朱厚熜快要被勒得气绝的时候,围绕在周围的御医因为害怕用错了药而获罪下狱,一筹莫展,不敢开方子,结果还是太医院使许绅冒着万死,给朱厚熜下了一味猛药,过了七八个小时后,皇帝吐出数升紫血,才能缓过劲来说话。事后,许绅因为救驾有功而被“赐赍甚厚”,但不久便得了重病。许御医知道自己将不久于人世,吩咐家人说:“熜曩者宫变,吾自分,不效,必杀身,因此惊悸,非药石所能疗也。”原来这位许御医还在为当天的紧急用药而后怕,或许也是被吓死的。
经历了宫变的朱厚熜也非常后怕,更加自闭,以至于嘉靖朝的君臣数十年难得相见一次,通常只有一个道士陶仲文陪在朱厚熜身边。严嵩就贿赂陶仲文,狼狈为奸。明朝在朱厚熜时期北有俺答部威胁,沿海有倭寇骚扰,朝廷中还有严嵩父子陷害忠良。明朝的江山结束了之前百余年的平静岁月,开始了风雨飘摇的震荡期。这也许可以算是明朝为朱厚熜的偏执个性付出的沉重代价。
朱厚熜时期最大的光彩来自于东南方向。浙江、福建沿海的抗倭斗争在嘉靖朝取得了决定性的胜利,涌现了像胡宗宪、戚继光、于大猷等着名抗倭将领,基本上解决了困扰明朝长达百余年的倭寇问题。
对于朱厚熜的迷信道教、不理朝政,嘉靖朝的大臣有许多人上书言事。因谏修仙而获罪致死的人在嘉靖朝有周斑、郑一鹏、杨爵等十余人,但其中冒死劝谏最坚决的还是户部主事海瑞。嘉靖四十五年(1566年)二月,主事海瑞不顾个人安危,冒死谏上,严厉批评世宗治国错误,震动了朝野。海瑞上书指陈修玄之弊:“一意修真,竭民脂膏,滥兴上木,十余年不视朝,法纪弛矣。数年推广事例,名器滥矣。……吏贪官横,民不聊生,水旱无时,盗贼滋炽,陛下试思今日天下,为何如乎?”面对这份言辞激烈的劝谏,朱厚熜大怒,将奏章掷在地上,命令左右:“赶紧去把这个海瑞抓起来,千万别让他逃了。”宦官黄锦在旁边进言说:“海瑞这个人素有痴名。听说他上疏的时候,自知忤逆当死,已经为自己买好了棺材,诀别妻子,待罪于朝。海家的僮仆也都奔逃散尽了,他肯定是不会逃走的。”朱厚熜默然无语。过了一会儿,朱厚熜又拿起海瑞的奏章读起来,这样连续读了好几次。朱厚熜毕竟不是完全昏庸的皇帝,对海瑞的上书感慨叹息。尽管如此,朱厚熜仍固执己见,海瑞被捕后移刑部论处。
朱厚熜对海瑞的很多指责是认同的,但是他接受不了海瑞的言辞,更下不了痛改前非的决心。嘉靖皇帝从此将海瑞的这份奏章放在身边,一直在思考着里面的内容。此后,他将海瑞比做比干,他曾经对首辅徐阶说,海瑞有些话讲得还是有些道理的,可有的时候,他又痛骂海瑞为“那个咒骂我的畜物”。当嘉靖脾气暴躁责打宫女后,宫女就会在背后偷偷地说:“他自己给海瑞骂了,就找咱们出气!”海瑞被禁锢狱中,直到世宗的儿子穆宗登基后才释放出狱,官复原职。
内忧外患之下,朱厚熜于海瑞上书后的10个月逝世,享年60岁。据说朱厚熜是服用铅丹过多,中毒而死的。朱厚熜病重时卧床不起,太医多次诊治无效,最终在乾清宫去世。死时,朱厚熜腹胀,肚子鼓得很高,很符合丹药中毒、难以消化的症状。朱厚熜谥号肃皇帝,庙号世宗。