邓禹少时敏慧，追随刘秀屡立大功，成为云台阁功臣之首
邓禹少时敏慧，13岁便能诵诗，后游学长安。时刘秀也游学于长安，邓禹虽年幼，但见刘秀后，知其非常人，遂跟随刘秀，数年后方归家。
王莽末年，农民起义风起云涌，各地豪强纷纷拥兵自立。地皇四年（23年），刘玄称帝，年号更始，乡里豪杰多推邓禹起事，邓禹不肯从。更始帝拜刘秀为破虏大将军，封武信侯，不久命刘秀往定河北镇抚州郡。邓禹闻讯，即杖策北渡，追至邺（今河北省临漳县西南）地，始与刘秀相见。刘秀大喜，遂留邓禹同宿，做彻夜长谈。邓禹进言说：“更始虽都关西，今山东未安，赤眉、青犊之属，动以万数，三辅假号，往往髃聚。更始既未有所挫，而不自听断，诸将皆庸人屈起，志在财币，争用威力，朝夕自快而已，非有忠良明智，深虑远图，欲尊主安民者也。四方分崩离析，形势可见。明公虽建藩辅之功，犹恐无所成立。于今之计，莫如延揽英雄，务悦民心，立高祖之业，救万民之命。以公而虑天下，不足定也”。刘秀大悦，对邓禹深为敬重，令左右呼邓禹为邓将军，每遇大事，必与商讨。
不久，河北割据势力王郎起兵叛汉，邓禹随刘秀被迫离蓟（今北京城西南角）至信都（在今河北省邢台西南），得军数千人，令邓禹率领，攻拔广阿（在今河北省隆尧东）。刘秀舍城楼上，披舆地图，指示邓禹说：“天下郡国如是，今始乃得其一。子前言以吾虑天下不足定，何也？”邓禹说：“
方今海内肴乱，人思明君，犹赤子之慕慈母。古之兴者，在德厚薄，不以大小。”刘秀闻后非常高兴。
这期间，刘秀选任将领，多先征询邓禹意见，而邓禹每有所举，均当其才，因而刘秀深敬其知人。后刘秀派盖延攻击清阳不下，为敌所困，邓禹率军大破敌解围，生获其大将。继而又随刘秀连克邯郸及诸州郡，河北略定。
更始二年（24年），赤眉军西入函谷关。更始派定国上公王匡、襄邑王成丹、抗威将军刘均及诸将，分据河东、弘农以拒之。赤眉军人多，王匡等莫能当。刘秀估计长安将来必为赤眉所破，想乘机夺取关中。于是，刘秀知邓禹沉深有大度，拜邓禹为前将军，行王事，率精兵2万往，并令其自选偏裨以下的人与其同去，邓禹以韩歆为军师，李文、李春、程虑为祭酒，冯愔为积弩将军，樊崇为骁骑将军，宗歆为车骑将军，邓寻为建威将军，耿欣为赤眉将军，左于为军师将军，引兵西进。
邓禹
建武元年（25年）正月，邓禹率军越太行山，出箕关（今山西省垣曲和河南省济源间），进取河东（山西省南部地区）。河东都尉闭关拒守，经战十日，大破守军，夺获大批军资粮秣。继而又率军围安邑（今山西省夏县西北），但数月未能攻下。更始大将军樊参率数万人，渡大阳欲攻邓禹，邓禹派诸将在解南迎战，大破敌军，斩樊参。于是王匡、成丹、刘均等合军十余万，共击邓禹。初战，邓禹失利，樊崇战死。天黑后双方停战，军师韩歆和诸将见气势已挫，都主张乘夜退走，邓禹不从，认为王匡之军虽多，但势不强。第二天利用王匡停止进攻之机，重新组织队伍，调整部署。第三天清晨，王匡尽出其军攻打邓禹，邓禹令军中不得妄动，严阵以待，坚守不出。待王匡军至营前，猝然击鼓，全师猛扑，大破王匡军。王匡军至等皆弃军而逃，邓禹率轻骑急追，俘刘均及河东太守杨宝、持节中郎将弭强，将其斩杀，收得节六，印绶五百，兵器不可胜数,，遂定河东。
同月，刘秀已在鄗邑（今河北省柏乡县北）即帝位，派使者持节拜邓禹为大司徒。并说：“制诏前将军禹：深执忠孝，与朕谋谟帷幄，决胜千里。孔子曰：‘自吾有回，门人日亲。’斩将破军，平定山西，功暛尤著。百姓不亲，五品不训。汝作司徒，敬敷五教，五教在宽。今遣奉车都尉授印绶，封为酂侯，食邑万户。敬之哉”！邓禹时年二十四岁。
河东既定，邓禹又率得胜之师于汾阴（今山西省宝鼎）渡河，入夏阳（今陕西省韩城东南）。更始中郎将左辅都尉公乘歙，引其众十万，与左冯翊兵共同抗拒禹，邓禹败其军。这时赤眉军已进入长安，赤眉军军纪不好，百姓不知所归。闻邓禹军纪律严明，沿途秋毫无犯，故所向披靡，降者日以千计。“禹所止辄停车住节，以劳来之，父老童耭，垂发戴白，满其车下，莫不感悦，于是名震关西”。光武帝甚为高兴。
邓禹部众皆劝入关，直接进攻长安。但邓禹却取持重态度，不欲速进，面谕诸将说：“不然。今吾觽虽多，能战者少，前无可仰之积，后无转馈之资。赤眉新拔长安，财富充实，锋锐未可当也。夫盗贼髃居，无终日之计，财谷虽多，变故万端，宁能坚守者也？上郡、北地、安定三郡，土广人稀，饶谷多畜，吾且休兵北道，就彻养士，以观其弊，乃可图也”。于是乃引军北向旬邑（今陕西旬邑县），所过郡县，陆续归附。
光武帝因关中未定，而邓禹又久不进兵，遂下诏催促邓禹进兵长安，镇抚西京，诏曰：“司徒，尧也；亡贼，桀也。长安吏人，遑遑无所依归。宜以时进讨。镇慰西京，系百姓之心”。邓禹仍坚持前意，派军攻取上郡（今陕西榆林东南）诸县，留将军冯愔、宗歆守枸邑。自统主力平定北地（今甘肃庆阳和宁夏吴忠一带）。但冯愔、宗歆二人争权相攻，冯愔遂杀宗歆，因而反击邓禹。邓禹遣使问计于光武帝，光武帝问使者冯愔最要好的人是谁，使者说是护军黄防。光武帝猜冯愔、黄防不能久和，回报邓禹说：“缚冯愔者，必黄防也”。一个月后，黄防果然抓住冯愔。
邓禹
建武二年（26年）春，光武帝遣使者更封邓禹为梁侯，食四县。时赤眉内乱，西走扶风（今陕西兴平东南）。邓禹探得长安空虚，遂引军西来，倍道兼行，径入长安，屯兵于昆明池（在今西安市西南），大飨士卒。
邓禹引兵与延岑战于蓝田，不克。汉中王刘嘉向邓禹投降。但刘嘉相李宝倨慢无礼，被邓禹斩杀。李宝弟收集李宝余部攻打邓禹，并杀将军耿欣。自冯愔反叛后，邓禹威信稍损，又乏食，归附的人又相继离散。此时赤眉军复攻长安，邓禹与其相战，败走，退至高陵，军士饥饿，皆食枣菜。光武帝让邓禹还，告诫邓禹说：“赤眉无谷，自当来东，吾折捶笞之，非诸将忧也。无得复妄进兵”。
建武三年（27年）春，奉刘秀之命进击赤眉的邓禹，因“惭于受任无功”，率部至湖县（今陕西潼关东），邀冯异共同迎战赤眉军。冯异认为赤眉军尚强，应放其过去，东西夹击才能获胜。邓禹及其部将车骑将军邓弘邀功心切，急于迎战。邓弘率部与赤眉军大战整日，赤眉军佯败弃辎重退走，车上尽装泥土，仅用豆子覆盖在表面，邓弘军士卒争相取食。赤眉军乘机还军猛攻，邓弘军大败。邓禹、冯异合兵救之，赤眉军退。禹复战，大败，死伤3000余人，只带24骑逃归宜阳。冯异亦被击败，弃战马徒步逃出，退至回豁阪（位于湖县西），坚壁自守。
邓禹
邓禹因此战失利，引咎交上大司徒、梁侯印绶。数月后，拜右将军。延岑自败于东阳后，与秦丰联合。
建武四年（28年）春，邓禹与复汉将军邓晔、辅汉将军于匡在邓击败延岑，邓禹追至武当，再破其军，延岑逃往汉中，其众皆降。
建武十三年（37年），天下平定，光武帝加封功臣，封邓禹为高密侯，食邑高密、昌安、夷安、淳于四县。光武帝因邓禹功高，又封其弟邓宽为明亲侯。
“禹内文明，笃行淳备，事母至孝。天下既定，常欲远名势”。邓禹有十三子，各让其守一艺。修整闺门，教养子孙。光武帝更加重用邓禹，中元元年（56年），再行司徒事。
明帝即位后，以邓禹为先帝元勋，拜为太傅，当年病逝，终年57岁，谥元侯。