作为孔子的第六十三世孙，孔贞运并不适合担任内阁首辅
张至发担任首辅后，延续了温体仁的溜须拍马和欺上瞒下，终于遭致了朝臣的纷纷弹劾。特别是，受到“田惟嘉案”和“黄应恩案”的牵连，崇祯已经下定决心更换首辅。
为了体面的离开，张至发开始上疏请辞，其中列举了三条辞职理由。结果，崇祯都没有对他进行慰留，很快就以“回籍调理”为由批准了他的辞呈。
那么，问题来了，张至发在辞呈中的理由有三条，可没有提到过自己患病啊。显然，崇祯皇帝已经对他失望至极，借此故意羞辱他。
这件事，在当时还被传为了笑谈，官场纷纷讥讽张至发是“奉旨患病”才退休的。据《明史·张至发传》记载:
至发乃具疏，自谓当去者三，而未尝引疾。忽得旨回籍调理，时人传笑，以为遵旨患病云。
张至发离开内阁后，接替他出任首辅的是孔贞运。接下来，我们一起走近这位大明王朝的第六十位内阁首辅。
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孔贞运（1574年——1644年），字开仲，号玉横，安徽建德（今安徽省东至县）人。他的祖籍在山东曲阜，是孔子孔圣人的第六十三代孙，个人诗词书法俱佳，可惜政治能力欠缺。虽然官至内阁首辅，但与其说他是一名政治家，还不如说他是一名文学家来得更加准确些。
1574年，孔贞运出生于孔家这样的天下第一书香门第，自然接受到了最正统和最严格的封建教育。而作为孔子的直系后代，孔贞运也不负众望，自小就表现出了过人的天分，而且本人也刻苦好学。
不过，正当所有人都认为孔贞运会一路兵不血刃通过进阶考试时，他却每每都名落孙山。甚至于，就连孔贞运自己都开始怀疑，科举之路还是否要继续坚持下去。
到了1612年，都已经年届四十岁的孔贞运才终于通过了当地的乡试，在成为举人的同时，他也终于获得了参加会试的机会。
又过了七年，已经四十五岁的孔贞运才终于考取了进士的身份。之后，他在已未科的殿试中取得一甲第二名的成绩，成为了“榜眼”。这个成绩，比起我们普通人来说依然足以耀眼，毕竟明朝科举考试极难，能成为进士实属不易。但是，比起之前在“大明首辅系列”中出现过的绝大部分首辅而言，无疑逊色不少。
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此后，孔贞运被授予了翰林院编修之职，开始在此熬资历和等位子。好在，他的出生的确太显赫了，刚开始排队就获得了参与纂修《神宗实录》的机会。结果，《神宗实录》刚开始修订，《光宗实录》也开始了，因为朱常洛当了二十八天皇帝就嗑药致死了。
凭借这两次连续参与修订实录之功，孔贞运很快崭露头角，为更多人所关注。1625年，他担任了当年会试的考官，这对于刚入翰林院没几年的生瓜蛋子而言，几乎是不可想象的。
由于朱由校不理朝政，朝局被魏忠贤所把持，阉党势力已经逐渐击败了东林党的势力，到了气势熏天的地步。而对一心沉浸于学业的孔贞运而言，无论是东林党得势，还是阉党得势，他都选择“不粘锅”，不选边。
对于孔贞运这样的异类，无论是东林党亦或阉党都不愿意过多搭理。反正，若想得到重用不可能，若要担任一些虚职嘛，随你便。就这样，孔贞运升任为左春坊左谕德。
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1628年，一代优秀的木匠朱由校终于稀里糊涂的死掉了。死后无嗣的明熹宗，他的江山只得由其弟信王朱由检继承，也就是后世著名的那位崇祯皇帝。
在崇祯即位后，他立即开始重用东林党人，开始雷厉风行的对魏忠贤及其阉党势力展开清算，但凡与阉党勾结或往来的朝臣，但凡疑似与阉党勾结或往来的朝臣，通通都问罪下狱。这件事，成为崇祯皇帝平生干得第一件大事，也是唯一干成的一件大事。
具体到孔贞运，他不属于东林党，自然也不被东林党人所喜欢。可是，他又实在和阉党牵扯不上关系，而且还是孔子孔圣人的直系后代。因此，对于这种无害一般存在之人，东林党还是授予了他虚职，继续在国子监中担任祭酒，从事他们孔家的老本行教育工作。
1629年，听闻孔贞运的学识渊博，而且授课精彩，崇祯皇帝还御驾亲临国子监专门听取孔贞运讲授《书经》和《皇明祖训》。
此事，立即在社会上引起了不小的轰动，远在唐贞观年间，祭酒孔颖就曾经向太宗李世民讲授《孝经》。一千年后的崇祯朝时，同样担任祭酒的孔贞运再次为当朝天子授课，再现了儒学的盛世。据《明史·孔贞亮传》记载:
二年正月，帝临雍，贞运进讲《书经》。唐贞观时，祭酒孔颖达讲《孝经》，有释奠颂。孔氏子孙以国师进讲，至贞运乃再见。
1630年，孔贞运辞官归乡为父丁忧守制。在守孝期满后，他被朝廷重新起用，担任了南直隶礼部侍郎一职。虽然官位获得了升迁，但南直隶毕竟远离大明权力的中心北京，远离崇祯皇帝。
对此，孔贞运并没有丝毫的泄气或者不满，仍然严格履行自己的职责。在任职期间，孔贞运对于弥漫于江南各地的奢靡之风非常反感，对于弥漫于文坛的风花雪月也非常反感。正是在他的大力整饬下，才逐渐扭转了南直隶的文风和政风，使其更加的求真务实。
1634年，孔贞运调任了吏部左侍郎，重新返回了北京任职。这段期间，崇祯皇帝更换内阁大臣已经到了近乎变态的程度，阁臣像走马灯似的频频更替，而孔贞运也被授予了礼部尚书之职，成为朝廷六部的正职。
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两年后，崇祯再一次更新内阁班子，孔贞运被授予文渊阁大学士的身份，获准入阁参预机务。当时，担任首辅的是温体仁，此人一贯溜须拍马但却深得崇祯信任，成为崇祯朝在任时间最久的首辅。
按照常理，已经六十二岁的孔贞运入阁已经偏老了。而明朝是一个严格按资排辈的朝代，尤其在内阁中更是如此，谁先入阁谁为尊。要是同年入阁的，那就谁先进入翰林院谁为尊。显然，孔贞亮应该与首辅无缘了，除非奇迹出现。
结果，崇祯就是一个“创造奇迹”的皇帝，他更换阁臣就像换件衣服这么随便。排在孔贞运之前的阁臣们，有的被骂走，有的被逼走，有的被吓走。反正，孔贞运进入内阁还什么正事都没干呢，排名就蹭蹭地前移。
首辅温体仁被罢职后，张至发成为了大明的继任首辅。不可否认，张至发在处理具体政务方面，还算是有点儿手段，但在其他方面甚至还不如温体仁，搞得朝廷混乱不堪，对内对外皆无建树。
面对崇祯的失望和群臣的弹劾，张至发只得不情不愿地递交了辞呈，主动离开了内阁归乡养病去了。就这样，入阁还不满两年的孔贞运，就成为了新一任首辅，这样的升迁速度，只能出现在崇祯时期。
担任首辅之初，崇祯对孔贞运的确宠信有加，寄予厚望。一来，孔贞运是孔子的第六十三世孙，名气大；二来，孔贞运长期在国子监和礼部任职，学问好；三来，孔贞运和东林党或阉党之间都没有勾联，无朋党。
可惜时日不长，崇祯很快就发现孔贞运这个首辅，只适合于纸上谈兵，具体的实务能力并不高明。也就是说，孔贞运只适合坐而论道，只适合担任幕僚，而不适合管理朝政和运营内阁。尤其是，在如今内忧外患的情况下，内阁更需要一个有能力、有魄力的阁揆。
于是，崇祯帝借着郭景昌上疏弹劾孔贞运的契机，很快就将他罢职了。从继任首辅上台到离任首辅下课，孔贞运前后还不足两个月的时间。据《明史·孔贞运传》记载:
适新御史郭景昌等谒贞运于朝房，贞运言所下诸卷，说多难行。景昌与辩，退即上疏劾之。帝虽夺景昌俸，贞运卒引归。
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1644年，随着李自成攻入京城，崇祯帝在前殿召集群臣，结果无人奉旨前来。崇祯绝望地走向煤山，在一棵歪脖树上吊死了自己，衣服里面用血写有一道遗诏。据《明史》记载:
朕自登基十七载，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人。
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已经退休在家闲居的孔贞运，听闻“甲申国变”的消息，竟开始痛哭不已，一再重复“主上圣明，诸臣误国”。之后，他竟然绝食数日并在家中悲恸过世，享年六十九岁。
流亡的南明小朝廷闻讯，还特旨赐谥号“文忠”。乡人为了纪念这位生得豪横，死得也豪横的首辅，特意建了孔氏宗祠，门口一副对联——“圣人之后，帝者之师。”