如何保护娃娃鱼
大鲵资源在受到严重破坏的情况下，首先应考虑保护自然生态环境和自然种群的恢复和资源的发展，开展人工养殖，然后才能有计划的合理利用这一资源。
保护遗传多样性
尽管大部分大鲵原产地已建立了自然保护区，但破碎化的生境和点状的分布特点，导致同一个大鲵自然保护区内不同大鲵种群之间无法进行有效的基因交流。
已有迹象表明，被隔离地区大鲵出现了遗传退化，如贵州贵定县岩下乡地下暗河中近年来涌出的娃娃鱼幼苗，即使在人工养殖环境下，生长速度明显滞后，这可能是暗河中亲鲵由于与其他种群隔离，近亲杂交导致。
对几种人工养殖的鱼类分析发现，人工驯养繁殖将不可避免地丧失动物的某些特定等位基因、遗传位点，造成驯养种群的遗传变异度及遗传多样性降低。大鲵累代人工繁殖，将造成一定程度近亲和纯合子，已有几个养殖场出现幼苗种质退化现象。
人工养殖子代的多态信息含量下降，人工养殖种群遗传多样性水平也下降，出现较大的等位基因丢失等现象。遗传多样性的丢失将导致种群后代抗病能力、苗种成活率和繁殖能力下降，对于大鲵的物种进化非常不利。
人工养殖的大鲵不能替代野生大鲵，必须采取措施保护大鲵的基因多样性，恢复野生大鲵种群。要防止各个相互隔离的大鲵种群出现物种退化，应建立大鲵自然保护区内不同种群相互间交流的桥梁。
大鲵基本终生生活在水中，对水环境的依赖性很强，其迁徙能力较差，扩散能力非常有限。地理格局往往可以产生遗传分化，反映种内亚种群之间的遗传关系。因此，在经历地理隔离事件后，物种群体间基因流被阻隔，随着时间的积累，不同地域的大鲵种群逐渐产生了特有的遗传特征。
1992年12月高波等在甘肃康县附近发现一种高寒带原始大鲵种群，具有一些高寒带生存的特征，与常见大鲵略有差异。
四川兴文县也发现通体白色的大鲵种群。现代分子生物学技术证实，在全国的范围内大鲵种群可按照流域分为黄河种群、长江种群和珠江种群，且3个种群间遗传分化已经存在。
人为地让不同地域的野生大鲵交配，最终导致各原产地大鲵的基因趋同，原有的特异性基因将消失。
因此，养殖业的蓬勃发展使不同地域的大鲵基因相互交流，直接导致全国大鲵基因的趋同，各地域大鲵的特异性基因丢失，特异性性状消亡，这对大鲵遗传多样性的保护极其不利。各水系、各自然保护区应当避免人为因素导致外来大鲵基因与本地基因的混合，保护当地野生大鲵的特异性进化。
增殖放流
对大鲵人工繁殖群体的放流应持谨慎态度，必须科学地进行增殖放流，提高放流效率。
首先，科学选择栖息地点，对放流地点进行生态环境评估，对周边环境及对水体环境是否适宜大鲵及其幼苗生存进行科学评价。幼苗对生境的要求很高，不能存活将直接导致放流的失败。
其次，放流的目的是重构当地野生大鲵的自然种群，使其能够自然繁衍生息，应重点投放大鲵亲本，且亲本数量要足够大，能够进行自然繁殖产卵，才能起到很好的效果。
第三，从遗传角度考虑，避免投放关系为近亲的大鲵亲本，避免投放不同流域内种群的大鲵亲本。张家界市自2002年以来，每年在其自然保护区进行1～2次大鲵增殖放流，至2008年多数放流点未见大鲵资源有大量增加的迹象，但是在投放种鱼的3个放流点，大鲵幼苗的数量增加不少。贵州贵定等地也曾开展过数次大鲵增殖放流活动。
促进产业收益合理回归
人工养殖对于促进大鲵的保护非常有效。当前大鲵人工养殖的规模较大，年产苗量也能满足市场要求，曾经的供不应求变成了现在的严重滞销，而大鲵的销售价格也由最高时4000余元/千克降到600～800元/千克，大鲵产业的发展市场受阻，严重打击了群众的养殖热情。
一直以来，大鲵的销售主要是在养殖户之间进行，能够上餐桌的大鲵数量很少，随着养殖规模的扩大才导致现在的困境。
当前面临的首要问题是大鲵的销售市场不健全，政府对于大鲵销售环节的政策没有开放，全国只有极少的高档餐馆能销售大鲵，也只有极少的养殖大户能在全国范围内销售。政府应正确引导养殖户养殖，开放政策，根据市场的发展情况逐步许可大鲵的驯养繁殖、销售和餐馆酒店的经营。
扩大大鲵的销售市场，引导整个行业培育起健全的市场规模和秩序，从而使大鲵的价格下降到合理水平，大鲵产业不再成为暴利行业，而非法捕捉野生大鲵也不会成就群众一夜暴富的途径，最终有效遏制偷捕滥猎。
推广大鲵仿生态和原生态驯养繁殖技术
原生态、仿生态繁育技术已被证实具有很好的前景，一些仿生态技术获得国家级专利技术认证，达到中国国内先进水平，仿生态苗和原生态的出苗量具有一定规模。
仿生态，特别是原生态繁殖出的大鲵幼苗体质健壮，克服了种质资源退化问题，由于在野生环境下生长，其生活状况和习性接近原始状态，与野生大鲵无多大差异。仿生态和原生态培育有利于保护优良种源。
将此种环境下生长的大鲵增殖放流到野外，更能适应野外环境，生存繁衍能力更强，增殖放流效果更显著。仿生态和原生态繁殖技术的突破，对于大鲵资源的保护将产生极大的推动作用，应在全国自然条件合适的地区推广。