朱元璋没有想到，陪伴自己长眠于南京的后人，只有一位
朱重八即是后来的朱元璋，朱元璋的祖辈两次迁居，都是因为贫穷，但最终也未能逃过贫穷的命运，朱元璋的两个哥哥，朱重六和朱重七早早去世，在朱元璋十六岁的时候，淮北遭遇旱灾，朱元璋的父母及大哥朱重五又于凤阳先后去世，从此朱元璋成了一个孤儿，为了能够活下去，他当过和尚，做过乞丐，若不是元朝末年天下大乱，朱元璋恐怕也会重蹈父兄的命运。
正是元末的乱局，给了朱元璋机会，朱元璋称帝后，将父祖几代人同时追尊为皇帝，朱百六为明德祖，朱四九即明懿祖，朱初一为明熙祖，朱五四为明仁祖。并分别在盱眙和凤阳修建了陵墓，位于盱眙的称作明祖陵，是朱元璋的高祖、曾祖、祖父的陵墓，耗时三十年营建完成，规模庞大，气势恢宏，至明成祖朱棣继位后，仍在不断完善。位于凤阳的叫做明皇陵，是朱元璋为父母和兄嫂修建的陵墓，营建过程中，朱元璋曾三次前往凤阳祭拜，朱棣继位后，又颁布明诏，凡官员路过者必须前往谒陵。
在修建好父祖的陵墓之后，朱元璋于洪武十四年，调集十万军工，开始为自己修建豪华的陵墓。第二年马皇后去世，葬入陵墓，因马皇后谥号为孝慈高皇后，又因奉行孝治天下，于是将陵墓命名为明孝陵。朱元璋本意是，明朝所有后世君主的陵墓均依托孝陵而建，故而在太子朱标去世后，朱元璋在孝陵以东，为太子修建了明东陵。虽然朱标生前没有做过皇帝，但朱元璋爱子心切，明东陵的规制依然达到了帝陵标准。
洪武三十一年，朱元璋驾崩，葬于明孝陵。依照以往历代王朝的惯例，继位的皇太孙朱允炆也会在孝陵周围，为自己营造陵墓，以便百年之后陪伴自己的父祖。然而遗憾的是，营建陵墓的事还没有提上议事日程，燕王朱棣便发动靖难之役，取而代之了，建文帝朱允炆也不知所踪。朱棣继位后，将都城迁到北京，并在北京为自己营造了豪华的陵墓，称作长陵，此后明朝历代皇帝陵墓均围绕长陵而建，两百多年间，共有十三位皇帝长眠于此，因此也称作明十三陵。
明十三陵的营建起源于朱棣迁都，但假如靖难后，朱棣没有迁都，那也就不会有北京的十三陵，明朝后世君王陵墓就将依托孝陵而建，或在南京择地而建。总之，不会出现如今只有朱元璋和长子朱标长眠于南京的情况，这是朱元璋没有想到的。此外明朝单独的帝陵还有朱祁钰的景泰陵和嘉靖父亲的明显陵。