在这时候,清廷分成两派,一派是以李鸿章为首的妥协派代表,李鸿章在朝中虽是权威,他认为新疆远在千里之外,又是蛮荒之地,兴师动众只会徒劳无动,还不如节省军费巩固海防。另一派是以左宗棠为代表的主战派,左宗棠就坚持认为大清可以丧失任何地方,唯独不能丢新疆,否则国将不国。
左宗棠认为新疆这“塞防”与“海防”并重,他认为新疆没有了,甘陕也没有,甘陕没有了,内蒙古也没有,没有了屏障,京城充满危机,到时京城也将不保,收复新疆乃生死存亡的大事,不能以土地的荒芜、贫瘠来衡量。
新疆自公元前60年起,西汉政府就在包括今新疆地区的西域设立了管辖西域的西域都护府,自那之后,新疆成为我国的领土,唐朝唐太宗和武则天分别设立了安西都护府和北庭都护府管辖今新疆地区,新疆是我国神圣领土中不可分割的一部分。
于是清廷采纳了左宗棠的意见,决定收复新疆,在新疆各族人民的支持下,左宗棠连战皆捷,消灭阿古伯政权,收回了新疆。