从人类至今掌握的历史遗迹来看,蚩尤的后裔主要来自汉族的邹姓和土姓,其次是苗族。此外,由于苗族历史渊源复杂,在几千年的迁徙过程中,原有的三个苗族诞生了新的族群,如瑶族、羌族等,因此也有少数后裔这些族群中的蚩尤。至于为什么会有这样的推论,主要来自于炎黄帝战败后蚩尤部族的动向。
五六千年前的新石器时代,出现了三大部落联盟。他们是以蚩尤为首的黄河下游和长江中下游地区的九黎部落,以及陕甘黄土高原上以炎帝神农和黄帝轩辕为首的两大族群。当时,炎帝、黄帝沿黄河由西向东发展,先后在涿鹿与蚩尤交战。本来蚩尤已经打败了炎帝,后来炎帝和黄帝联手打败了蚩尤。蚩尤战败后,百姓四散逃窜。少数成员南迁,部分成员在随后的战斗中逐渐融入华夏部落。剩下的大部分成员都留在了北方,时间久了就和炎黄氏族融合了。相传轩辕氏为了安抚九黎人,将蚩尤后裔封于邹、土,并以国号为姓。
当然,除了邹姓和屠姓,他们还有李姓和池姓。所以,蚩尤的后裔,绝大部分是今天的汉人,而且主要集中在河北和山东两省。
此外,不少苗族学者主张苗族的历史可以追溯到古代的三苗和九黎,认为三苗是九黎的后裔,即蚩尤的后裔。《国语·楚语》中记载:“至于少皋之衰,九黎之德乱,人神混杂,事不能方……此后,三苗复德。九里的。”九历是黄帝时代,三苗堪比尧舜禹时代。相传蚩尤战败,九黎南迁。沉寂多年后,演变为强大的三苗部落,向北扩张。这让邻近的华人部落感到了威胁,所以在实力强大之后,决定南下。首先,尧以庞大的兵力南下丹江、汉水流域攻打三庙。随后舜继续攻打三苗,对三苗采取瓦解瓦解的策略,使部分三苗西迁“化西戎”,其余被迫继续南迁。禹在位时,仍对三庙进行讨伐。讨伐持续了数十天,最终三苗败北。战败后,部分苗族迁入华夏王朝难以控制的深山(香桂地区),而另一些苗族则逐渐改变习俗,接受中华文化。
故九里、三妙、南蛮、荆蛮是一脉相承的。他们是苗族不同时期的祖先。
不过目前也有学者指出,蚩尤是苗族始祖的说法是部分学者对文字的主观理解。比如苗族史诗中提到的英雄始祖蚩尤(或革蚩劳),很多人认为他就是九黎之首蚩尤。但实际上,“阁”是字首,“吃”是当地苗族的苗姓,“有老”或“叶老”是对老人的称呼,所以这整个字不能简写到“蚩尤”。而且,在所有西方苗族民间史诗的原文中,都没有将“革蚩劳”简称为“蚩尤”的情况,所以说蚩尤是苗族的始祖仍需研究。
至于蚩尤墓位于何处,当今考古界存在争议的地点有3处。一是山东阳谷,二是山东东平,三是河北涿鹿县。虽然这三个地方都有比较可信的史料和遗迹,但是经过两次全国性的蚩尤文化研讨会,基本上可以确定阳谷就是蚩尤头墓所在地。