北洋政府时期由于忙于内部的混战,所以北洋政府没有足够的财力投入到海军建设当中去,以1912年和1913年为例,1912年的海军经费为700万元,所占比重不到当年军费总额的百分之十,1913年和1914年海军经费依然不足百分之十,而且在1918年以后由于时局动荡、经费紧张,北洋政府甚至已经不再过问海军经费的事情。海军发展一度陷入停顿,海军官兵被欠薪的情况也是时有发生。海军为了谋得自己的生存,不得不采取与军阀合作的策略,部分海军官兵甚至参与了走私贩毒以谋求生计。
因为经费紧张加上政府不重视,所以北洋政府时期的海军装备更新速度是非常慢的,远远比不上同期的日本。如果说晚清时期北洋海军尚能维持对日本的优势的话,到了北洋政府时期,海军已经完全落后于日本。海军在民国初年的时候曾经有一个十年造舰计划,当时准备将舰艇在十年内增加到300艘左右,不过一直到北洋政府终结,北洋政府所拥有的所有舰艇都没有超过50艘,而且多是一些小吨位的。
北洋政府时期的海军还有一个比较大的特点就是始终处于比较分散的状态,袁世凯政府时期,北洋海军基本上隶属于北京政府,但是在袁世凯死后,北洋海军就迅速裂变为北京政府所辖海军,广东海军和东北海军三部分,而且一度东北海军的发展势头是最猛的。
所以北洋政府时期的海军发展史实际上就是一部衰亡史,尽管很多人倡议振兴海军,包括张謇、康有为、载沣、善耆等人,但是甲午战争以后的海军始终未能振兴起来。