波兰战役后波兰的悲剧：六分之一人口死于屠杀
反抗与占领政策
按照《德苏互不侵犯条约》内容，德国将拥有18万8,000平方千米、2,020万人的占领区。于是在波兰战役尚未结束时，德国就先于9月8日和13日设置了占领波兰的军区，分别阿尔弗雷德·冯·沃拉德-博克尔贝格指挥的“波森”军区(Posen，后来该区成为德国入侵苏联的主力部队—中央集团军群的总司令部)和由瓦尔特·海茨指挥的“西普鲁士”军区(Westpreußen)，分别占领了大波兰和波美拉尼亚两区，之后将两者划入本国领土，共面积达9万平方千米，人口约有1000万，较1914年的德意志帝国东部边界长250千米。后来希特勒将任命阿瑟·格雷泽和但泽的纳粹党州领袖艾柏特·福斯特两位纳粹党行政人员管理波森与西普鲁士军区，而剩余的波兰领土则由新成立的波兰总督府管辖，由汉斯·法兰克负责。1939年10月3日，希特勒再设立了“罗兹”和“克拉考”军区，并分别由伦德斯特和利斯特将军指挥。
占领期间，纳粹政府对并入德国领土的地区施以“德国化”政策，判断居民是否具有德意志血统，或无则依照种族而施加不同待遇，波兰人不是遭到驱逐就是被派放至德裔人家庭作劳动力，并剥夺了他们接受教育的权利，使其成为单纯的劳动群众，而单纯因为他们是波兰人就被德军杀害的事件时有所闻，德军部份将领，如布拉斯科维茨曾向希特勒抱怨党卫队的行径，希特勒后来因此对他产生了恶感。驱逐出德国境内的波兰人和犹太人被送至波总督府中，尔后德国设立大量的集中营将他们有系统地屠杀。
苏联方面，其吞并的波兰领土被瓜分至白俄罗斯苏维埃社会主义共和国、乌克兰苏维埃社会主义共和国和立陶宛苏维埃社会主义共和国(1940年苏联吞并波罗的海三国后)中，并施行“俄罗斯化”政策，将大量波兰知识份子、军官、地主等社会精英予以屠杀(最为著名者即是“卡廷森林屠杀案”)，并把大量平民送至古拉格劳改营。根据波兰民族纪念研究所的资料，在1939年至1941年苏联占领期间共有150,000波兰人死亡、320,000名波兰公民遭到驱逐。战争全期，共有全国六分之一(600万人)的波兰人死于德国或苏联的占领政策下，为二战各国伤亡人数比例中最高者(见第二次世界大战各国伤亡统计)。
波兰官方在战事结束后从未正式宣布投降，其残存军队逃往西方盟国继续对德作战，也有大量的士兵脱下军服躲到森林或是民众之中，波兰本土因而逐渐诞生一支地下反抗军，并在二战期间于波兰本土上进行过多次的游击战，波兰境内的抵抗运动也是二次大战各个被纳粹所占领的国家中最大规模者，也是仅次于苏联(120万)和南斯拉夫(80万)境内游击队人数的第三大地下抗德武装部队(51万)。1939年9月30日，波兰推举出瓦迪斯瓦夫·西科尔斯基将军作为流亡政府的领导人，并于各地战场加入盟军对轴心国作战，如1940年的法国战役、不列颠战役、西部沙漠战场、1943年的意大利战场、1944年的大君主作战和1945年柏林战役等，本土上亦多次爆发大规模武装抵抗行动，如1943年的华沙犹太区起义、1944年的华沙起义，希特勒为报复后者的行动而下令德军摧毁华沙，华沙因而被夷为平地，成为二次大战受创最为严重的一个城市。除了提供可用兵力外，波兰人也在情报领域方面也对盟军有相当的贡献，其中以协助窃听无线电和战前破译了恩尼格玛密码机最为出名。