清军屠川的史料很少，但依然有办法证明清军破坏性远大于张献忠
其实，这是比较困难的一个话题，因为清朝建立之后，统治者实行过多次文字狱，所以很多对清朝不利的文字记载早已经消失殆尽，很难从史料之中找到极具说服力的记载，大多都是一些诸如“杀贼无计”、“斩获无数”之类的歌功颂德之词。那么，我们只能从侧面对清军屠川进行分析。
清军
首先，清军入关之后破坏性极强，清军在征服明朝的过程中多次有过屠城的不良记录，比如“扬州十日”、“嘉定三屠”。其实，除了这两个最为“有名”的事件之外，清军在其他地区也有很多的不良行为，比如在临清“尸骸如山若岭”，在南昌“降者亦杀，不降者亦杀”，在广州“城市居民，几无噍类”。清军如此斑斑劣迹，在进入四川之后，也一时难以改变。
可能很多人会觉得这都是假设、类比，并没有真凭实据，其实，还有一种办法证明清军对四川的破坏性究竟有多大，那就是对比——对比清军进入前后，四川的社会整体发展状况的变化。
张献忠在四川时，四川的整体状况还是不错的，据时人的记载，1646年（这一年年底，张献忠战死，大西军随后离开四川），四川简阳地区虽然受到战争影响，但是“时近清明，犹可下秧，遍地俱是上好胡麦”，而且“秋成时，大有丰收”，说明农耕虽然受到一定的影响，但是百姓们依然还是能够有所收成，尚能度日。
形势图
但是到了1647年，清军占领了四川，该年四川米价飙升，“地方大荒，谷一石值银四十两，糙米一斗值银七两”。根据记载，肃亲王豪格的军队为了筹措军粮，“将我地方，不分昼夜，搜寻要粮，将人吊杀。有粮即放，无粮即杀。地方人俱走大山。”而到了顺治五年（1648年），情况则更加糟糕，“其年更荒，米价更贵，一升值银三两，河东就是六两”。到顺治十年时，前文所述的简阳地区已经是一片荒芜，无人耕种。
欧阳直在《蜀乱》一书中对清朝征服四川做了一个总结：“自乙酉（1645年）以迄戊（戌）、己（亥）（1658-1659年），计九府一百二十州县，惟遵义、黎州、武隆等处免于屠戮，上南一带稍有孑遗。余则连城带邑，屠尽杀绝，并无人种，且田地荒芜，食尽粮空。”由此可见，在张献忠的大西军离开四川后的十余年，四川的社会状况却变得更加恶劣，而此时的四川是在清朝统治之下的，那么这些事情究竟是谁做的也就不言而喻了。
四川不仅在明清易代之际遭受磨难，在进入清朝之后几十年内，清朝依然不能免受战争侵害之苦。清军进入四川之后，吴三桂以四川为基地进攻云南的大西军余部和永历政权，吴三桂的大军长期驻扎在川南，吴三桂的军队“骄横日甚，而部下尤淫杀不法”。后来，因为康熙皇帝削藩，吴三桂反清，双方爆发了长达七年的战争，而四川也是主战场之一，所以到1681年之前，四川都处在动荡不堪的战乱之中，而清军对四川人民的荼毒是造成四川人口减少的重要原因，远远超过张献忠对四川的影响。
参考文献：《张献忠传论》