玄武门之变存在一处明显疑点，迄今为止，仍有很多人没察觉到
公元626年7月2日，李世民带领长孙无忌、尉迟恭、张公瑾等人入朝，并在玄武门设下伏兵。李建成、李元吉兄弟二人事先没有察觉，还大剌剌地骑着马，但是当他们走到临湖殿时，却发现了不对劲，于是二人立即掉转马头，准备各自回宫。遗憾的是，一切都晚了，李世民非但没给他们翻身的机会，反而还在这里结果了他们的性命。
当一切都结束之后，唐高祖李渊才得知这件事，《资治通鉴》记载：上方泛舟海池，世民使尉迟敬德入宿卫，敬德擐甲持矛，直至上所。上大惊，问曰：“今日乱者谁邪？卿来此何为？”对曰：“秦王以太子、齐王作乱，举兵诛之，恐惊动陛下，遣臣宿卫。”玄武门之变发生时，李建成手下薛万彻立即得到了消息，他不但亲率东宫兵马作战，甚至还一度反扑秦王府。
薛万彻此举，令李世民惊惧不已，要知道，他为了击杀李建成与李元吉，早已将秦王府八百私兵全都调来了，彼时的王府处在一个不设防的状态，而且他的家眷都在府中，一旦被薛万彻攻破，后果不堪设想。最后，直到尉迟恭带着李建成、李元吉的首级及时赶到，才解了危局。确保秦王府重归安全之后，尉迟恭才去找的李渊。
在这段时间内，玄武门的战况可谓异常激烈，可是李渊却对这件事一无所知，这是为何？在这里有一个关键词——上方泛舟海池，外面已经打响战斗许久，就算李渊不刻意去打听，也一定会有侍卫进来通报，再怎么说，他也不会优哉游哉的游玩，更不会直到身披铠甲、手拿武器的尉迟恭闯到眼前，才得知外面发生的事情。
所以在这里只有两个解释，一是李世民早早就调走了李渊身边的护卫，让他们无暇他顾；二是李渊处于一个被监禁的状态下，只能在船上游玩。《旧唐书·高祖诸子列传》记载： “接战久之，矢及殿屋。” 箭矢都已经射进了宫殿，这也就意味着，尽管史书上称尉迟恭一人前来“保护”李渊，但实际上，他不但没有独自前来，甚至还带了一支军队。
如此看来，当时的情况应该是这样的：尉迟恭先是带兵制服了李渊的禁卫，又逼迫交出政权，当李渊问宰相裴寂如何是好时，一向与秦王不睦的他见大势已去，只好保持沉默；而本就倾向于李世民的萧瑀、陈叔达等人，顺势劝说李渊交出政权，见他们这么说，李渊只好借坡下驴，进而说出“早有此意”的一番话来。
历史上任何一个从战场上杀出来的皇帝，没有一个是易于之辈，李世民就是个活生生的例子。