张居正死后，明神宗朱翊钧为什么要清算他？其实原因很简单
张居正死时，明神宗朱翊钧已是近20岁的青年了。在痛哭流涕之余，朱翊钧隐隐约约也感到了些许的轻松。那位令人敬畏的张先生终于走了。不久，万历帝逐渐听到了不少他原先根本无法听到的言论。张居正的反对派开始试探性地放出风声，旁敲侧击地把张居正的所谓种种罪行揭露出来，丑化其形象。朱翊钧也在不知不觉中受到影响，原先那位令人敬佩的“张先生”的形象，已逐步在脑海中消失，代之而来的是欺君毒民、接受贿赂、卖官鬻爵、任人唯亲、放纵奴仆、凌辱缙绅的奸臣形象。
于是明神宗朱翊钧选择先从张居正所谓的同党冯保下手，籍没冯保的家产。在冯保家中被抄出财物之多之精，大大出乎朱翊钧的意料。既然太监冯保尚且能积下如此财物，那么朱翊钧自然有理由相信，张居正的家产肯定是一笔天文数字。联想到张居正生前对他的那种“道貌岸然”式的严厉教育，以及由此而受的委屈和羞辱，朱翊钧当时的心境是不难想象的。
再加之朱翊钧早已耿耿于张居正的震主之威。当时很多人包括朱翊钧的生母李太后将张居正比作汉朝的霍光，霍光是什么人？要知道他可是做过废立皇帝的事情的。据说，有一天朱翊钧正在读书，念到“色勃如也”时，误将“勃”读成了“背”。突然听见身边一声大吼：“这个字应该读‘勃’！”张居正这一声大吼，让年幼的朱翊钧真的有些“勃如”了。但碍于张居正当权，没有发作。但从此之后，张居正在朱翊钧心里便不是敬爱，而是敬畏了。
从古代皇权与相权的关系上讲，张居正辅政十年，大权在握，可张居正手里的大权，说到底是明神宗朱翊钧的大权。相权的膨胀必然是皇权的衰落。在权力上，张居正和明神宗朱翊钧是对立矛盾的。张居正独握大权，在明神宗朱翊钧的心里便是一种蔑视主上（篡权）的表现。这可是说是所有古代帝王的逻辑！那么张居正死后，明神宗朱翊钧拿回了本来就属于自己的权力。
新时代的开启，明神宗朱翊钧心里想的是：你们这些以前说张居正好的大臣，现在应该俯首帖耳，一致称颂朕圣明了吧。我的所作所为必定比张居正强，而且我要贬低张居正，抹杀张居正的功绩，让大臣们知道到底谁才是高高在上独揽大权的皇帝。于是，明神宗朱翊钧开始寻找一种复仇的快慰。
最后，明神宗朱翊钧下令抄张居正家，并削尽其宫秩，迫夺生前所赐玺书、四代诰命，以罪状示天下，还差点刻棺戮尸。张居正的家属饿死的饿死，自杀的自杀，流放的流放，逃亡的逃亡，落得可悲的下场。然而国难思良将。国衰思良臣。天启二年(1622年)，明神宗朱翊钧的孙子明熹宗朱由校在位时，为激励臣下，才想起昔日的大功臣张居正，予以复官复荫，然而一切俱已晚矣！