内耗造成了元朝丧失了机会，被朱元璋灭国 纵然王保保也无济于事
应该说元顺帝登基以后，南方已经大乱，此时的元朝应该一致对外剿灭“乱匪”，可是此时的元朝却忙于内斗。皇帝和皇后奇氏不和，元顺帝与太子也不和，朝廷中枢乱成一锅粥。地方处处打败仗，在河南有个叫察罕铁木儿蒙古人，他自己纠集乡兵打击“乱匪”，在河南颖州附近与信阳地主武装头目李思齐合兵，打击刘福通的红巾军抱头鼠窜。战绩不俗，因此被元廷授予汝宁府达鲁花赤。随即，察罕铁木儿转战南北，所战多捷。公元1359年他率军分道出击，攻破汴梁，尽俘城内“宋”国官属五千多人，“符玺印章宝货无算”，刘福通与韩林儿仅与数百骑遁逃，从此一蹶不振。四年后，刘福通占据滁州。朱元璋邀请小明王韩林去南京，半道派人把小明王韩林儿和刘福通两人淹死。
察罕帖木儿于公元1361年率军进攻山东，当地红巾军头目田丰、王士诚诈降，待察罕帖木儿围攻益都的时候。田丰、王士诚二人以请察罕帖木儿巡检营盘为名邀他入营，然后就是一顿厮杀，察罕帖木儿本人和亲军被全诛，察罕帖木儿本人虽死，却引出一个北元第一名将，连朱元璋都看好的人，此人就是其外甥兼义子扩廓帖木儿。也就是大名鼎鼎的王保保（赵敏他哥 ），王保保的父亲是汉人，王保保袭职之后，挂孝攻取益都，攻克坚城之后，活剖田丰、王士诚两人心肝祭奠其父。此时陕西的“乱匪”被王保保和李思齐剿灭，刚刚安定下来，而河南地方最高军事长官孛罗帖木儿与地方汉人军阀张思道联合，联手进攻王保保的友军李思齐，袭占陕西。王保保大怒，立即派兵夺回奉元（西安）。
孛罗帖木儿不打敌军打友军，引发朝廷不满，皇太子以元顺帝名义下诏，削夺孛罗帖木儿兵权，并把他发往蜀地安置。孛罗帖木儿实际上已经是军阀了，手下的军队不听调动，更不奉诏。元顺帝震怒，便下诏王保保出讨孛罗帖木儿。
不料想，孛罗帖木儿狗急跳墙，居然领兵直向大都杀来。皇太子得到消息之后，立即率侍卫军出京，不是迎敌，而是逃向兴州（今河北承德）。孛罗帖木儿大军一直杀到大都城下，但他并不想真造反，托人入宫内见元顺帝，哭诉道：“陛下遭左右群小蒙蔽非一朝一夕，祸害忠良，遗害社稷，如此下去，天下怎么能得治理！我现为陛下除去了两个贼臣（王保保，李思齐），望陛下反省前过，卓然自新，置正人君子于左右，莫听妖言邪说，好好治理天下。”元顺帝心里有气，表面却只好答应。孛罗帖木儿本人入宫以后，对元顺帝慷慨陈言：“国家现在所用之人皆贪婪软弱，不足以济天下大事。都是奴才之辈，希望召也速来朝为右丞相，为臣我为左丞相，秃坚不花为枢密知院。至此元顺帝被“软禁”，孛罗帖木儿开始主政。
孛罗帖木儿入大都主政，骂别人是奴才，自己比奴才强不了多少，天下被治理的一塌糊涂，又是武人出身，骄横跋扈，腐败的很快，一天甚似一天。而此时，王保保带领大军赶到大都，王保保大军抵达大都附近后，也不敢贸然进攻，在等待时机。经过一段时间观察，王保保知道孛罗帖木儿没有什么大作为，派军攻取大同，端掉孛罗帖木儿的老窝。
元顺帝方面，内心又急又恼又不敢发作，而孛罗帖木儿得寸进尺，居然对元顺帝说：要借皇帝几个妃子“用用”。元顺帝这下火了，开始暗中准备，要杀掉孛罗帖木儿这个“逆臣”。有名汉族秀才名叫徐施畚，就是陪元顺帝下棋的“待制”，给元顺帝出主意的，由内侍诛杀孛罗帖木儿（康熙诛鳌拜大概就是受此启发）。有一天，孛罗帖木儿早朝之后，元顺帝要赐宴。孛罗帖木儿不知是计。被内侍杀于宴会之上，元顺帝听说孛罗帖木儿被杀消息，他重新主政，首先厚赏行刺权臣的六位内侍和主谋汉人徐施畚。但徐施畚居然失踪了。
杀了孛罗帖木儿，元顺帝加封有救驾之功的王保保为太傅、左丞相、河南王。书中暗表，皇太子此时就在王保保军中，他希望王保保拥立自己为帝，王保保不从。皇太子虽然是王保保所救，但对王保保不立自己为帝的大将就动了杀心。王保保入京为相后，总揽朝纲，但不是正宗蒙古人，所以干的不顺心，于是自请外出，元顺帝于是让王保保总领天下之兵，讨伐各路反贼。王保保回河南，以守父丧为名屯兵不出。命各路大军汇集河南。等待时机。
陕西李思齐部，接到调兵札后破口大骂：“乳臭小儿，胎毛未褪，敢来发令调派我！我与汝父（指察罕帖木儿）并驾齐驱，你算个屁。随即下令：“一兵一卒不可出武关。王保保闻讯大怒，派大军直杀关中，自己坐镇太原，自家人和自家人窝里反，两家打了一年胜负未分，这两支朝廷最强大部队用于内耗，而此时朱元璋已经称王了。
顺帝本人也纳闷，开始怀疑王保保了，而李思齐、张师道等人日渐不敌王保保，就数次派人入大都向朝廷求助。手心手背都是肉，实在是难办，元顺帝想半天想出一个办法，在至正二十七年，元顺帝颁布了一道圣旨：，内容是对关中诸将既指斥又安抚，对王保保并无过多指责，但一个劲夸王保保义父如何忠于朝廷。希望两家罢兵，一致对外（朱元璋）。王保保根本不听，大军直接杀入陕西，恰恰就在这时，徐达常遇春大军已经是杀到山东了。现在都这时候了，元顺帝不仅不调兵消灭徐达，只因王保保不听“圣旨”，罢免王保保一切职务，而且公开下旨：让各路军队去平灭王保保。
当时，王保保在山西的军队明军打得节节败退，王保保正屯 兵太原。关中李思齐联合四路大军从西面发起进攻，向王保保进攻。但打了半个月也没有攻不下太原城。王保保坚守不战。突一日，王保保派骑兵袭击。杀的李思齐大败，四下溃散，除被杀的兵士以外，其余各部都向王保保投降。李思齐等四将见势不妙，只得后撤，退守保潼关。四路大军都不是王保保对手传至大都，也使得元顺帝大惊，忙下诏免了李思齐的职务，并恢复王保保职务，恢复他以前的一切封爵。但一切都太晚了。徐达已经兵临大都。元顺帝亡国就在眼前了。而此时的元顺帝已经无抵御之兵了。
公元1368年，在徐达的带领下，各路大军沿运河直达天津，二十七日进占通州。八月，明军进逼大都，元顺帝孛儿只斤·妥懽帖睦尔带领三宫后妃、皇太子等开健德门逃出大都，从居庸关逃奔上都。元朝从忽必烈定国号元开始历时经十五帝立国九十八年 。大元就此结束在中原的统治，丢失四百年的幽云十六州再次回归中土。1370年四月二十八日，元顺帝忧愤之下驾崩于应昌，享年五十一岁。庙号惠宗。
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