这样子看，清朝取代明朝导致出现了前所未有的大退步
很显然，三大思想家都是以肯定人性自私说为逻辑起点来立论的，这与李贽“人必有私”的论断不谋而合。另外，黄宗羲还驳斥了俗儒们“君臣之义无逃于天地之间”的谬论，提出“天子之所是未必是，天子之所非未必非……公其是非于学校的”论断，实际上这也是对李贽“不以孔子是非为是非”思想的继承和发展。但是，三大思想家与李贽的思想更多地是一种暗合，而非自觉地继承。实际上，在对人性的张扬和自我的关注这一点上，三大思想家不仅没有沿着李贽的思想继续前进，反而自觉地往回收缩：他们虽然都承认人欲的合理性，但是他们最后的落脚点并不是作为生命个体的自我的欲望，而是“公欲”，是“天理”，如王夫之提出：“人欲之大公，即天理之至正矣”，“私欲净尽，天理流行，则公矣”；顾炎武的思想更是以程朱理学为宗，他探讨理欲问题的落脚点依然是在“理”与“公”上，主张“合天下之私，以成天下之公”；黄宗羲不仅反对君主的“一己之私”，也反对其他个体的“一人之私”，并再次将天理与人欲对立起来，他说：“天理人欲，正是相反，此盈则彼绌，彼盈则此绌，故寡之又寡，至于无欲，而后纯乎天理”，他还提出了君子与小人之辨，认为小人有私欲，君子无私欲。正是因为李贽思想的落脚点是自我，而黄宗羲、王夫之、顾炎武思想的落脚点是“公”，是“天理”，他们与李贽存在着根本的矛盾，因此他们对李贽发起了猛烈的攻击，认为李贽是晚明社会风气败坏的罪魁祸首。王夫之对李贽“奖谯周、冯道而诋毁方正之士”大为不满，他指责李贽不恤君亲，公然与天理人伦相抗，“惑世诬民”，是“时局中邪之尤者”。王夫之还主张禁毁李贽的著作。
顾炎武批评李贽说：“自古以来，小人恣无忌惮而敢于叛圣人者，莫甚于李贽。”又说：“试观今日之事，髡头也，手持数珠也，男妇宾旅同土床而宿也，有一非李贽所为者乎？”黄宗羲虽没有像王夫之、顾炎武那样严厉斥责李贽，但他对李贽流于禅学颇有微词，并将其排除在《明儒学案》之外。不同的历史遭际，使清初三大思想家思考问题的角度和李贽明显不同。李贽所处的晚明社会，商品经济发展和市民阶层的兴起与日趋僵化的程朱理学产生了矛盾，因此李贽的思想着力点在于使自我从程朱理学的禁锢下解放出来，以顺应商品经济的发展；而经历了亡国灭种之痛的清初三大思想家，他们所面对的是满族统治者对汉族的武力征服，是“以夷变夏”、“天崩地解”的时代，在这种历史境遇下，他们不仅不可能将着眼点放在人性的解放上，反而将亡国灭种的罪责归咎于王阳明的心学及其承继者。王夫之、顾炎武都批评王学援禅入儒，空言心性，导致学风和世风日下。在这种情况下，有“狂禅”之称、极力张扬人性和自我的“异端”思想家李贽自然尤为他们痛恨。黄宗羲虽然是王学的传人，而且反对将王学的流弊加到阳明头上，但他同样反对佛学，他之所以在《明儒学案》中不为李贽立案，也是因为他认为李贽已经偏离了儒学而走向了禅学。李贽褒奖谯周和冯道也是为清初三大思想家所不能容忍的。民族矛盾的凸显使清初的三大思想家特别注重气节，他们痛恨投降清朝的士大夫，痛恨历史上谯周、冯道之类的“贰臣”，而李贽却公然为他们翻案，因此王夫之、顾炎武都非常痛恨李贽，视其为洪水猛兽，王夫之说：“若近世李贽、钟惺之流，导天下于邪淫，以酿中夏衣冠之祸，岂非逾于洪水，烈于猛兽乎？”清初的三大思想家对专制制度进行了无情的批判，他们还提出了朴素的民主思想，如黄宗羲就提出了“民主君客”论、“公其是非于学校”等政治主张。他们仍在进行着李贽开创的启蒙事业，但是这种启蒙主要是在政治思想层面；在人性层面的启蒙却几乎中断了。这是时代的悲剧，因为在“以夷变夏”、“天崩地解”的时代，反对民族压迫的“救亡”运动压倒了“启蒙”。
清朝统一全国后，更是很快重新确立了程朱理学的统治地位，并以极端残酷的文化高压政策为之保驾护航。明末，文人结社十分盛行，知识分子获得了一定的自由，有了一定的言说权力和操控舆论的力量，但是清朝的文人却在高压政策下噤若寒蝉，彻底失去了思想的权利。中国历史上由此出现了前所未有的大退步。