掌权后将不依附东林党的官员斥罢殆尽,也不问其政绩能力,不管其人格魅力,致使东林党的反对派队伍日益扩大,对东林党的仇恨日益加深。这就为封建统治留下了隐患,也为东林党祸种下了灾难。
更重要的是东林党人未能牢牢地掌握住皇帝朱由校,没能消除太监干政的可能,造成内宦专权,酿成党争灾变。
朱由校即位时本是少年,秉性活泼好动,顽皮捣蛋,他追求的是新奇刺激,魏忠贤趁机巴结满足,投其所好,顺风扬帆随波逐流。朱由校爱骑马,魏忠贤趁机奏请宫内设立内操,进行列阵打仗游戏;朱由校爱看戏,魏忠贤顺势插科打诨舞弄手段,排练皇帝成了傀儡。朱由校爱木工,魏忠贤顺便建议雕龙刻凤培养兴趣,时常给皇帝发个奖金,朱由校大为兴奋。
就这样,皇帝朱由校哪里顾得上朝政,什么奏章,什么军机都由魏忠贤处理,魏忠贤大权独揽,就开始谋私,发展自己的势力,组织听命于他的官僚集团,大臣中的奸邪之徒顺势投靠结交,助纣为虐,魏忠贤如虎添翼,更加放胆为非作歹。公开向东林党攻击挑战,形势对东林党更加不利。