孝庄留多尔衮在宫中过夜，皇太极知道后赶回去结果尸体被抬出宫
太宗朝一位最显赫的人物是太宗的弟弟多尔衮，多尔衮是努尔哈赤的第十四个儿子，最初封为贝勒。天聪二年，太宗攻伐察哈尔多罗特部，多尔衮破敌有功，赐号墨尔根 代青。天聪三年，多尔衮自龙井关进军明营，和贝勒莽古尔泰攻下汉儿庄，在广渠门大败明将袁崇焕，并在蓟州全歼山海关援兵，一时声威大震。崇德元年，多尔衮进封为睿亲王，其实力和声望几乎可以与太宗皇太极比肩。
皇太极时期，后金比较重视与蒙古联盟，所以皇太极有两位来自蒙古科尔沁的女人，一位是孝端文皇后博尔济吉特·哲哲，一位是庄妃博尔济吉特·布木布泰，即后来的孝庄太后。
有史料记载，孝庄刚刚被许配给皇太极时，因为肌肤雪白如玉，宫人私下中都称呼她为“玉妃”。她刚刚进入皇宫时，只是皇太极的才人，因为聪明伶俐能猜透皇太极的心思，渐渐得到宠幸。
1639年，明朝与清朝爆发了松锦之战，明蓟辽总督洪承畴兵败被俘，皇太极爱惜人才希望招降洪承畴。洪承畴是明朝著名的忠贞将领，皇太极派去的人都无功而返，最后还是孝庄亲自向洪承畴进献参汁，才让其投降，清朝因此尽得关外之地。
这件事情之后，孝庄更得皇太极信任，甚至很多朝中大事都与她商量，加上生下皇子福临，所以地位越来越高。孝庄有一个妹妹，嫁给了睿亲王多尔衮，人们私下里都称她为“小玉妃”。
皇太极定都沈阳之后，按照汉人的制度管理皇宫，从此皇宫成了禁地，一般人不能随意出入。只有睿亲王多尔衮例外，他还是能够自由出入皇宫。皇太极连年外出打仗，东扫朝鲜、西征蒙古、南侵大明，一年很少有时间回到沈阳，朝中很多琐碎的政事都交由多尔衮负责。
孝庄为了儿子的将来，和多尔衮走的非常近，两人经常在密室中商量事情，已至很晚，孝庄便留多尔衮在宫中过夜。“大玉妃往往留九王居宫中，经旬不归私室。”小玉妃听说丈夫与姐姐关系暧昧，就质问多尔衮。多尔衮解释说两人在密室中谈论的都是国家大事，在外面谈担心走漏风声。
对于多尔衮的解释，开始小玉妃还相信，但之后两人的丑事开始闹得尽人皆知，小玉妃决定亲自入宫探听虚实。孝庄听说妹妹来闹，立刻让多尔衮躲了起来，并且让人传旨下去：“不奉令而擅入机密地者，杀无赦。幸福晋自爱。”小玉妃听闻之后，羞愧难当，在宫门口处就要自杀，被左右拦下送回府中。
当时皇太极正在山海关前线作战，准备入主中原，有一天突然接到小玉妃的密报，说孝庄和多尔衮关系暧昧，现在宫中尽人皆知。皇太极知道后大怒：“朕不处分此獠，何以取天下！”于是连夜带人返回沈阳，准备先清理后宫再入关伐明。
可就在皇太极回到沈阳的第二天一早，却突然传出了皇太极驾崩的消息，尸体被抬出了皇宫。
关于皇太极的死因，《清史稿》中记载的非常诡异，只是说：“庚午，上御崇政殿，是夕，亥时，无疾崩。”51岁的皇太极，白天还好好的，晚上突然就驾崩了，一切发生的太过突然，所以皇太极死因之谜也就成了清初三大悬案之一。很多历史学家怀疑，皇太极之死多尔衮和孝庄拖不了干系。当时赶回沈阳的皇太极，在崇政殿召见重要大臣，就是商讨如何处置孝庄和多尔衮的事。两人得知后，先下手为强，在夜里将皇太极杀死。
孝庄皇太后是一位绕不过的奇女子，她作为皇太极的妻子，为清军入关后迅速稳定局面做出了应有的贡献，可是在她去世之前，她特意吩咐孙子康熙皇帝说：“我去世之后，就不要‘惊动’太宗皇帝了，而且在我的心里面，一直牵挂着你和你的父亲，也不忍心离你们而去，因此在我去世之后，一定要将我葬在孝陵附近，如此我就没有什么遗憾了。”
或许是因为孝庄愧对于皇太极，死后也无脸面对皇太极，所以不敢和皇太极同葬一个陵墓，只想守在自己儿子顺治的孝陵旁。