中了进士后,他被下放到钱塘做两年官因为和元朝的官场不和,他只好又转到苏州去。等到元末大乱,张士诚雄居苏州,听说他有才名,就招施耐庵去做官,可其认为张只是流寇,不能投靠于他,不过他和张士诚的部将卞元亨,却相交甚为友善。也就是这个时期,他和罗贯中有了深层次的联系,罗贯中很佩服他的学识,还拜他为师学习。
后来张士诚失败,被朱元璋带兵攻杀,施耐庵又到江阴去教书糊口。朱元璋建立大明后,也听说他有才华,就多次招他去任职,可施耐庵就是不去。也不知道他到底打什么主意,是有风骨自傲,还是念着自己是元官,不想背叛当时做官的朝廷,就不得而知了。