清朝时期，山东省三大直隶州，现在一为地级市二为县级市
清朝初期，山东省区划基本承袭明制，经过近三百年区划调整，至清末山东共辖济南府、东昌府、泰安府、武定府、兖州府、沂州府、曹州府、青州府、莱州府、登州府及临清直隶州、济宁直隶州、胶州直隶州共十府三直隶州。
临清，明朝时期为临清州，隶属于东昌府，清初承袭明制仍隶属于东昌府，乾隆四十一年（公元1776年）临清州升为临清直隶州，领邱、夏津、武城等3县。
临清明清时期为我国重要的商业都市，人口过百万，“繁华压两京，富庶甲齐郡”，被誉为“天下第一码头”、“天下粮仓”。现在，临清为山东省聊城市下辖县级市。
济宁明初为济宁府，为山东六府之一，后降为济宁州，隶属于兖州府。清初承袭明制，仍隶属于兖州府，雍正二年（1724年）升为济宁直隶州，雍正八年复降为散州。乾隆四十一年（1776年），济宁州复升为直隶州，领金乡、嘉祥、鱼台等3县。
济宁是运河名城，明清时期依托京杭大运河，济宁成为我国当时重要的工商业城市，有“运河之都”“江北小苏州”之称。现在，济宁是山东十七地市之一，下辖任城区、兖州区、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县、泗水县、梁山县等2区7县，代管曲阜、邹城2县级市。
胶州，明朝时期属莱州府，清时承袭明制，仍隶属于莱州府，至清末清光绪三十一年（1905年），胶州升为胶州直隶州，领高密、即墨2县，1913年撤销，设胶县。
实际上，山东省在整个清朝时期还出现过数个直隶州，其中泰安直隶州、武定直隶州、沂州直隶州、曹州直隶州升为府，高唐州、滨州、东平州、濮州、莒州等升为直隶州数年后降为散州。
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