朱棣迁都北京后，明仁宗本想迁都回南京，可惜早亡
中国古代有的朝代会有“两京”制度，除了首都盛京之外，还会有一个陪都的存在。明朝开国皇帝朱元璋把北元驱逐走，统一中国决定定都南京。可燕王朱棣篡了侄儿建文帝的皇位后，却在永乐十八年迁都北京。就这样朱元璋钦定的首都南京，便成了留都，不再是首都了。但令人慨叹的是，在朱棣死后，他的儿孙们曾经意图违背他的意愿，还都南京曾一度被提上议事日程。要不是明仁宗的突然离世，恐怕南京又会成为明朝首都，而北京只能称为行在!
明仁宗 朱高炽
明成祖朱棣自继位以后，就有想迁都北平之意。首先因为北平是朱棣兴王之地，朱棣在此经营30多年，统治比较稳定。另外北平处于北方农业区与牧区接壤处，交通便利形势险要。定都于此不仅可抗击自北入侵的蒙古人，且可进一步控制东北地区，由南则可统领中原，有利于维护全国统一。其次，叔父篡夺侄儿皇位之行径，毕竟在历史上极为罕见，也不甚光彩，这让朱棣内心深处有许多不自在的地方。他篡位后就煞费苦心地在钟山之巅竖立告慰上苍的石刻，在感怀父母的同时，竭力谴责朱允炆听取身边奸臣谗言所采取的“削藩”之举，以求抹除不利的影响。
明成祖 朱棣
然而朱棣的继任者明仁宗朱高炽，在继位后，就开始对其父迁都这一政治措施进行更改，即把京师迁回南京。原来明仁宗性格与为政的方式与乃父乃祖均有很大不同。正如他的谥号一般，朱高炽真的是在帝王中少见的仁德之君。朱高炽以天禀纯明，从善改过，恭检爱民，为后世称颂。他登基之后，很快就把夏原吉等人从监狱中释放出来，并且为在靖难之役中作为建文一党而被处死的方孝孺等人平反，释放建文帝一朝大臣的家眷。
明朝疆域
仁宗朱高炽生性端重沉静，喜好读书，不像其父朱棣好武。明仁宗认为，北京靠近边境，一旦边境有警，北京总会被卷入进去，形成紧张气氛。当时的政治中心北京与经济、文化中心南京不相叠合，迁都北京虽然解决了军事上御敌等方面的一些问题，但也给朝廷监理全国带来了其他不少棘手的问题。而且早在元代开始，大都就是消费型都市，周围地区的经济条件不如南方发达，导致元代大都完全依赖南方的漕运和海运。再加上朱高炽生长于南京，对虎踞龙蟠之地情有独钟。
故宫
后来由大臣提议还都南京，明仁宗考虑后准备迁回南京。《明史·仁宗》就载：朱高炽“洪熙元年三月戊戌，将迁都南京，诏北京诸司悉称行在……四月壬子，命皇太子(明宣宗朱瞻基)谒孝陵，遂居守南京。”南京于是又成为了明王朝名义上的京师。
朱高炽还下令重新修葺南京皇城，可是到了5月份以后，却因突发疾病而死。其遗诏道：“南北供亿之劳，军民俱困。四方仰咸南京，斯也吾之素心。”从中可见其所念念不忘的迁都南京之情。尽管仁宗的遗诏中强烈表明了他希望还都的意愿，继位的明宣宗还是暂缓了还都的计划，但仍称北京为行在，南京为明朝京都。直到明宣宗的儿子明英宗(朱祁镇)继位后，正式确定北京为明朝京师，不再称行在，从此终明一代再未改变。