尽管遭遇波折,但萧赜还是顺利成为了南齐第二任皇帝。虽然并未调整太多萧道成时期的政策,可萧赜的屠刀还是为那些曾经要把他赶下台的人准备好了。
很多人可能觉得萧嶷肯定难逃魔掌,毕竟他是萧赜最大的竞争对手。但这兄弟俩都是聪明人,萧嶷知道自己斗不过哥哥,所以即便父亲有意扶持自己,他也拼命拍好哥哥的马屁表忠心。这让萧赜很满意,成为皇帝后他先是任命萧赜为太尉,之后又让他兼任太子太傅。萧嶷也很识相,不参与朝政,当哥哥有麻烦时,又竭尽全力帮忙。本就是同父同母的亲兄弟,萧赜自然不愿背上杀弟的恶名,尤其是这么乖巧的弟弟。
但很快还是有人被杀了,却不是被萧赜深恶痛绝的荀伯玉。此人叫江谧,是当时南齐的吏部尚书,在建元年间,他曾担任过萧嶷骠骑大将军府长史,也算是萧嶷派系的人。萧赜杀他可以看做是清除萧嶷势力,可此君被杀更多是咎由自取。
因为萧道成临终嘱托遗言时没他啥事,加之萧赜即位后没给他升官,使得他心生怨念。建元四年(公元482年,北魏太和六年)七月,萧赜身体略有不适,江谧却小题大做,认为萧赜快不行了,怂恿萧嶷抓住机会。结果这次谈话被萧赜知道了,萧嶷倒是没受到什么处罚,江谧则是被赐死。
永明元年(公元483年,北魏太和七年)四月,萧赜前脚刚肯定袁粲、刘秉、沈攸之等人为国尽忠,将他们律按照礼法另行安葬。后脚又在自己人中开启了一场杀戮,这回荀伯玉在劫难逃,但垣崇祖被牵连却有些出人意料。
事实上垣崇祖被杀的祸根也在和萧赜当太子时有关,那时垣崇祖就不愿主动依附交结萧赜,萧赜对此就有不少想法。后来垣崇祖率军击败北魏后被萧道成招入京城商议密事,萧赜立马起疑但还是试图拉拢他,垣崇祖对此只是行礼致谢。或许是怕垣崇祖被萧赜拉拢,不久后萧道成就派荀伯玉口头向垣崇祖传达敕令,以边地有事为由让他彻夜回去,更重要的是不得和萧赜辞别。
此举在萧赜看来已经明示了垣崇祖不可能为己所用,考虑到他在军队中的巨大威望与卓越的军事才能,日后留着他就是个危害。最为重要的是垣崇祖和萧嶷也有交集,早在昇明年间担任游击将军的垣崇祖便是受萧嶷节度,这层关系注定了垣崇祖难逃一死。
萧赜登基后担心垣崇祖有异心,便调他回朝任内职,等于变相削了他的兵权。等自己一切准备就绪后,便诬陷垣崇祖招纳长江北岸的亡命之徒,准备与荀伯玉一起叛变作乱,将他们二人收捕杀害。
萧赜对将领的清洗还未结束,接下来就轮到了平定沈攸之之乱的功臣张敬儿。至于他被杀的理由更加离谱,因为他妻子的一系列梦。张敬儿妻子尚氏每次做梦身体一个部位发热,张敬儿就会升官,部位越多官就越大,结果有一次竟然梦到全身发热了,其寓意就值得玩味了。偏偏这事还传到了萧赜耳中,加之有人告发张敬儿派人到蛮人中进行贸易,萧赜坚定了他这是要叛变,便在一次宴会中逮捕了他。不久后张敬儿和他的四个儿子全都遇害。
不久后张敬儿的亲家谢超宗因为怂恿李安民造反而被逮捕流放,但萧赜还是不放心,在路上命其自杀。负责弹劾谢超宗的御史中丞袁彖也不幸躺枪,因检举用语不够严厉苛刻,被萧赜下令免除官职并软禁十年不许录用。
至此,在一系列杀戮后,萧赜的地位总算得到了稳固。