然而,在始皇帝死后一年时间,公元前209年秋,一场大雨揭开了秦末农民战争的序幕。但战争初期,秦帝国抵抗起义军的部队竟然是由囚犯组成的杂牌军。而秦统一全国,靠的是他那支战斗力奇强的军队。那么,秦帝国为什么用杂牌军抵抗起义军而不用他最强大的正规军呢?
秦朝帝国的大军仿佛一夜之间人间蒸发了一样。根据司马迁《史记·南越列传》记载,当时南边攻打岭南的秦军有50万之多,起义爆发后,南军最高长官任嚣曾派人考查过咸阳的情况,发现咸阳在秦二世和赵高的昏庸统治下,一塌糊涂。于是他下令,严禁军队北上作战,以保存实力,后来任嚣的部下赵佗拥兵自重,割据岭南,建立南越国,至此这支秦军再也没有北上中原。
秦军北部主力30万精锐镇守在长城沿线,当都城告急的时候,这支秦军开始南下,但速度非常缓慢,究其原因很有可能是因为秦二世和赵高当年杀了他们非常敬重的统军将领蒙恬造成的。最重要的是秦始皇通过过度集权让他自己一个人成为这支强大秦军的大脑,当他死后,这支秦军就只剩下强健的四肢,失去了统一的指挥不知道如何行动。
后来这支30万的北部主力军队和20万杂牌军汇合,汇合之后虽然战胜了几次起义军,但最终却在巨鹿决战中败给了楚国贵族后裔项羽。此时秦帝国大厦将倾,不论当初多么强大的秦军,也无法挽回颓势了。