更加励精图治，在贞观二年（628年）灭掉了梁师都，统一了天下之后，再度开启了对外的扩张。
李世民
贞观三年（629年）破灭东突厥，贞观九年（635年）灭吐谷浑，贞观十三年（639年）大破吐蕃，贞观十四年（640年）灭高昌，这一系列对其他民族或进攻或防守的战争，让大唐的声望达到了一个巅峰的境界，李世民也因为慑服众多政权，被上了天可汗的尊号，这是李世民的胜利，也是大唐武将的胜利。
可问题来了，创造这些辉煌成果的将领里，有李靖、李勣、侯君集、程咬金、尉迟敬德等人，却没有秦琼。
秦琼到哪去了？
其实秦琼一直都在，李世民登基后，秦琼被拜为左武卫大将军，这看似是禁军首领，但却是个闲职，而李世民对秦琼如此安排，不是忌惮秦琼，而是秦琼已经“干不动”了。
秦琼跟随李世民打下了洛阳之战后，就开始多病，这些病不是别的原因造成的，就是因为常年的战争失血过多，导致身体机能的早衰，所以开始多病。“其后每多疾病，因谓人曰：‘吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？’”
不过这不是秦琼的耻辱，这反而是秦琼的荣耀，正如老将军身上最光辉的标志，不是那精美的勋章，乃是数之不尽的疤痕，秦琼一生参与的战争两百余次，这已经远远超越了古代的许多将领，而这么多年的战争中，秦琼留下的血都有“二斛”之多，二斛的血量，都能等于两个成年人了。
秦琼
其实秦琼的问题不仅是秦琼自己才有，李世民也是一样的，李世民晚年多疾病，特别是气道问题非常严重，而李世民也知道自己的毛病就是早年的战争消耗留下的隐患，所以这是大唐将领们的通病。
所以秦琼的人生高光时刻，就是在李渊在位的武德年间，李世民登基之后，秦琼反而开始“养老”了，而凌烟阁的排名，虽然是李世民总结自他起事以来对他帮助最大的功臣，可凡事都有一个“时效性”，秦琼在贞观一朝没有太多的功劳，就是要排在那些新秀将领的后边。
毕竟秦琼的功劳也没有高到让后世人难以遗忘的程度。
更重要的一点是，秦琼去世的时候，凌烟阁的排名还没出现。
秦琼去世于贞观十二年（638年），而李世民下令在凌烟阁悬挂名臣画像，是在贞观十七年（643年），凌烟阁这个排名，本质上是为了激励当时还在世的文人和武将的，因为这一年，魏征去世，侯君集等将领又因为李世民的“打压”感到不满。
特别是侯君集的不满，让李世民看到了一丝不好的苗头，后来侯君集果然准备跟着李承乾造反，但造反是后话，在造反之前，李世民为了嘉奖这些功臣们，稳定他们的心，于是便设置了凌烟阁，让他们的名声流传千古。
尉迟融
对于大臣们来说，能够流芳百世，这等奖励就如同“共享太庙”一般。所以对于秦琼的“排名”靠后，尉迟敬德靠前这事，最重要还是看当时谁在世。
尉迟敬德一直活到唐高宗显庆三年（658年），所以尉迟敬德在贞观十七年（643年）还在人世，而且他在李世民登基后，还立了下不少功劳，对于于情于理，李世民都要给面子尉迟敬德，这无关虚伪，完全都是人性的真谛，假如秦琼和尉迟敬德的生死状况反过来，那么尉迟敬德排在最后一名也是不出奇的。
在凌烟阁的二十多位功臣中，侯君集、张亮都有造反的罪名，但他们两人都还是排在了第十七、第十六的名次，都比秦琼要高，这不是说李世民纵容谋反行为，而是李世民不想磨灭他们曾经的功绩，并且他们都是在凌烟阁排名出后才有造反意图的，李世民把他们排到秦琼之前也是可以理解的。
唐朝的大多数人都将名列凌烟阁看作是仕途的终极理想，可真的作为李世民的战友，秦琼这些人本身就是大唐后来者需要崇拜的对象，秦琼虽然排在了凌烟阁最后一位，但他的故事，他和太宗皇帝并肩作战的影响力，足以让他等同一个凌烟阁，让后人敬叹之。