后来秦琼随裴仁基投奔了瓦岗军,王世充击败了瓦岗军后,秦琼暂时投奔了王世充,因不耻王世充的为人,与程咬金等人投奔了李唐,被唐高祖李渊安排到秦王府为属将,随秦王李世民出征。秦琼不愧勇将,在数次战役中立下大功,李渊亲自赏赐犒劳他,授予其秦王右三统军的官职。
当秦王李世民与太子李建成明争暗斗争夺未来的皇帝宝座时,李世民率先发动玄武门之变,杀死太子李建成和弟弟李元吉,秦琼很可能没有参与。因为李世民后来论功行赏时,秦琼被封为正三品左武卫大将军,封给他的食邑才700户,而战功远远不如秦琼的程咬金被封为右武卫大将军,而古代以右为尊。又比如尉迟敬德(和秦琼打过三次架都败了)和长孙无忌这两位战功也不如秦琼的武将都拿到了食邑1300户。
正三品左武卫大将军是个职事官。唐朝的十六卫大将军,是职事官的顶级,是最高的常设武将。从秦王府右三统军,到左武卫大将军,他的武官职也就到了顶级。
玄武门之变后,从一品翼国公秦琼变成了正三品左武卫大将军,原因就是——他升官了。