在镇压太平天国运动时，清政府为何会出现财政短缺的问题？
太平天国运动是清朝后期的一次由农民起义创建的农民政权，清政府在和太平天国以及其他各路起义者漫长的拉锯战中，最大的问题就是金钱。战场上的将军，自始至终为钱犯愁，军队里欠饷严重。尤其当左宗棠收复新疆时，经常被军费问题搞得焦头烂额。之所以遇到这种困境，是因为清政府混乱不堪的财税制度，导致收支统计无法明确。可以肯定的说，它影响了军队的流动性和灵活性，更不利于军队配置装备，使19世纪清政府对暴动的镇压受到了严重限制。为什么这么说呢？
除了极少数的情况外，直到19世纪末之前，中国都是用铜这种金属作为正式流通货币的材料。铸币方面中国都是以铜为标准，通常把这种货币叫作“铜钱”。中国很久以前的确定了一枚铜钱的价值为1/1000两白银，此后一直沿用。这是百姓所用的现金，普通人的交易都以铜钱结算。面值更大一点的货币是以“吊钱”的形式出现的，把钱币穿成串的过程会有一定的损耗以及人工费，去除损耗值后一吊钱相当于1000个铜钱。
这些货币的实际流通价值是变化的，不同的时间、地点则有不同的价值。政府和全国性的大笔交易，就并非使用铜钱作为货币，而是使用称量货币两，又称为“银两”。然而，在银两的重量和称重方法方面，清政府并没有统一的标准。每一个商业城市都有自己铸造银两的标准，在许多地方甚至有十种以上的标准。有些银两流通性相对更广，例如清政府税收所用的衡量标准库平两，征收各省漕粮所用的漕平两，1860年后海关收税时所用的海关两，还有上海两。这些银两的价值如下: 100海关两相当于101.642库平两、103. 38清平两、111.40上海两。
银两在外币兑换中的价值取决于银价，据粗略估计，1海关两相当于当时的0.7美元。除了咸丰年间以外，清政府没有发行过任何纸币。朝廷并没有采取任何措施，以统一白银的重量和成色。白银通常以条状、船型或银锭的形式流通，重量在10至50盎司(1盎司约等于28克)之间。所有的交易中白银都要称重，按照所立契约中注明的计值，或以当地所使用的银两为单位计算。政府和大型机构有两套秤盘，一套支出所用，一套收入所用，而支出比收入所用的重量略重。
19世纪请政府的财政收入来源主要有：地税、国内外关说、盐税、厘金及其他杂税。在19世纪初，地税是朝廷最主要的收人来源，国库中大约2/3的现金收入来源于此。1713年康熙皇帝对税收做了一番评估，诏令当年的赋税就是今后的固定税率。然而，后来的税率实质上大幅度地增加，比康熙时期增加了好几倍。这是为什么呢？
原因是清廷后来增加了大量的附加费和征集费，无视先行的货币兑换率，而是任意规定银两与铜钱之间的兑换率。
虽然基本税值仍采用1713年的标准，但实际缴纳的税额是其三倍至四倍。流回国库的税金扣除既定费用后以1713年的税金为基准值计算。各省所承担的税收似乎是随意分摊所致，例如山西是最穷的农业省份之一，却在征收地税的名单中位列榜首，而广东这样十分富庶的省份却排在第十位。据美国学者莫尔斯统计，流入国库的地税总计为2588.7万两白银，而他估计百姓缴纳的税额是其四倍。
此外，实物税是为全国生产物而设的另一个税种，主要是谷物缴纳。其他缴纳的实物包括铜、丝绸、木材、蜡、水果、人参和瓷器。很难计算征收的总额，但据莫尔斯估计是742万两白银。
至于与外国之间的出口贸易要征收关税，本国物品在国内口岸的转运也要征收关税。在边境和一些大城市还设有陆关。所有进入北京的货品都要征税。1841年之前所有来自国外的海运货物都只限在广州口岸交易。主要的陆关设在恰克图，来自俄国的商品在此交易。根据清廷在1842年与英国签订的不平等条约，另有五个口岸对外开放通商，随后还签订了其他不平等条约，使开放的口岸不断增加。
太平天国运动造成混乱以后，有一段时间，由外国领事馆官员在某些口岸代表清廷征收关税。随着这种征税方式的逐渐发展，为了满足英法两国在1860年提出的赔款要求，大清海关才应运而生。海关由英国人赫德替清政府管理，并不全属于清朝的司法管辖，对通商口岸的所有进口和出口的商品征收关税。因此产生了内关和外关之分，内关在不对外通商的口岸和内河的关口征税，而外关在通商口岸征税。所以海关逐渐成为全国税收的主要来源，而在其建立之前关税对政府财政贡献并不大。
盐税在中国最为古老的税种之一。它极易被滥用，让征收的官员有机可乘，这种情形在中国历史上出现过多次。盐的来源有沿海的海盐，内陆盐水湖沼的湖盐、云南和四川盐井的井盐。莫尔斯写道：‘税收中最含糊不清的就是盐税，这是征收过程中官商勾结的缘故。政府对盐的控制非常严格，从生产、采购、运输到批量售卖和零售，每个环节都要征税。”
厘金从1853年开始首先在长江流域征收，目的是为继续镇压太平军筹集军费，1861年开始在政府驻军控制的每个省份强制推行。起初税金只占省际贸易的千分之一。随后这项税款逐渐增加，且充满了随意性。不同省份之间差异很大，而且同一省份不同地区之间的贸易也要征税。例如湖南省延续原来的规定，初次交易已交厘金的商品在省内再次交易可免税。其他省份则关卡林立，对商品贸易层层设限，滥征厘金的现象十分严重。
除了上述税种外，还有各项名目繁多的苛捐杂税。主要有芦苇税、茶叶专卖税、注册费、典当费和其他商业许可费，这些税款还不包括各地自立名目征收的。
糟糕的是，清政府的财政收支根本无法精确统计。从征税、支付到核计这一整套系统，无论是皇帝、负责管理财政的户部尚书还是其他任何人都不甚了解，也弄不清楚纳税人所缴纳的税款与政府收入所得之间的联系。值得强调的是，税款并不流入国库，然后有国库分配至各个政府部门。相反，征税的部门通常把所得税款直接分到各个部门。
除了盐税、粮税和关税之外，其他税款由知县征收，由他们上缴至省级银库。在一般情况下，每年的财政收入基本不变，朝廷清楚可支配的额度。到了晚秋时节，朝廷会指定下一年度的财政支出预算。通常是由中央政府对地方政府、盐道和粮道发出指令，要求他们在政府资金中拨出一定数额，分到其他政府部门以作他用。这些款项并不流经银库，而是直接拨到指定部门。问题出在一些较穷的省份根本不用交税，反而从较富庶的省份领取“财政补贴”。用现在的话说，转移资金涉及交易、折息贴现和自然损耗，免不了产生很多费用。
在莫尔斯的书中就有相关事例，是关于左宗棠征战甘肃时是如何获得经费的：
这是江苏日常征收税款后拨往甘肃的财政补贴。税票是库平两，而支付的是本地两，中途汇往上海需换成漕平两，在上海兑换成上海两，随后再次换成漕平两以汇往甘肃(假设汇款方式是汇票)，甘肃接收时转换成其本地两，然后转换成库平两与江苏核算，又换成本地两以存入银号，又转换成库平两与国库核算，最后又换成本地两或铜钱做支出用。
上述拨款中途经历了九次兑换交易，过程之繁琐，令人匪夷所思。除了各地兑换率的不同，每次交易还需让利至少交易额的2.5‰，而所有这些额外的费用无疑都是从纳税者身上压榨而来。此外，汇款方式是真的把银两从江苏运往甘肃，每一步的兑换交易都必不可少；而且路途所需时间起码要一个月以上，这其中涉及的运输费、护送费又是一大笔数目。
因此，除了整治黄河的几次拨款以外，朝廷基本失去了中央政府应有的职能。国家变成了一个个半自治的省份，每个省份基本是自给自足，省内的每个地区亦如是。国家几乎完全没有了政治凝聚力，随着国内的动荡不安和国外势力的插足，大清仅剩的凝聚力也丧失殆尽。