明朝一共有十六个皇帝，十三陵里“消失”了哪三人？
一，朱元璋
朱元璋25岁开始参加地方豪强郭子兴的红巾军起义，正式反抗元代统治。39岁，率领徐达，常遇春北伐中原，收复大片土地。40岁，于应天府称帝，建立明朝。
古代中国，非常重视墓葬，因为古人“视死如视生”，人们相信去世后灵魂仍在。与之对应，形成了独特的墓葬文化，例如选择墓穴的八卦风水学；按照不同等级划分陪葬品等等。
朱元璋定都南京以后，立刻为自己和皇后选择了陵墓位置：紫金山南麓，也就是今天的明孝陵。封建王朝天子选择墓葬，必定位于首都周边，而明代却是一个特殊的朝代，因为它有过两个首都。
公元1621年，第三位皇帝朱棣将国都由南京迁往北京，陵墓也一起更改。所以，明朝从朱棣开始的皇帝才被葬在明十三陵，而前两位帝王朱元璋和朱允文不在其中。
二，朱允文
朱元璋没有葬在十三陵中的原因是“迁都”，朱允文的原因则更复杂一些。
建文帝朱允文是明太祖的孙子，他的父亲在皇子中排行老大，本来被立为太子，但是却死在了朱元璋的前头，随后二皇子，三皇子接连早逝，因此爷爷去世以后，朱允文直接继位成了新帝。
四叔朱棣这会正在燕地为藩王，成了朝廷中的“不稳定势力”，皇帝想要削藩，王爷想要造反。矛盾激化，1399年朱棣发动靖难之役，推翻了建文帝的政权。
按理说，这也不是朱棣没能下葬的真实原因，因为虽然靖难之役的根本目的是夺权，却打着正义勤王的旗号。但是，此番之后，朱允文下落不明，彻底消失在了历史中。关于他的归宿，历史有两种说法：1.在大火中烧死了。2.通过宫中密道逃出宫外，去了云贵一带出家为僧。
但是总而言之吧，人都找不到了，更不可能进入墓葬。
三，朱祁钰
这个皇帝就是《女医明妃传》中黄轩扮演那位。
正统十四年，明英宗朱祁镇不听朝臣劝谏，一意孤行，亲征瓦剌，后惨败于瓦剌军师也先，明军死伤无数，关键大臣过半数丧命在这场战役中，史称土木堡之变。
虽然彼时明朝仍然处于全盛时期，一次败仗并没有对整体实力带来巨大损伤，可是潜在影响却是存在的：1.土木堡之变死去的大臣多是国家内的中坚力量，没有任何过度的情况下不得不重新选拔年轻人才填充朝廷，这也造成了明代行政体系内部的第一次断层。2.明英宗被困前线，太后和于谦等人推朱祁钰上台，是为明代宗。本来这是很简单的关系：哥哥出征，弟弟监国，太子继位，叔叔辅政。但是权力的熏陶下，让这段关系后期变成了兄弟相残：
朱祁镇回京，被明代宗圈禁，后明英宗发动政变，明代宗暴毙身亡。
二次称帝的明英宗再也不是曾经那个做事不计后果的小青年了，此刻在他身上，有了与年龄不相符的沉稳，猜疑，阴狠，以及……仇恨。
历史记载，复位不久的一次上朝，朱祁镇用阴郁的语气对大臣们说“皇弟（朱祁钰）近来身体好些了，我会好好照顾他的。”文武百官，闻之莫不心惊胆战。
朱祁钰死后，朱祁镇否定他的皇帝身份，连同杭皇后封号一起取消，将他葬在北京郊区的王爷陵墓内。明代宗虽然是迁都北京以后的皇帝之一，却因为以上原因没能够葬进十三陵。
后记：
1.正史大多说朱祁镇亲政瓦剌后惨败，是宦官王振在旁边怂恿，且又乱指挥导致。但是，即便果真如此，明英宗也不能逃脱责任。此种说法，有以宦官做挡箭牌的嫌疑，所以正文并没有把祸根归到王振身上，了解即可。
2.虽然在当时看来，能不能好好下葬是一件非常值得重视的事情。但是对于帝王而言，最重要的莫过于政绩，朱祁钰虽然“可怜”，但是比起末代皇帝崇祯又怎样？还有的朝代，有的民族，不讲究为身后事大兴土木，他们的首领死了，择一处安静的土地，埋下后万马踏过，也仿佛从未存在过一般。