郑成功父亲抛弃隆武帝逃跑, 用了个拙劣借口, 皇帝下旨都拦不住他
南明世系表
而隆武帝本人也乐于承担这样的责任，也许是因为幼年和青少年时期遭受了较大的挫折，所以他不同于一般的明朝藩王，他有能力，也有担当，愿意在那样的乱世中成为领导大明中兴的皇帝。但是造化弄人，隆武帝虽然有着中兴的能力和意愿，却没有这样的实力，因为他没有军队，甚至连自己的班底都没有。
隆武帝
因为隆武帝在1644年弘光帝登基后才被从凤阳的皇家监狱中释放出来，1645年弘光政权被清军消灭后，隆武帝在福建登基，拥立的大臣是郑芝龙和郑鸿魁等郑氏家族，郑芝龙等人拥有当时南明较为强大的军队，所以隆武帝只能依靠郑芝龙等人进行统治，而郑芝龙有个儿子叫郑森，后来被隆武帝改名成功，这就是大家耳熟能详的民族英雄郑成功，但在那个时候郑成功还不是主要人物。
郑芝龙
隆武帝一心想要恢复大明江山，他指挥郑芝龙出福建到江西去支援当地的抗清活动，但是郑芝龙却一点也不热心，他只想守着福建的地盘，隆武帝根本指挥不动他，所以只能看着江西义军被清军镇压下去，江西大部沦陷后清军就考虑进攻福建了。
当郑芝龙听到清军准备进攻福建的消息之后，郑芝龙就开始调动军队了，不过不是前进，而是后退，准备退到自己的老巢，据史料记载：“郑芝龙微闻之，因疏称“海寇狎至，今三关之饷取之臣，臣取之海，无海则无家，非往征不可。”拜表即行。”郑芝龙听到清军即将南下的消息之后，上疏隆武帝假称海盗袭击自己的大后方，而如今三关的军队的军饷都出自自己，自己的军饷来源都是海上经商所得，如果海盗破坏自己的大后方，会影响自己的经济来源。上完表也不等皇帝批示，马上率军撤离了。
所谓海盗，大多数时候就是倭寇
郑芝龙一撤，福建便无法坚守，隆武帝深知这一点，但是他也很无奈，因为他制约不住郑芝龙，所以无奈之下隆武帝只能选择与郑芝龙一起撤退。于是隆武帝“手敕留之曰：先生稍迟，朕与先生同行！”但是等皇帝的使者去给郑芝龙送手敕时，郑芝龙的船队已经航行了很远了。
隆武帝就这样被郑芝龙无情的抛弃了，而隆武帝也不能坐以待毙，所以他选择经江西退往湖南，与在湖南的南明其余势力靠拢。1646年八月二十一日，隆武帝从福州起行，清军一路追赶，终于在福建与江西交界的汀州，隆武帝被清军俘虏。
1646年10月形势图
被俘之后的隆武帝保持了他作为帝王的尊严，最终选择了绝食自尽，没有辱没自己的祖先。而郑芝龙手握当时东亚最强大水师，却不战而逃，而且连皇帝的安危都不顾，可谓不忠，而之后郑芝龙更是投降了清朝，还想为清朝招降抗清的儿子郑成功，不过郑成功最终也没有选择与清朝合作，郑芝龙因为丧失利用价值被清朝处死，可谓死有余辜。