修建祖陵时，朱元璋犯了一个错，先人因此被淹水底300年
明祖陵是朱元璋高祖（朱百六）、曾祖（朱四九）和祖父（朱初一）的陵墓，除了朱元璋祖父有真身葬在此处，其高祖和曾祖只有衣冠。
朱元璋父亲（朱五四）早年从泗州盱眙迁居今安徽凤阳，明朝建立后，朱元璋开始追尊四代，要分别在凤阳和泗州建陵。凤阳明皇陵于洪武二年动工，但泗州建陵就麻烦了，因为根本没人知道他祖上葬在何处，只得继续寻找打听。
明洪武十七年，一位名叫朱贵的朱氏族人声称找到了朱元璋祖父的葬处，还带来了一段神奇的故事，说：朱元璋的祖父曾经遇到一位高人，此人发现一处风水绝佳的地块，告之如果死后能葬在此地，后人—定会出天子，朱祖父深信不疑，死后要求家人这么做。
朱贵不仅找到了朱元璋祖父的葬地，还将朱元璋曾祖、高祖的遗物都找到了。朱元璋对此十分兴奋，根据朱贵提供的线索，命皇太子到泗洪修建陵寝，朱贵因此获赐田宅、钞锭、金带等物，还被授予祖陵奉祀四品官，子孙世袭管理陵寝事宜。
朱元璋祖父的坟在河边，为了不破坏“龙脉”，祖陵紧靠洪泽湖因地而建，始建于明洪武18年，建成于明永乐11年，历时28年。据史料记载，明祖陵原有城墙3道，金水桥3座，殿、亭、阁、署房、官私宅上千间，规模宏大、气势雄伟，被称“明朝第一陵”。
朱元璋迷信龙脉之说可以理解，封建社会历朝帝王都有此信仰，但朱元璋选择将祖陵依水而建，其实是一个错误的选择。公元1680年，黄河泛滥，大量黄河水涌入洪泽湖，明祖陵也因此被淹没湖底，成了一座“水下皇陵”，渐渐被人遗忘。
1963年大旱，洪泽湖水位降低到历史最低点，这座淹没了300多年的“水下皇陵”才浮出水面。经考古专家研究，确认其是失传多年的明祖陵，但很多文物都在水中损毁，明祖陵也不再是史书记载的那样雄伟，相关单位1976年起开始对明祖陵进行修复，而且修筑防水大堤，明祖陵得到了很好的保护，1996年被批准为全国重点文物保护单位。