康熙曾经给了台湾高度自治的机会，可是郑经却和清朝打太极
台湾岛
然而对于清朝来说，台湾郑氏政权不仅威胁着东南沿海的安全，也阻碍了国家的统一。随着大陆统一已经基本实现，统一台湾的问题开始被康熙所重视。不过康熙皇帝最开始并不想大动干戈，而是采取和平的手段。
康熙元年（1662年），郑成功去世，其弟掌握了台湾政权，但是郑成功的儿子也在厦门宣布继位。叔侄二人你争我斗，水火不容。此时清朝开始对郑经进行第一次招抚，而现在台湾被叔叔占据，因而他选择和清朝谈判拖延时间，“苟延岁月，停顿数日，再作处理”。随后郑经派遣郑泰、洪旭等人和清朝代表谈判，并上缴明朝敕命、公伯爵印及海上军民土地清册，以换取清朝信任。第二年，郑经平定台湾内乱，但是这时候郑经又拒绝招抚。
郑经
1663年十月，清朝攻克了厦门和金门等台湾在大陆的据点。此时荷兰人也试图和清朝合作一起攻占台湾，以获卷土重来。清朝拒绝了荷兰的要求。随后清朝派遣人到台湾在大陆的据点——铜山招抚。 郑经却说“请如琉球、朝鲜例，不登岸，不剃发易衣冠”，也就是试图成为了像朝鲜和琉球那样的藩属国，这是一种半独立的状态，清朝也断然拒绝其要求，并果断出兵占据了铜山。 而清朝军队也试图乘胜登陆台湾，但是遭遇台风和返回。
台湾一府三县
1667年，康熙已经亲政，他试图同意郑经提出的作为藩属国的要求，也就是赋予台湾以高度的自治权。 5月，康熙派遣福建招抚总兵孔元章到台湾招抚，提出两岸和平通商，并满足台湾上次提出的要求，只需要台湾接受称臣、纳贡，并遗子人京为质和剃发等条件。但是在剃发方面，双方僵持不下，因此孔元章的招抚失败。随后康熙又进行了第四次招抚，并作出重大让步，但是双方还是因为剃发问题而谈判破灭。
剃发易服
1677年，大陆爆发了“三藩之乱”，郑经也乘机出兵大陆沿岸，再次攻占据点，企图重返大陆。 康熙在这时候对台湾做出了重大的让步，允许台湾人不剃发。但是郑经却得寸进尺，要求得到漳洲、泉州、惠州、潮州四府，康熙断然拒绝。从第五次招抚可以看出，郑氏不同意剃发只是一个幌子，当清朝最终放弃剃发这一个条款时，郑经又会提出更加无理的要求。
三藩之乱
在平定“三藩之乱”的艰苦时间中，康熙进行了第六次招抚。当时郑经在大陆沿岸有一些军队，康熙打下命令，不要“株连无辜”，以免产生不必要的矛盾。康熙还特别重视对郑经其家族人员的笼络，甚至给予其官职和俸禄。 但郑经再一次得寸进尺，他不仅不接受招抚，还要乘机进兵北上。最终郑经的军队被击败，大陆的据点也再一次丢失。
1679年，“三藩之乱”即将被平定，郑氏的374位文武官员和12000多名士兵投诚。康熙开始对台湾进行第七次招抚。 康熙答应郑经“果能释甲东归，照朝鲜事例，代为题请，永世为好，作屏藩重臣”。 郑经表面上答应其要求，但是又提出两大要求，一是“将海澄为往来公所”；二是，“年纳东西两洋饷六万两”。也就是将漳州的海澄划给郑氏，以作为其在大陆的往来的据点；二是向清朝提出了每年6万两的土地军饷开支要求。康熙看到郑经在此得寸进尺，已经不再谈判。
康熙为了招抚郑经，以和平的方式统一台湾，前后用了20年的时间，不断作出让步，给予了台湾以藩属国的地位（高度自治）。但是郑经却得寸进尺，不断和康熙打太极拳。康熙为了维护国家的领土完整，不得不采用武力统一台湾。 1683年，康熙命令派福建水师提督施琅率2万余人、战船200余艘，进攻台湾。郑氏军队溃败如山倒，清兵不久登陆台湾。1684年，清朝在台湾设置了台湾府和台湾县（今台南）、凤山县（今高雄左营）、诸罗县（今嘉义），隶属于福建省。这是台湾岛第一次纳入了中央王朝的版图。