此地差点让李鸿章送人，敌军占据12年才被收复，面积非常大
当时清政府面对这个问题持有两种态度，李鸿章等人目光短浅，认为新疆是一块不毛之地，人烟罕见不说，土地还十分贫瘠。李鸿章提议将此地拱手让出，以此离间西方列强，令他们大打出手，李鸿章认为现在最主要的事便是建设海防。
左宗棠极力反驳，认为新疆资源其为丰富，瓜果累累、牛羊满地、牧马成堆，煤矿、金铁、玉石等物丰盛。表面像是千里沙漠，实际上是聚宝盆。而且新疆一地极其重要，对于清政府而言乃必不可少，左宗棠认为：“我师退一步，则俄人进一步,放弃新疆就等于自撒藩篱。”
最终在左宗棠的力争下，对于出兵收复新疆一事，朝廷表示认可，但却不提供军资。左宗棠为了尽快收复新疆，采取了“饮鸩止渴”一法，那就是借高利贷。左宗棠向汇丰银行先后借款共1595万两，他靠着这笔钱，给他旗下的军队配备了最先进的毛瑟步枪。
左宗棠为了收复新疆足足倒腾了4年，在这个过程中，他做出了一件令人十分不解的事情。打仗难道不是士兵越多越好吗？可为何左宗棠要选择裁军？左宗棠出兵前，将军队大力整顿了一番，就是为了严禁吃空饷与士兵体弱多病的情况出现。左宗棠放话：“择其壮者为兵，散其弱者为农，兵责以战，农责以耕。”意思就是身强体壮为兵，体弱者解散回家耕田，此举令大军少了一半人。
与此同时，左宗棠还在进行武装化工作，除了仿制西洋枪炮外，还在全国各个国家购买先进军火。收复新疆主力军配有：后膛大炮两尊、后膛小炮四尊、后膛七响枪300枝、快响枪80枝。除了配备武器，左宗棠也在加强练兵，左宗棠认为练兵首先要练心，其次是练胆，最后是训练格斗技巧与体力。经过左宗棠一番重大锤炼，连公认废材的八旗兵也摇身一变成了战士。
左宗棠为了防止“不能制贼，反而增贼”这一现象发生，多次重申军队纪律重要性，他认为只要军人能做到行军五禁，严禁烧杀抢夺一事，百姓一定会欢迎军队的到来，包括帮助军队。军队被左宗棠培养后，人人变得英勇，展现无所畏惧的精神，军队在人不睡觉马不卸鞍情况下，在五个夜里急行了八百里。
1876年收复新疆战役打响，左宗棠采取“先北后南”策略，耗时整整一年半才清楚其他势力，最终收复了新疆。曾国藩曾评价左宗棠：“论兵战，吾不如左宗棠；为国尽忠，亦以季高为冠。国幸有左宗棠也。”如果不是左宗棠，新疆或许早已沦为他国领土。