1508年，马哈木死后，察合台的后裔被逐出了西突厥斯坦
当阿黑麻在阿克苏和吐鲁番取得统治地位并控制了东蒙兀儿斯坦和畏兀儿斯坦地区时，阿黑麻的哥哥马哈木已经继承父亲羽奴思的王位，成为塔什干和西蒙兀儿斯坦的统治者。
1488年，帖木儿王朝的末代统治者企图从马哈木手中收回塔什干，但在塔什干城外的奇尔奇克地区，他们被马哈木击溃。然而，马哈木犯了一个致命的错误，他收留了著名的穆罕默德•昔班尼，并于1508年被昔班尼处死。
马哈木死后，察合台的后裔被逐出了西突厥斯坦，他们在天山东部生活了一百多年。在畏兀儿斯坦的吐鲁番、喀拉沙尔和库车地区，阿黑麻的长子满速儿汗从1503年开始，在此地统治了40年。最初，满速儿汗的处境十分艰难。住在喀什的杜格拉特部异密阿巴扎乞儿不断进攻阿克苏，在那里掠夺了察合台后裔们的财宝之后，又继续摧毁库车和拜城。
1514年，满速儿的弟弟赛德汗向阿巴扎乞儿展开反击，并于当年6月从阿巴扎乞儿手中夺回了喀什、叶尔羌和于阗，战败的阿巴扎乞儿逃至拉达克山一带。在此次斗争中，另一位杜格拉特人、历史学家杜格拉特•米儿咱对赛德汗给予了极大的支持。平息了阿巴扎乞儿的叛乱后，天山东部便成了赛德汗兄弟的天下。
喀什噶尔本土由赛德汗统治，赛德汗的哥哥满速儿则统治着蒙兀儿斯坦的伊犁、裕勒都斯和整个畏兀儿斯坦。两兄弟之间的亲密关系保证了中亚地区的和平与统一。“旅行者们可以十分安全地从费尔干纳到哈密，然后进入中原。
根据杜格拉特家族的王位继承人穆罕默德•海达尔二世所著《拉失德史》一书的记载，在此时期，察合台和杜格拉特家族的后代们已经具有相当先进的文化。青年时代的羽奴思汗曾与察合台的后裔生活在一起，在泄剌，他接触到了波斯文化，并由此带来了波斯人的优雅风度。
同样，海达尔也是一位被社会环境彻底改造了的蒙古王子。由于他是一位虔诚的穆斯林，所以其祖先的语言可能只是被视为异教徒的语言。事实上，他同他的祖先一样使用察合台突厥语，但他所著的反映中亚蒙古人历史的《拉失德史》一书则是用波斯文写成的。海达尔的朋友、帖木儿王朝的末代君主巴布尔也写了一部著名的回忆录，但用的是察合台突厥方言。这些事实说明，在16世纪初，东突厥斯坦已然是一个文化繁荣的中心地区。
但是今天，这个地区的文化已经衰落到了一个可悲的水平。尽管东突厥斯坦没有河中地区那种长期成为文化中心的辉煌历史，但在突厥--波斯文艺复兴时期，撒马尔罕和不花剌在文学上的成就对喀什、阿克苏和吐鲁番地区产生了极其深远的影响。海达尔与巴布尔之间的亲密关系表明，察合台家族的可汗与杜格拉特部的异密都是按照西方的礼节进行交往。
在巴布尔时期，已经伊朗化的撒马尔罕与东突厥斯坦的关系十分牢固，交往也非常频繁。因此，河中地区的巴布尔可以用察合台突厥文写作，蒙兀儿斯坦的异密海达尔也可以用波斯文写作。
如果认为16世纪察合台家族的可汗们建立的蒙古帝国是衰落的帝国，这种观点无疑是错误的。这个时期，像羽奴思和海达尔这样有较高文化素养的人的存在，完全可以反映出相反的结论。
在这片土地上，中原地区窒息了民族特性，他们企图对进入该地区的外来文化进行封锁。当时，在这个地区，来自伊朗--突厥的伊斯兰国家的各种文化生机盎然，羽奴思的生活经历便是很好的证明。羽奴思是在泄剌文学的影响下成长起来的，后来他成为了库车和吐鲁番的统治者。
海达尔•米儿咱是文艺复兴时期的王子，1547年，在征服克什米尔之前，他与巴布尔曾在河中作战，他还帮助成吉思汗后裔赛德汗成功收复了喀什和叶尔羌。尽管裕勒都斯和畏兀儿斯坦各个部落依然过着古老的游牧生活，但察合台汗国最终还是将喀什噶尔、库车、喀拉沙尔和吐鲁番这些古代回鹘国与撒马尔罕、赫拉特的波斯文明和伊朗化的突厥文明联系在一起。
在帖木儿王朝时期，伊斯兰突厥--伊朗文化开始复兴，察合台汗国的可汗们试图把这种伊斯兰文化带到远东即中原边境地区。《明史》中记载了这次战争。《拉失德史》中指出，这次冲突是一次反对异教的圣战。双方为争夺戈壁滩的绿洲哈密而战。1517年，驻在哈密的畏兀儿斯坦王公满速儿向中原甘肃的敦煌、甘州等地发起了进攻。与此同时，满速儿的弟弟、喀什噶尔的统治者赛德汗也在吐蕃人的拉达克省发动了圣战。
满速儿的长子、继承人沙•汗从1545年至1570年一直统治着吐鲁番。其弟马黑麻向他发起挑战。在卫拉特人的支持下，马黑麻很快便占领了哈密的大部分地区。
到1570年沙•汗去世时，马黑麻已经成为吐鲁番的统治者，但他很快也遭到弟弟琐非速檀的挑战。琐非速檀曾派出一位使者前往中原求助。但自琐非速檀之后，有关吐鲁番察合台汗国的事件，史书中毫无记录。不过有资料记载，一位被中原人认为是察合台汗国真正后裔的吐鲁番苏丹，曾在1647年、1657年先后两次派使者到过北京。
在喀什噶尔，赛德汗的儿子阿不都•拉失德已经继承父位。这位新汗很快就与强大杜格拉特家族发生了争斗，他杀死了杜格拉特家族的一位首领--历史学家海达尔的叔叔赛亦德•马黑麻•米儿咱。海达尔忠诚于赛德汗，为赛德汗征服拉达克立过大功，但自己叔叔被杀后，他担心自已也会遭到不测，便离开喀什噶尔去了印度。
1541年，海达尔成为克什来尔地区的统治者。拉失德继承王位后，一直都在同企图侵占伊犁和伊塞克湖地区的大帐吉尔吉斯--哈萨克人战斗，其长子阿不杜拉迪甫在一次抗击吉尔吉斯--哈萨克人的战斗中被杀。虽然拉失德尽了最大的努力，但他仍然未能阻止吉尔吉斯--哈萨克人占领蒙兀儿斯坦的大部分地区，最后，他的领地减少到只剩下喀什噶尔。
1565年，拉失德去世，其子阿不都•哈林继承王位，直到1593年阿哈木拉齐著书时，他仍然在位。当时，喀什噶尔的都城是叶尔羌，而喀什则是阿不都•哈林的弟弟麻法默德的封地。1603年，麻法默德在叶尔羌继承阿不都•哈林的王位，而阿克苏则落到麻法默德的侄子手中。
关于喀什噶尔王朝的事迹，史书并没有作更多的记载。不过，埃尼亚斯曾经提到，在17世纪50~75年间，该王朝可能有一位叫伊斯迈尔的可汗。但是，在那时候，喀什噶尔察合台汗国可能已经分裂成为叶尔羌、喀什、阿克苏和于阗等几个小汗国，其实权掌握在伊斯兰教的和卓们手中。
和卓，即信奉伊斯兰教的穆斯林，他们自称是先知穆罕默德或前四位阿拉伯哈里发的后代。在布哈拉和喀什地区，有许多这样的家族。根据《拉失德史》的记载，喀什噶尔的统治者赛德汗深受这些和卓的影响，成为了一名虔诚的穆斯林。赛德汗甚至还想出家成为一个托钵僧，在撒马尔罕的和卓马黑麻•亦速甫的极力劝阻下，他才打消了此念头。
赛德汗还对另一位被称为教师和能刨造奇迹的和卓哈司剌•马黑杜米•奴烈顶礼膜拜。1536年，这位和卓以喀什喀尔穆斯林信徒的身份去了印度。当地还流传着这样一个传说：1533年，另一位杰出的和卓从撒马尔罕来到喀什参加喀什噶尔可汗与乌兹别克人之间的谈判。这位和卓有两个妻子两个儿子，他的一个妻子是撒马尔罕人，另一个是喀什人。和卓的两个儿子将他们彼此之间的仇恨分别传给自己的孩子们，喀什噶尔被分裂成为两派，一派叫白山派，一派叫黑山派，白山派统治着喀什，黑山派则统治着叶儿羌。
不管是什么原因造成了喀什噶尔的分裂，事实上，从16世纪末到17世纪中叶的几十年间，这两派在喀什噶尔都享有实权。在伊犁地区，白山派有吉尔吉斯--哈萨克人的支持，在天山南面，黑山派有喀喇吉尔吉斯人的支持。察合台汗国的后代逐渐被这两个伊斯兰教派控制，一直到1678年，喀什的最后一个可汗伊斯迈尔才开始对这两个伊斯兰教派进行反击。
伊斯迈尔将白山派领袖哈司剌•阿巴克和卓从喀什驱逐出去，阿巴克向准噶尔人求助。准噶尔人进入喀什，俘获了伊斯迈尔，任命阿巴克取代他的位置。准噶尔人还帮助阿巴克战胜了他的另一个对手--叶尔羌的黑山派，阿巴克将叶尔羌作为都城。至此，阿巴克重新统一了喀什噶尔。不过，它处于“伊斯兰神权”的保护之下，是作为准噶尔人建立的新蒙古帝国的一个附属国。