秦始皇说的秦文公遇黑龙是什么故事？
首先，题主也说了，这是故事，不是真实情况。下面我来说说这为什么是虚假的故事。
自从阴阳家邹衍创立“五德始终说”的历史观以来，任何一个王朝的创建者，都要往这上面靠一靠，挖空心思的一定要找到能自圆其说的理论实例，例如汉高祖刘邦的赤帝子说，赵匡胤的火龙下凡说。
“五德始终说”，具体来说就是五行木、火、土、金、水所代表的五种德性，周而复始的循环运转。邹衍以此学说来解释历史变迁和王朝兴衰。
五行的关系是：金克木,木克土,土克水,水克火,火克金金生水,水生木,木生火,火生土,土生金。五德与五行的搭配是：木-东方-青，火-南方-赤，土-中央-黄，金-西方-白，水-北方-黑。
邹衍创建“五德终始说”，本意是想从通过他的阴阳五行研究，来告诫统治者，希望他们能按照道德规范治国治民。但是“五德终始说”作为一种改朝换代的理论工具，受到历代新王朝建立者的信奉，也成了后世一些人造反的借口。
“五德始终说”里面，黄帝得土德，崇尚黄色；夏朝木德，尊崇青色；殷商金德，爱好白色；周得火德，喜欢红色。
按照此理论，水克火，取代周朝的朝代属水德。秦国终结周王室，摄取九鼎，因此秦始皇想方设法将秦朝打造成水德之朝。
《史记封禅书》中记载“黄帝得土德，黄龙地见。夏得木德，青龙止於郊，草木畅茂。殷得金德，银自山溢。周得火德，有赤乌之符。”
黄帝、夏朝、商朝、周朝，无论什么德行，都有异象或者祥瑞之兆出现。如果秦始皇找不到秦国属于水德的异象或者祥瑞，那么秦朝就不是水德，得位不正，不应该取代周朝。
秦始皇这一辈子虽然离奇，但是当时也没有特别的事情能扯到水德上去，如果瞎编一个世人也能看破，这怎么办？好说，当朝找不到往上找呗，总能找到一个，哪怕编一个也没人能印证了。
最后还真让秦始皇从故纸堆里翻出一个：秦文公。
大家都知道刘邦斩白蛇的故事，都知道白蛇是白帝之子，代表了秦朝。那秦国从什么时候祭祀白帝呢？就是从秦文公开始。
秦文公，公元前765年公元前716年在位，秦国作为诸侯国的第二位君主。如果说秦文公父亲秦襄公是开国君主的话，秦文公就是奠定了秦国基础的人。
秦文公在位时，曾经梦到一条黄蛇，身体从天上下垂到地面，嘴巴一直伸到衍。于是秦文公下令在衍建立（古代祭祀天地五帝的场所），称为，开始猪牛羊三牲祭祀白帝。
文公梦黄蛇自天下属地，其口止于衍。文公问史敦，敦曰：“此上帝之征，君其祠之。”于是作，用三牲郊祭白帝焉。
不要小看这个举动，周朝用猪牛羊三牲祭祀是天子的权力，诸侯是没有这种礼仪的。秦文公处在周平王东迁时期，当时周朝王室已经式微，诸侯权力越来越大。
这里说的是秦文公梦见黄蛇的事，他遇到黑龙的事，史书没有记载，而是秦始皇自己说的：“今秦变周，水德之时。昔秦文公出猎，获黑龙，此其水德之瑞。”
蛇龙本一族，皆属水，可能秦始皇认为黄蛇不足以代表水德，于是又杜撰出了“黑龙”说，这完全符合“五德始终说”的“黑水”代“红火”了。
至于秦文公怎么遇到黑龙、如何捕获，秦始皇也没说，别人也不知道，就那么一句话，当事人距离秦始皇时期也有五百年之久了，你想考证真伪也不可能了。
所以说，秦文公获黑龙的故事就是秦始皇为了证明自己做皇帝是天命而杜撰的，和汉朝杜撰刘邦斩白蛇如出一辙。
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资料来源：《史记秦本纪》、《史记封禅书》