大明灭亡后，他为何能是唯一堂而皇之地保留汉民族衣冠的人？
朱之瑜是“明末中国五大学者”之一，在当世与黄宗羲、王夫之、顾炎武、颜元齐名。明亡后，“五大学者”为了“全节之志”，或隐居，或出家，或被迫剃发，而朱之瑜却是唯一堂而皇之地保留汉民族衣冠的人。
朱之瑜为什么能够做到“留发也留头”？
因为他走上了流亡之路，他选择的流亡国家就是日本。
对历史稍有了解的人都知道，自1603年德川幕府建立以来，日本施行长达200余年的锁国政策、明朝灭亡之前，那里已经“三四十年不留一唐人”。在这种情况下，日本为何会接纳中国流亡学者？这个朱之瑜有何“神通”，他到底何许人也？
中国社科院研究员院李苏平所著《朱之瑜评传》，是迄今为止对朱之瑜生平事迹描述最完整的传记。他生于明万历二十八年（公元1600年），卒于清康熙二十一年（公元1682年）。本是大明皇族，但因家道中落，本人又为人正直、诚恳，不肯趋炎附势、阿谀奉迎，所以仕途坎坷。四十岁时他下定决心不去作官。崇祯十七年，朱之瑜四十五岁时，国难降临，李自成攻陷北京，清军入关。朱之瑜临危出山，辅佐南明。南明灭，朱之瑜流亡。
朱之瑜的流亡历尽坎坷。现在中国人去人日本，应该是件很简单的事。但以当时的运输能力，天上不能飞，海上船帆又经不起大风浪。所以东渡日本，仅就航行而言也费尽周折。朱之瑜一生五次出海，三渡日本，两次“未遂”，海上漂泊了十余年，差一点做了海洋孤魂野鬼。
第一次赴日，是向日本“乞师复仇”。他从中国浙江舟山群岛出发，想借日本兵马，反清复明。而此时日本德川幕府坚持实行海禁，不许外人停留，朱之瑜到了日本近海后不能登陆，只得原路返回。
第二次赴日，是想联合日本，配合郑成功，收服中原。但依然不能靠岸，朱之瑜经由日本到越南（安南）。此刻，他反清复明的根据地舟山被清兵攻陷。有家不能回。屋漏偏逢连夜雨，不久又遭安南供役之难，被安南国羁押。安南国王欲留下他希望他臣服，他誓死不拜。
最后一次东渡日本，朱之瑜的想法已经产生变化，不是求救兵，而是求避难。衡量当时的局势，朱之瑜认定复国已无望，与其做亡国奴，不如远走高飞。于是，以“鲁仲连不帝秦”的精神，东渡日本，准备在此终了一生。
朱之瑜为何明知日本政府锁国政策，却三番五次来到此求助？
这一切都与朱之瑜在日本的政界学界“知己”有关。
《朱之瑜评传》称朱为“传播中华文化于异邦的导师”，“传中华之道脉，激东滴之儒流”。这位明末贡生，一生与大明官场无缘，但对日本政界、学界却产生了很大影响，获得了高度认知。朱之瑜来日本前，就有神交已久的知己安东守约。安东守约是日本著名学者，在日本政界学界颇具盛名。在安东守约的宣传下，德川家康的孙子、政治家德川光国也对朱之瑜产生仰慕之情。
最后，也正是因为这些神交奔走呼号，日本政府特批，破40年来幕府之国禁，让朱之瑜在长崎租屋定居下来，就此结束了十多年的海上漂泊生活。
无疑，除了看本国政界学界有头脸人的面子，日本幕府还看中了朱之瑜的才学。朱之瑜虽然也是儒门弟子，但他的学问讲究 “实理实学、学以致用 ”，认为 “学问之道，贵在实行，圣贤之学，俱在践履”。这与日本的“实言实行”的“实用主义”文化传统一拍即合。
所以，到了日本之后，朱之瑜受到德川光国的厚重礼遇。德川光国的做派颇似中国春秋时代的“孟尝君”，在日本以礼贤下士著称。他认为朱之瑜年高德重（时年61岁），不敢直接称名称字，要他取一名号以称呼。朱之瑜就以故乡“舜水”为号，意为“舜水者敝邑之水名也”，以示不忘故国故土之情。
在德川光国的推介下，日本政界学界名流纷纷向“舜水先生”拜师，“朱舜水”这个名字就此在日本叫响东海幡然认故国，谁人不知“朱舜水”！
大明最后一个学者幸存日本，对中国来说，延续了一个“正宗学种”，保留了“文明反思”的血脉。朱之瑜定居日本后，总结了明亡的历史教训，写下了著名的《中原阳九述略》。认为明亡的原因主要有二：一是政治腐败，二是学术虚伪。
“中国之有逆虏之难，贻羞万世，固逆虏之负恩，亦中国士大夫之自取也。语日：‘木必朽而后蛀生之。未有不朽之木，蛀能生之者也”。
而对日本来说，明学者投奔此地意义更为深远。
德川光国不是慈善家而是政治家，他所做的一切是为日本的未来。留下朱之瑜师之，不仅是将中国残存的最后一点有价值的学问留在日本，而且还为日本的政治前景找到出路。
朱之瑜留日后，德川光国设置彰考馆，聘请 “舜水先生” 指导，由 “舜水先生” 门生安积觉任主编，与安东守约、山鹿素行一道共撰编《大日本史》，该史以“尊王一统”之说贯穿始终，暗喻东方文明的中心国，已从中国转移日本。
后来，山鹿素行还依据此书，写出《中朝事实》，所谓“中朝”，原指中国，现指日本。认定日本正在取代中国，成为东方世界的中心。此说后来被明治维新的先驱者吉田松阴继承，推动了明治维新的成功。
“舜水先生”在日本安度晚年，活得很高寿享年82岁。逝后得到日本政府厚葬、民间追祭，德川光国派人整理了他的遗稿、刊行《舜水先生文集》全28卷。东京大学农学院内立有“朱舜水先生终焉之地”石碑，沿存至今。