商鞅第二次变法废除井田制、推广县制、统一度量衡，为统一奠定基础
这次变法是进步从经济和政治上进行改革，目的在于进一步谋求富国强兵。主要有下列六点：
废除贵族的井田制，“开阡陌封疆”
《史记》说：“卫鞅为田开阡陌封疆而赋税平”，“开”就是开拓的意思。蔡泽说：商君“决裂阡陌，教民耕战”。“决裂”的目的是为废除井田制，董仲舒就曾指出：商君“改帝王之制除井田，民得买卖”。“阡陌”是指每亩田的小田界，“封疆”是指每一顷田（百亩田）的大田界，合起来可以总称为“封”。
具体地讲，“开阡陌封疆”，就是废除井田制，把原来“百步为亩的“阡陌”和每一顷田的“封疆”统统破除，开拓为二百四十步为一亩，重新设置“阡陌”和“封疆”。《说文解字》说：“六尺为步，步百为亩。秦田二百四十步为亩（末句，徐铉本无，徐错本有）。”唐代《一行算法》说：“自秦孝公时，商鞅献三术，内一，开通阡陌以五（当作“六”）尺为步，二百四十步为亩。”
杜佑《通典》又说：“按周制，步百为亩，亩百给一夫。商鞅佐秦，以一夫力余，地利不尽，于是改制二百四十步为亩，百亩给一夫矣。”可知这时“开通阡陌”，采用二百四十步为亩的大亩制，用来分授无田耕种的农民，依然实行着“百亩给一夫”的授田制度。
早在春秋晚期，晋国六卿中的赵氏已废除井田制，改用二百四十步的大亩制，这时卫鞅变法该是吸收了过去赵氏改革的经验，并进一步加以发展，适应了当时社会生产力发展的需要。
商鞅变法
这时卫鞅的改革，是在秦国境内正式废弃井田制，确认自耕农的土地所有制，并扩大政府拥有土地的授田制度，促进小农经济的发展，增加地税收入。
还必须指出，卫鞅这次对农田制度的改革，一方面是破除了旧的阡陌封疆，用法令形式废除了井田制，即所谓“坏井田，开阡陌”；另一方面是重新设置了新的阡陌封疆，用法令形式保护了土地私有制，所以后世有人说卫鞅“灭庐井而置阡陌”。《秦律》严禁对私有土地的侵犯。
《法律答问》有一条律文：“盗徙封，赎耐。”就是把私自移动田界看作“盗”的行为，要判处耐刑（剃去鬓发），但允许出钱赎罪。接者又对这条律文解释说：“何如为封？封即田阡陌、顷畔封也，是非是而盗徙之，赎耐。何重也？是不重。”说明田界不应该这样“盗徙之”，这是对私有土地的侵犯，应该判处耐刑，并认为这种刑罚“不重”。
普遍推行县制，设置县一级官僚机构
卫鞅这时把许多乡、邑聚（村落）合并为县，建置了四十一个县。《商君列传》作“三十一县”，《六国年表》作“三十县”，设有县令、县丞等地方官吏，还设有县尉。县令是一县之长，县丞掌管民政，县尉掌管军事。
周显王二十年（前349年）“初为县有秩史”，就是在县官之下，开始设置有定额俸禄的小吏，从此县一级地方行政机构才正式确立。县制的普遍推行，是为了把全国政权、兵权集中到朝廷，建立中央集权的统一的政治体制，以便于巩固统治，发展小农经济。
《商君书》
《商君书·垦令篇》说：“百县之治一形，则从迁者不饰，代者不敢更其制过而废者不能置其举。”就是说，各县的政治制度都是一个形态，则人人遵从，奸邪的官吏不敢玩弄花样，接替的官吏就不敢变更制度，犯了错误而罢免的官吏就不敢掩盖其错误行为。《垦令篇》还认为，只有这样，才能“民不劳”、“民不放”，做到“农多日，征不烦，业不败则草必垦矣”。
迁都咸阳，修建宫殿
这时秦国为了争取中原图谋向东发展势力把国都从雍城迁到咸阳。咸阳位于秦国的中心地点，靠近渭河附近物产丰富，交通便利。而旧都雍，旧贵族的习惯势力较大，不利于变法的开展。同时仿效中原各国国都的规模，修建冀阙（古时宫廷门外的一种高建筑，用以悬示教令）和宫殿。
统一度量衡制，颁布度量衡的标准器
这是在周显王二十五年（前344年）具体实施的，对于统一赋税制度、俸禄制度和发展商业，都有一定的作用。传世有这一年颁布的商鞅方升（现藏上海博物馆）。经上海市标准计量管理局测定，商鞅方升的内容，秦一升的容积为202.15立方厘米。又据这个升的铭文，容积是当时尺度的十六又五分之一立方寸，以此推算，每立方寸的容积为12.257立方厘米。再由此推算，当时秦的一寸是2.305厘米，一尺是23.05厘米。
开始按户按人囗征收军赋
周显王二十一年（前348年）秦“初为赋”，这是按户按人口征收的军赋，就是云梦出土《秦律》所说的“户赋”，也称“口赋”，为汉代“算赋”的起源。
《秦律》规定，男子成年要向政府登记，分家另立户口，并缴纳户赋。如果隐瞒户口，逃避户赋就成为“匿户”要严加惩罚。如果男子成年而不分家登记户口的，要加倍征收户赋。
卫鞅
卫鞅曾下令：“民有二男不分异者，倍其赋。”当时卫鞅没有采取鲁国季孙氏那样用田赋（按田亩征赋）的办法，而采取按户按人口征赋的办法，这是为了奖开垦荒地，发展农业生产，增加赋税收入。杜佑指出这是“舍地而税人”；马端临也说，这是由于“任民所耕，不计多少，于是始舍地而税人”。
《商君书·垦令篇》说:“禄厚而税多，食口众者，败农者也。则以其食口之数，赋而重使之，则辟淫游情之民无所于食。”这是说禄厚而收入田租多的，家中养着众多吃闲饭的人，这对发展农业生产不利。政府按“食口”征收口赋，并加重他们的徭役，那么这些游荡懒情的人就没处吃饭。
这说明卫鞅采取这项措施目的之一，是为了限制官僚地主豢养的食客的数目。但是征收口赋的结果受害最大的还是广大农民和其他劳动人民，因为这样大大增加了贫苦劳动人民的负担。
卫鞅
卫鞅规定一家有两个成年男子的必须分家另立户口，否则就要加倍征赋。这是为了确立以一夫一妇为单位的农户，以便于开垦荒地，扩大农业生产，增加赋税收入。
这种对不分家的成年男子加倍征赋的法令，有助于小农经济的发展，但是给贫苦人民带来了沉重的灾难，汉代初年贾谊就说：“秦人家富子壮则出分家，家贫子壮则出赞。”就是说比较富裕的人民，子弟一到壮年就分家另立门户；贫苦的人民因为负担不了户赋，只能典质给富户成为家奴性质的“赘婚”了。
革除残留的戎狄风俗，禁止父子兄弟同室居住
由于秦国的西南和西北都是少数部族，秦国统一了许多少数部族地区，因而秦国残留的戎狄风俗是较多的。这时卫鞅按照中原的风尚、习俗把残留的戎狄风俗革除，目的还是在于加强统治。
周显王二十九年（前340年）卫鞅设计生擒魏将公子卬，大破魏军，迫使魏国交还一部分过去夺去的西河地。卫鞅由于这个大功，受封於商（今陕西商县东南商洛镇）十五个邑，号为商君，而他所主导的变法也被后世称为“商鞅变法”。
卫鞅变法的成功及其被杀害
卫鞅的第二次变法，从经济上和政治上进一步剥夺了旧贵族的特权，损害了旧贵族的利益，结果太子也犯法了，卫鞅因此对太子的师傅公子虔等用刑，于是遭到公子虔等人的强烈反对。
秦惠文王
周显王三十一年（前338年），秦孝公薨逝，太子即位，即秦惠文王。公子虔等人告发卫鞅“欲反”，秦惠王要逮捕他，他回到封地商邑发兵抵抗，出击郑（今陕西华县）。但因寡不敌众，被秦兵杀死于彤（今华县西南）并被处以车裂的刑罚。
卫鞅吸取了李悝、吴起等法家在魏楚等国实行变法的经验，结合秦国的具体情况，对法家政策作了进一步发展，后来居上，变法取得了较大的成效。他进一步破除了井田制，扩大了亩制，重农抑商，奖励一家三户男耕女织的生产，鼓励垦荒，这就促进了秦国小农经济的发展。
他普遍推行了县制，制定了法律，统了度量衡制，建成了中央集权的君主政权。他禁止私斗，奖励军功制定二十等爵制度，这有利于加强军队战斗力。他打击反对变法的旧贵族，并且“燔《诗》《书》而明法令”，使变法令得以贯彻执行。