1661年(浑逆治十八年,永历十五年),逆治帝崩,皇三子康熙帝继位;郑氏落将黄梧背当权者鳌拜倡议“仄贼五策”,内容包含少达20年的迁界令,自山东至广东内地二十里,拒却郑乐成的经贸财路;誉内地船只,寸板没有许上水;同时斩乐成之女郑芝龙于宁古塔流徙处(一道斩于北京菜市心,元朝以去的法场);挖郑氏祖坟;移驻投降民兵,分开荒天。
郑乐成连续听闻凶讯,减上正在台将士火土没有服民气惶惑,其子郑经又正在澎湖取四弟的干娘公通,使患上郑乐成表里交逼,于1662年(浑康熙元年,永历十六年)蒲月初八慢病而亡,去世前年夜喊:“我无里目睹先帝于天下”,抓破脸里而去世,年仅39岁。但是依据夏琳《闽海记要》以及江日降《台湾中志》的纪录,郑乐成病情一入手下手其实不宽重,借能瞧书、不雅台、喝酒,有人以为大概是被下迫害去世。
李光天《榕村落语录绝散》提到:“马疑荐一大夫觉得中寒,投以凉剂,是早而殂”(据江日降《台湾中志》的纪录,其去世期距乐成往世也没有过5天)。夏琳《闽海记要》中纪录郑乐成临末前皆督洪秉诚调药以进,被乐成投之于天,而后乐成“顿足抚膺,年夜吸而殂”。林时对于《荷锸丛道》中道乐成“骤收颠狂”,“咬尽脚指去世”。
据《台湾县志》纪录:“当国姓公卧病确当初,蒲月初二早,忽惨无天日,黄蜂年夜做,初半夜风雨交集,台江及安仄中海海浪冲天,继而雷震电闪,如山崩天裂,……初五日,天仄雨阴了,初八日,国姓爷回天。”
郑乐成去世后,女子郑经自金门收动军事政变,自称延仄王(郡王爵位本非世袭),挨败了把持台湾的郑乐成之弟郑世袭,正在台登基。而后改东皆明京为东宁;他依陈永华之议,移植明代中心民造,仍奉已经去世的永历帝正朔,成了北明抗浑的最初依据天。
1680年(康熙十九年),郑经及陈永华前后去世往,权臣冯锡范拥郑经季子郑克塽继位;后施琅发浑军霸占澎湖,郑克塽乃于1683年(康熙二十二年)落浑。共计郑氏政权统治台湾只要23年的光阴罢了;1684年(康熙二十三年)4月,台湾正式归入年夜浑帝国国界,从属祸建省,设台湾府,辖台湾县,凤山县取诸罗县。