噶尔丹势力强大，为什么还会败给康熙？
为了征讨噶尔丹，康熙可以说拼尽了全力。1690年，康熙两路出兵，左路由抚远大将军福全带队，出古北口;右路由安北大将军常宁带队，出喜峰口。康熙则坐镇后方，并命索额图带兵包抄噶尔丹的侧后方;最后还预备一支奇兵，随时可以攻打噶尔丹。
福全的左路军到了达乌兰布通附近，为了争取最低成本解决战斗，福全给噶尔丹写了一封信，要求谈判。福全认为清军全力出动，在力量上足矣震慑噶尔丹。
噶尔丹则利用机会敷衍，一边拖延决战时间，一边整军备战。等准备充足后，噶尔丹则要求朝廷将土谢图汗交出来才行。康熙得知噶尔丹的要求，知道他没有诚意，就下定决心武力解决。
然而，就在此时，康熙大病不起。臣子请求康熙回京城调养，康熙拒绝，为了这一天的决战，他已经等了很多年。噶尔丹出兵千里之外，又是客场作战，粮草与后援都难以为继，正是清廷的大好时机。
8月1日，双方的战斗打响。
噶尔丹的中军大本营在一个山峰的顶上，居高临下，前方地势复杂，沼泽、河流、丛林、草原尽收眼底。在这种复杂的地形条件下，噶尔丹排出一个奇怪的战阵，将无数骆驼趴在地上形成一座“骆驼城”，骆驼的四条腿被绑住不能动，只能趴着。骆驼身上放着一个木箱，箱子上面蒙着一层湿毛毯。噶尔丹的部队透过木箱之间的空隙朝着河对面的清军开火。
清军从未见过这种阵法，刚开始很疑惑，但很快就知道噶尔丹的目的，想通过“骆驼城”阻挡清军渡河而已。但噶尔丹可能没意识到，他用的是火枪射击，而清军用的是大炮。“骆驼城”很快就出现缺口，清军迅速杀了过去。福全又派兵从后方夹击，噶尔丹很快就溃败，士兵纷纷丢盔弃甲。
第二天，噶尔丹见大事不妙，派了一个西藏人僧人向清军求和。康熙不在前线，所有事情由福全拍板。福全看见来了一个西藏人，觉得事情变复杂了，担心出状况，于是，他一边停止进攻，一边派人向康熙请旨。康熙紧急命令：“全军全力出击，别中了噶尔丹的缓兵之计!”
果然，噶尔丹的求和只是为了拖延时间，等清军接到康熙指示时，噶尔丹已经率兵逃往漠北，康熙为此次坐失良机而痛心疾首，重责了福全等人。
噶尔丹在乌兰布通与清军交战时，当初被其迫害的侄子策旺阿拉布坦代兵攻陷他的老巢，抢走了他的妻子、子女以及大量牛羊。
康熙得知此消息后，立刻派人去吐鲁番，赏赐许多金银珠宝给策妄阿拉布坦，以此来笼络他，相当于在噶尔丹的后方插入一颗钉子。康熙又同其他其他蒙古部落的首领见面，对他们恩威并施，要求他们疏远噶尔丹。
在势单力薄的情况下，噶尔丹依旧不知好歹，回到漠北后表面臣服康熙，暗地里重振军备;派了两千多人到清军大营，以进贡为幌子，实际上是打探军情。
1694年，康熙召见噶尔丹，要求定立盟约。噶尔丹不仅不来，还暗中到漠南制造叛乱，还号称从俄国借兵六万，准备大举进攻，蒙古各部纷纷向康熙求援。
噶尔丹还厚颜无耻地写了一封信给康熙，要求康熙释放俘虏。康熙彻底怒了，说到“噶尔丹一日不灭，边陲一日不宁”，准备彻底铲除噶尔丹。
1696年，康熙准备再度出击噶尔丹，他调动十万大军，分东、中、西三路进军。行军途中，康熙事无巨细，所有事情都要听他指示。
康熙亲自带领的中路军到了科图，遇到噶尔丹的前锋部队，但东、西两路还未到达，这时有人传言俄国要出兵协助噶尔丹。佟国维、索额图等人劝说康熙班师回朝，只留西路军。康熙对于这种胆怯大臣严厉呵斥，为了统一思想还召开会议，警告臣子不要胆怯，有说退兵者杀无赦。
噶尔丹看到康熙来势汹汹，立刻带队逃跑。康熙听到噶尔丹逃跑的消息，命令内大臣马思哈为平北大将军，率轻骑兵飞速追击，又命令费扬古率兵截断噶尔丹退路。
噶尔丹逃了五天五夜，到了昭莫多，遇到费扬古的大军。昭莫多是一片森林，前面是开阔地带，历来都是漠北战场。费扬古按康熙的指示，事先已经在树林设下埋伏，然后派出小股部队诱敌，边战边退，将其引入埋伏圈。等噶尔丹的部队一到，费扬古全力开战。最后，噶尔丹中计大败，带着几十名士兵落荒而逃。
昭莫多之战，全歼噶尔丹精锐，是大清平定噶尔丹的关键性战役。经过两次大的征战，噶尔丹集团基本上成了强弩之末，康熙让噶尔丹投降，但噶尔丹宁死不降。
噶尔丹精锐尽失，财产牲畜也所剩无几，他在伊犁的根据地也被策妄阿拉布坦占据，阿尔泰西部、天山以南的回部等地，也纷纷脱离他的控制。
随着噶尔丹的处境越来越困难，他的内部也逐渐开始分化，许多人都主张投降清朝。眼看跟着噶尔丹没出路，逐渐有人主动投降。康熙优待投降部落，对分化噶尔丹集团，起到很大作用。
为了根除噶尔丹的叛乱，康熙前往归化城，召费扬古等人策划第三次征讨，同时命令策妄阿拉布坦与其他蒙古诸部去做劝降工作。此时的噶尔丹已经众叛亲离，身边只剩下几个随从，听到清军杀过来了，自知回天乏力，绝望自杀。康熙经过多次围剿，终于彻底解决了噶尔丹的问题。
噶尔丹再怎么强大，他也仅仅是局部气候，战争需要的人、财、物，他都消耗不起。第一次兵败后，噶尔丹已经穷困潦倒，只能靠掠夺，但收货不大，副作用却不小。
而康熙就不一样了，人力、财力、物力都能源源不断地供应，武器装备也更加先进，这都不是噶尔丹所能比拟的。康熙平定噶尔丹，是顺应历史发展潮流的事，在人心向背上更有合法性。
康熙不仅用军事手段打击，在政略上也多方出击，拉拢蒙古各部，分化噶尔丹内部，让噶尔丹最后四面楚歌。
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