太平天国起义后洪秀全出于好心实行一制度后来却祸害了众多女性
所谓女营（女馆）制度就是严禁“男女混杂”，女战士和女家属被统一组织生活在女营中，男人则生活在军营里，平时生活里男女不能随意接触。
男人不得随意进出女营，即使是子女去探望父母，丈夫去看望妻子，也只准隔着女营的大门远远，相隔几米远远地说话。男女即使是夫妻，一个月也只有一天能睡在一起，如果违反了，就是触犯了“天条”，会被处死。
男女分居自然是不符合天理人情的，但不能因此简单地将女营看成了太平天国落后或不合理的制度。其实在最早之初，设立女营有点类似俄国十月革命时的战时经济体制，是一种战争情况下不得已而为的行为。
洪秀全在颁布男女营制度时，提到：“多有父母妻子伯叔兄弟举家齐来，固宜侍奉父母，携带妻子。但当创业之初，必有国而后有家,先公而后及私；况内外贵避嫌疑，男女均当分别，故必男有男行，女有女行，方昭严肃而免混淆。”
在封建时代，有所谓的连坐制度，一人造反，祸及全家。一个人参加了太平军，如果将妻儿老小留在老家，将会受到朝廷的迫害。
太平军起义以后，朝廷为了报复太平天军的几个首领，还专门下圣旨责令地方官员去挖了他们的祖坟。不难想像，对于这些太平军家属的报复，将会有多么残酷。迫于这种压力，太平军在起义之时不得不拖家带口，将一家老小都带到军营里面。
男女混居在军营里，容易产生一系列的问题。首先，男女同住，容易让士兵因为贪恋私情而分心，并丧失了战斗勇气，降低太平军的战斗力。
其次太平军起义之初，主要人员都是来自于广西地区。广西在历史上一定程度保留了母系社会的传统，女性受迫害的程度没那么高。她们不必裹小脚，可以通过对唱情歌寻找伴侣，结婚后习惯夫妻分床睡，生活上更为自由开放。
实行男女分居，在一定程度上也是为了避免军营内出现越轨行为，并产生离异频发的现象，让战士在上战场时不会顾虑妻子在军营内是否会受到其他人的骚扰，由此影响军队的安定和团结。
实行女营制度一定程度上也是为了保护女性的利益，避免女性在城破以后遭受到士兵的侵害，维护军队的纪律和秩序。
省门陷后,首逆入城,将绅民铺户,无论男妇,逼胁投降,以二十五人为一军,男有男贼管带,女有女贼管领。太平军在攻陷一城以后，会将城内的居民按照男女分分别管理，以25个人为一个单位，男人由男兵管理，女人由女兵管理，统一居住在一个大房子内。
由于这种严格的男女分居制度，使太平军在纪律方面异常严明，即使很多想恶意攻击他的敌人都不得不承认，连曾国藩都说太平军“颇能禁止奸淫”。
相较之下，清兵的纪律刚则显得涣散，每到一地烧杀抢掠，以至于曾国藩都不敢将李秀成押往北京刑部听审，而是将其就地处决，以免泄露他的这些秘密。
当然除了上述这些原因，太平军实行男女分居还有宗教上的原因。在洪秀全的《原道救世歌》里，开篇就说道：“第一不正淫为首,人变为妖天最慎”，这里的“淫”是指男女私情，洪秀全认为人性变恶都是因为有男女私情的存在，因此他要让男女分居，打碎家庭。
太平天国在起义初期实行的女营制度是有积极作用的，可以让士兵减少后顾之忧，保证了战争的胜利与时局的稳定。但随着太平军的节节胜利，并定都南京以后，洪秀全却没有实现他的承诺，废除女营制度，相反变本加厉地实行女馆制度。
太天军攻入天京以后，由于男性大多在前线打仗，后方劳动力不足，洪秀全便把女馆中的妇女变成了壮丁，用暴力强迫他们为满足自己的私欲修筑宫殿王府。
“妇女入馆后,日以劈竹签,挑砖负米为事,不堪其苦”，妇女在进入女馆以后，平时负责劈柴挑砖担米，苦不堪言。
“出女馆至西华门二里,至制台署又五里。每妇一名,搬砖十块,往返十余里,疲敝不堪矣,多有以是寻死者。"尤其是搬砖，来回一躺要十几里，很多妇女因此被逼得走投无路只能寻短见。
“夏秋间又令妇女出城挑挖壕沟,随后又准令出城拾柴,冬初又准其抬同馆死尸出城埋葬”。除了日常工作以外，还要接受天王的劳役，为他修壕沟，搬运物资，同伴死了，还要将她拉出城去埋葬。
除了对女性的迫害以外，男女营制度也引起了男性战士尤其是中上层将领的不满。
战争时期迫于形势不得不分居，但和平条件下，再实行男女分居的制度，一方面是对正常生理需求的压抑，另一方面会让他们产生人未亡而家已亡的家破人亡的感觉。
1855年，在东王杨秀清的极力建议之下，洪秀全正式下令废除男女营制度，让”眷有所属”的妇女重新回归家庭，没有归属的十五至五十岁的妇女则“媒官”主持下进行分配。女营（馆）虽然在各地仍有留存，但在制度上已经退出了历史舞台。