攻陷天京后，曾国藩只有两条路，选哪一条都注定是个悲剧
首先，就是要限制曾国藩。
在攻陷天京后，满汉集团内部就开始了极为激烈的争夺兵权的斗争，湘军集团拥有巨大军政实权，几乎与朝廷形成对峙，因而一度出现紧张的局面，而且积累已久的其他内外矛盾，这时也一并爆发出来。
作为湘军首领，战功高、军权大、地盘广的曾国藩自然成为了众矢之的。尤其是以满洲贵族为主体的中央直接掌握的军队——八旗、绿营在太平军的打击下，早已基本瓦解，唯一可依赖的僧格林沁军，其质与量两个方面，又大大落后湘军。
这种力量对比的劣势，让慈禧和满洲贵族非常忌惮，特别对曾国藩兄弟二人，不能不产生戒备的心理。这样一来，曾国藩就面临着两种选择，要不赶快裁军，要不就反叛清政府取而代之。曾国藩既然不愿反抗和冒险，就不能不赶快裁军，以打消朝廷的猜忌心理。
事实上，富有政治经验的曾国藩，在攻下天京19天后，便奏请裁撤最让朝廷不放心的曾国荃军，紧接着又让其弟告病。到了同治五年，不仅曾国藩直辖军2万人裁撤殆尽，且左宗棠湘军及湖南、湖北、江西、四川等省湘军也大量裁撤，50多万湘军，除李鸿章淮军自成体系不计算外，留存的不过10万余人，而且这10万多人又是驻防各地必不可少的人数。
曾国藩此举，让慈禧的戒备与猜忌心理大为缓解，朝中言官对曾国藩以及湘军的集团的多方责难，也就烟消云散，一了百了了。
其次，抑制、利用、打击、分化、瓦解地方实力派集团。
朝廷既然无法收回在战争过程中失落到地方督抚的权力，又不愿意使自己处于软弱地位，因而就要利用自己至高无上的地位来抑制地方督抚，借以维持清王朝的统治，慈禧和满洲贵族们的主要措施便是利用与制造各种矛盾，运用驾驭之术，使地方督抚，特别是湘淮两大集团，相互制约，以达到分而治之的目的。
慈禧有意分化曾国藩和左宗棠的势力，我们都知道，左宗棠生性狂傲，自视甚高，长期以来对曾国藩在湘军集团中的领袖地位，心中不服气，不时的发起挑战。朝廷正是看到这层关系，一方面对曾国藩兄弟加以抑制，另一方面，又不断对左宗棠加以利用。在使曾国藩的亲信纷纷落职的同时，又将左宗棠及其亲信安置到曾氏亲信原来的位置上，从而达到分而治之的目的。
李鸿章及其淮军集团本是曾国藩一手提拔而成，但李鸿章自成山头后便对恩师曾国藩阳奉阴违。正是基于这层关系，慈禧设下抑湘扬淮的策略，利用李鸿章打击曾国藩与其他湘军将领。从同治八年到十三年的总督任命中便可充分体现出这一点。
这六年当中，两江、陕甘和云贵三总督，分别为湘军集团曾国藩、左宗棠、刘岳昭等人出任，而直隶总督除了曾国藩有一年多担任总督外，和湖广一起则归李瀚章、李鸿章兄弟，而在同治三年时，湘军已有六位总督，淮军集团中则无一人。
朝廷这样安排自有深意，让李氏兄弟担任总督，不仅是以罕见的殊荣笼络之，而且还有平衡湘淮两集团的一面，更何况李鸿章在同治十三年又升至文华殿大学士，而此时的曾国藩还只是等级稍次的武英殿大学士。
不仅如此，清廷还重用李鸿章为直隶总督兼北洋大臣，让其参加中枢大政，这样抑湘扬淮，除了李鸿章本人长袖善舞外，更主要的是淮军集团为后起之秀，资历声望，军政实力都还远不如湘军，让其处于有利地位，就可以起到平衡作用。
最后，朝廷还利用朝中清流从舆论中制约地方实力派。
所谓的清流只是朝中的言官、御史，他们不论对错言者无罪，这些清流官员风闻奏事，形成一股强大的舆论力量，一旦湘军集团受到舆论的贬损，便会在政治上陷于被动，重者丢官，轻者降调，最低也会影响自己的前程。
经过慈禧太后的努力调整，中央政府的权势的确有所回升，地方督抚的任免大权依然掌握在中央政府手中，地方督抚也还不敢公然与中央对抗，但这并不能，也不可能改变清廷大权旁落的这一事实。大清朝的国家权力，仍然在不断地向地方倾斜。