1866年9月,左宗棠由闽浙总督调任陕甘总督。当时的陕甘总督不仅管辖陕西、甘肃两省,还下辖今天的青海、宁夏、新疆等三省地区,事实上也就是总领西北军务。左宗棠上任之际,正值陕、甘两省回民起义愈演愈烈时期。由于中央没能及时镇压回民起义,导致暴乱迅速向新疆地区蔓延。
1865年,阿古柏匪帮攻占南疆大片地区。五年后,阿古柏匪帮又侵占了北疆的乌鲁木齐等地区。阿古柏匪帮还与英、俄两国眉来眼去,俨然成了英、俄两国新疆事务的代言人。1871年7月,蓄谋已久的沙俄出兵占领伊犁地区。一时之间,新疆全境几乎都沦为了帝国主义的领地。
本已打算退休的左宗棠听闻新疆被境外势力占领后,一时怒发冲冠。1873年冬天,左宗棠积极筹备组建西征军,准备武力收复新疆。然而如此振奋人心的正义之举却遭到了李鸿章的反对。
1874年夏,日本出兵侵犯台湾。同年10月,战败的清廷被迫与日本签订屈辱条约——《台事专约》。颜面扫地的清王朝开始认识到海防的重要性。同年12月,得到恭亲王奕忻和船政大臣沈葆桢支持的李鸿章上奏《筹议海防折》,建议丢新疆而保海防。筹备海防本无可厚非,但李鸿章此举却夹杂了自己的私心。李鸿章妄图利用朝廷财政打造由他控制的北洋海军,从而扩大自己的政治资本。
远在陕甘的左宗棠得知李鸿章的主张后,气不打一处来。面对李鸿章的咄咄逼人,左宗棠也不甘示弱。在认真研究了李鸿章的《筹议海防折》后,左宗棠针对李鸿章的无理之言展开了反击。
左宗棠首先坚持了新疆自古以来便是中国疆土这一根本原则。其次,从国防战略和具体用兵方法上,左宗棠力陈收复新疆领土的必要性和用兵新疆的次第顺序,其拳拳爱国之心力透纸背。值得注意的是,在坚持收复新疆的同时,左宗棠也并不反对筹办海防。但左宗棠认为事有轻重缓急,当前形势下,“塞防”必须重于“海防”。
其实,无论“塞防”还是“海防”,搁和平时期都是挑不出毛病的爱国之主张。但凡事讲究一个具体问题具体分析。当时的情况是新疆几乎全境沦陷,而沿海省市在割地赔款之妥协下,尚能保持大部分主权之完整。孰是孰非,岂不是昭然若揭?再者,李鸿章在新疆存亡之际却提出“海防”之建议,想不让人怀疑他的动机实在太难。
清王朝的精英们也都不是瞎子,况且在如此大是大非的事上,大家也不太容易犯糊涂。最终在权臣文祥的大力支持下,清廷通过了左宗棠用兵新疆的议案。1875年5月,清廷正式任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务。