鳌拜是开国功臣，康熙为何非要打倒鳌拜呢?
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再回答前，我们看看这个鳌拜做了什么坏事吧：鳌拜没有想到有三个不怕死的官员敢于违拗自己换地的要求。他对户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联三人极为恼怒，分别以苏纳海“藐视上命”、拨地迟误，朱昌祚、王登联“纷更妄奏”的罪名，俱论死罪。康熙虽然年幼，但心知苏纳海等三人并无大罪，只因惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是召集辅政四大臣询问意见。
鳌拜坚持要将三人处以极刑，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈知道自己若反对极易惹火烧身，只好沉默不语。但小皇帝不允鳌拜所奏，只是批准刑部拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。鳌拜公然无所顾忌，最终竟矫旨将三人处死。然后，鳌拜强行换地。
康熙六年(1667)六月，索尼病死。索尼虽然在生前未能遏制鳌拜的势力，不过他临死前的一个动作却在其身后造成解决鳌拜问题的良好转机。这年，小皇帝玄烨已年满14岁。索尼上书请小皇帝遵循先帝顺治14岁亲政的先例，开始亲政。
七月，康熙亲政，加恩辅臣，仍命佐理政务。皇帝已经亲政，却又无法应对鳌拜的威胁，苏克萨哈便上疏请求解除辅臣之任，愿往遵化守护顺治陵寝。这个举动别有意味，那就是既然苏克萨哈已经卸任(此时他已经排名第一)，那么鳌拜、遏必隆两人按理也应辞职。
这一招触及到鳌拜的要害，可鳌拜却不想就这样退出政治舞台。于是鳌拜给苏克萨哈罗织了心怀奸诈、久蓄异志、欺藐幼主、不愿归政等24款罪名，提出应处凌迟、族诛之刑。康熙同样深知苏克萨哈并不该杀，虽然自己已经亲政，却仍然无力保全苏克萨哈一命。鳌拜气势汹汹，竟在御前“攘臂上前，强奏累日”，最终将苏克萨哈处以绞刑，并诛其族。苏克萨哈的被杀，使鳌拜与康熙之间的矛盾急剧上升。
至此，索尼已故，苏克萨哈被杀，四大辅臣只剩下一个无足轻重的遏必隆，鳌拜更加肆无忌惮，为所欲为。虽然康熙已经亲政，但鳌拜并不想归政于他。当时在康熙宫廷中的法国传教士白晋记载说：“在康熙十五六岁时，四位摄政王中最有势力的宰相(即鳌拜)，把持了议政王大臣会议和六部的实权，任意行使康熙皇帝的权威，因此，任何人都没有勇气对他提出异议。”此时的鳌拜已经对康熙的皇权构成了严重威胁。
任何一个稍有抱负的帝王，都不可能容忍鳌拜这种权臣。康熙开始谋划铲除鳌拜。康熙八年(1669年)，康熙与近臣索额图密谋，支开京城中鳌拜的亲信(主要是军队将领与警备骨干)，随后又安排自己的亲信掌握了京师卫戍部队的指挥权。在鳌拜入朝时，康熙密令庭前布库少年们(布库是满族的一种摔跤游戏)将之生擒下狱，并宣布鳌拜三十条罪状，本应处革职、斩立决，但康熙帝念其往日功勋，将其免死禁锢。