在京城呆了几年以后,年羹尧被调任为四川提督,开始进入封疆大吏的行列。西北准噶尔部再次挑战清朝以后,在老十四胤禵的推荐下,年羹尧又担任了陕甘总督。雍亲王胤禛随后成为了雍正皇帝,为了掌握西北的军事控制权,雍正皇帝任命年羹尧出任抚远大将军,率领20多万军队围剿清朝蒙古贵族的叛乱。
年羹尧的西北绥远大将军只是一个临时官职,班师撤回时,军队各归原建制,印信缴还,大将军的官衔也随之消失。当然,这个西北绥远大将军也没有相应的品衔对应,所以当时的年羹尧虽然手握几十万兵力、节制西北四省,也只不过是被雍正皇帝临时授予的特权,他实质上的官衔和品衔还是按照之前担任的川陕总督来的,也就是正二品官员。
杭州将军官阶为武官从一品,他负责就是所在杭州辖区的所有八旗兵,包括训练、整备和作战等,可以说杭州将军的权力就是指挥和训练八旗兵,其他的任何事情他一概不管,也不能管。当然杭州将军还有一个职责就是监视所在辖区的所有绿营兵,如果绿营有异动,杭州将军可以先下手一步将绿营兵全部控制起来,然后报有皇帝处置。而如果情况紧急甚至可以先斩后奏,直接用军事行动将这些绿营兵全部诛杀。
在当时的政坛,年羹尧绝对是炙手可热、权势熏天的肱骨之臣。雍正三年(1725年),雍正决定对年羹尧进行清算,但又不能马上治他的罪,所以先解除其川陕总督职,逼他交出抚远大将军印,降为杭州将军,表面上是以示惩戒和警告,实际上不过是让他在杭州将军任上方便闽浙总督对他的监视控制。