湘军重要将领李臣典掳掠妇女，因奸淫过度而致病，两周后死亡
湘军围困南京时，遭遇十一个月无饷可发。湘军士兵进城后疯狂抢掠，造成南京大浩劫。
南京城墙坚固难破。湘军进攻南京便采用围困战术。从城外往城里挖地道，一共挖过三十多条地道。太平军从城内往外挖，将湘军所挖地道一一炸毀，连人带地道一起堵死。
湘军工兵在挖地道过程中，被炸死或活埋的兵勇就近两千人，耗费炸药达十多万斤。
此外，湘军在围困南京中，除遭遇了断饷外，还遇到军中发生温疫等各种艰难险境。曾国藩的弟弟曾国葆就是在这次疫情中病逝的。
在耗时近三年之久的围困中，曾国荃率领湘军苦苦支撑，终于挖通一条直达城中太平门的地道。这才攻破城池，打下南京。
湘军将士进城后大肆烧杀抢掠，几近屠城。湘军将南京城洗劫一空。传说南京城内金银财宝堆积如山。人们必定认为曾国荃掳掠财物最多。实际上这一次曾国荃却并未捞着，也许曾国荃还暗恨自己下手太慢了。
南京攻破后，随之而来的是众多人对曾国藩兄弟及湘军的非议和质问。
在这场战斗中，洪秀全虽已死，但小天王并未抓获，是死是活一直没有定论。南京城内财富堆积如山的话也一并传至朝廷。朝廷上谕指名道姓，直指曾国荃指挥失宜。要求必须对放跑了小天王的失职者追责惩罚，同时追问了城中财物去向。
曾国荃也确实年少轻狂，有诸多不足之处。自认为打下南京功大过天。狂悖之词不少。湘军在破城进入南京后的所做所为，实在令人发指。因而上奏诋毁和咒骂之声不绝于耳。
自然，要找出曾国荃和湘军将士的过错，那可是随便一拎就一大串。
曾国藩看着这些，心里跟明镜似的。他更知九弟曾国荃的狂悖和妄言，必将会加速灾祸的来临。
早在第二次鸦片战争，英法联军攻打北京时，虽僧格林沁和胜保拼尽全力，仍未挡住英法联军的进攻步伐。眼见英法联军就要攻入北京，咸丰皇帝不得不到热河“避暑”，留下恭亲王驻守北京。
曾国荃得知消息，大发埋怨僧格林沁之词。说僧格林沁因不受皇帝重用，而未尽全力御敌，导致战败。
曾国藩听闻这些话，斥责曾国荃万不该妄评此事。他严厉指出曾国荃所言既不符实，又会有损满汉关系的维系。实际上这次战败的重要原因之一，是僧格林沁部队的武器装备，根本挡不住英法的枪炮远距离攻击。刀剑怎能对阵枪炮的攻击。
而这次打下南京后，湘军势力威震八方。加上曾国荃的军纪远不及哥哥曾国藩的。湘军的堪乱之极，自然要归责到曾国荃头上。
曾国藩思想多日，深深感到危机四伏。若再不自检自诫，早晚会生出大事端。
因此，曾国藩苦心劝告心高气傲、阅世不深的曾国荃：“处大位大权而兼享大名，从古到今，能有几个人能始终将权和名持有到终结的啊？总须设法将权位两项，推让掉些许，少背负些功名，则晚节渐可以收场耳。”
初听哥哥的分析言语，曾国荃还颇觉委屈，着实争辩了一幡。
最后，曾国荃总算听进了哥哥的劝告。
在攻占南京两个多月以后，曾国荃以“遍身湿疹，久治不愈”为由，奏请开缺回原籍养病。
曾国荃打下南京不足一百天，便黯然离开南京，回湘乡去了。
曾国藩自剪羽翼，裁军半数。以释朝廷之疑，避免了“鸟尽弓藏，兔死狗烹”的事发生在他们身上。