在对日本关系上整个明朝时期一直都处于被动屈辱状态
次年，各国纷纷遣使向南京朝拜新天子，唯独派往日本的使臣久无音讯，日本也尚未来朝贡。直到后来明廷才查清，赴日使臣早已死于非命！他们一入日本，便被日本人袭杀，诏书也溺毁无存。
根据日方文献《明国书并明使仲猷、无逸尺牍》记载明僧致日本天龙寺信中所说，“舟至境内，遇贼杀，杀害来使，诏书溺毁”，洪武二年二月大明又派遣杨载一行出使日本九州，根据《明太祖实录》卷39记载：“诏书到日，如臣，奉表来庭；不臣，则修兵自固，永安境土，一应天修。如必为寇盗，朕当命舟扬帆诸岛，捕获其徒，直抵其国，缚其王”。
然而得到的结果却堪称中国外交历史上的奇耻大辱。
根据《明国书并明使仲猷、无逸尺牍》，见《日本史料 . 补遗》记载：
当时主持九州政局的的日本天皇之弟的“征西大将军”怀良亲王。此人一向以心狠手辣而著称。看完诏书，大怒之下大开杀戒，将明朝使团当场尽数斩杀！只留下正使杨载、从使吴文华。
杨、吴二使臣被后被关进监狱三月之久，羞辱一番后被驱逐出境。
随后便是倭寇频繁劫掠明朝，朱元璋没做到他吹嘘的“有为患于中国者，不可不讨”，反而在元朝海禁基础上制订了更严格海禁。
如洪武二年正月，“倭寇山东滨海郡县，掠民男女而去”；四月“倭寇苏州、崇明等地”；八月“倭入寇淮安”；三年六月“倭入寇山东，转掠温州、台州、明州等地，又寇福建沿海郡县”（《明太祖实录》卷三六、四○、四三、五三）。
洪武四年（1371）朱元璋宣布：“禁濒海民不得私出海”（《明太祖实录》卷七○），采用了禁海政策。
洪武十四年（1381）朱元璋“怒日本特甚，决意绝之，专以防海为务”（《明史》卷三二二《日本传》）。
二十七年（1394）又进一步申令“禁民间用番香、番货……敢有私下诸番互市者，必寘之重法”。到三十年（1397）还再次申明“人民无得擅出海与外国互市”（《明太祖实录》卷一三九、二三一、二五二）。
完全采取禁海政策，这一封闭政策对明初体制、经济都影响不小。
次年赵秩一行抵达，结果又被日本摆了难堪，闭门不见。赵只好托人向怀良亲王上书，毕竟代表天朝。
据《实录》记载，朱元璋对日本“蠢尔倭夷”的一番怒火，申明今天的中国已改朝换代，不是往昔元朝。
赵秩也厉色道“我朝之兵，天兵也，无不以一当百。我朝之战舰，非蒙古戈船，百不当其一”的言词。怀良听完轻蔑，并再一次挥起屠刀，要杀赵秩，但赵秩不惧。
不知道是不是这些口头起了作用，怀良对赵秩态度温顺许多。
一年后，怀良派了日本僧团随同赵秩回访明朝，顺便带了几匹马和土产，随团遣回了从中国掠夺去的七十名百姓，这也充分暴露了怀良与倭寇的直接关系。可朱元璋高兴得不得了，也不在乎明朝官员在日本的受辱，大摆宴席的亲自招待日本僧团。
根据《明太祖实录》记载，朱元璋厚加赏赐，对怀良本人也送去一份厚礼。之后选拔了8位僧侣组成新的使团，护送倭僧一行归国。
谁能想，怀良对回访明朝使团又苛待起来，傲慢的拘之二年，还不给明使一行起码的衣食，害得堂堂大明使团在九州落得如同乞丐，不得不卖衣为生。委屈辗转了一年有余，才通过京都的日僧联系上了北朝的幕府将军足利义满。（选自：《明实录》、《日本史料 . 补遗》）。
足利义满倒是出于经济上的巨大诱惑，主动与明交好。
靖难之役，朱棣登基，为了提现“天下共朱”的虚荣心，又开始拉拢日本。
当时日本正直南北朝之乱，国家稍安，足利义满从经济利益出发，不惜放低姿态，向大明称臣。甚至明使一到，足利义满亲率幕府集团诸大佬盛装出迎，对中国天子的诏旨鼎礼膜拜，以臣子模样，不顾国体，屈膝跪下，启读圣训。
这副虔诚的表演当然最大程度的迎合了明成祖做为天下共主的虚荣心。于是不计代价的大量赏赐，实行“厚往薄来”。
光是永乐五年，就一次赏给日本使团铜钱20000贯，再加上配套赏赐的白银、丝织品一共折合大约三、四万贯。日本官方拉到国内一转手，又获巨利数倍。这如何不让足利义满两眼放光，喜出望外？？和平的性价比如此碾压侵夺，于是日方也主动捣毁了对马等地的倭寇巢穴，把俘虏捉了送到大明，讨好求赏。日本各类朝贡团对赴明趋之若鹜，“凡舟车可至者，无所不届”。倭船一旦停靠中华，就如上宾驾到。货物自有明朝工役负责搬运，赴京沿途来回所过州县，尽有官府殷勤迎接，好吃好喝好招待，车、船、下榻的宾馆都一应俱全。
明朝向来拿实物换日本一些日本虚假，皇帝有面子，日本得到里子，只有百姓永远倒霉输血。明成祖一朝二十余年东征西讨，国内爆发声势浩大的唐赛儿起义，到了后期，国家财政穷得连百官俸禄都发不出来，但从未亏待日本。
自成祖之后，明廷还规定了庞大的日本使团（有时达上千人）的吃喝待遇：
“入朝者沿途往还，给支廪粮之外，每人肉半觔（斤），酒半瓶”，“若至会同馆，该光禄寺支送常例，下程每人日肉半觔、酒半瓶、米一升、蔬菜厨料；若奉钦赐下程，五日一送，每十人羊、鹅、鸡各一只，酒二十六瓶、米五斗、面十二觔八两，果子一斗，烧饼二十个、糖饼二十个，蔬菜厨料。”（郑舜功《日本一鉴》）
一个普通日本使团随员，获得的招待如此铺张浪费，竟比大明一个总兵还好！这还算了，日本使团先停靠浙江普陀，明朝竟安排多达100多条彩船绕队欢迎，馈赠丰厚的各类酒食饮品。迎到宁波，官方又要铺排大宴，一路抵京之后，都有专人伺候，不光佳肴美酒丰富，另外要给衣服、日常用品，唯恐不周，以一个300人的使团计算，一年明廷就要开销5000贯的招待费。甚至于，日本使团满载而归，返程归国时，明朝还要再支付30天的食物！明朝的民脂民膏，就是这样拿来白白喂养一群劫掠烧杀的倭寇。
《明太宗实录》记载：“永乐八年，“倭寇攻破大金、定海二千户所，福州罗源等县，杀伤军民，劫掠人口及军器粮储……遂乘势攻围平海卫城池。指挥王儁督战，百户缪真等战死。自辰至戌，贼始退散”
“永乐十三年七月初四，据朝鲜使节了解，当日“倭贼入旅顺口，尽收天妃娘娘殿宝物，杀伤二万余人，掳掠一百五十余人，尽焚登州战舰而归”
“永乐十六年五月，金山卫奏“有倭舡百艘，贼七千余人，攻城劫掠”，“敕海道捕倭都指挥谷祥、张翥，令以兵策应。又令各卫所固守城池，贼至勿轻出战，有机可乘，亦不可失。务出万全”。
倭寇每次次入侵就收割明朝军民一万多颗多人头。
同时期，也只有刘江在辽东望海埚之战，靠着高丽方面的情报援助，才打了一场漂亮仗。根据《明史》卷322记载：斩杀日本海寇742人，俘虏857人。
面对倭寇嚣张恶行，一向对臣民狠毒至极点的明成祖却表现大度，所谓“威之以刑，不若怀之以德”，将个双手沾满自家臣民鲜血的倭寇全部礼送回国。
到了大明宣德年间，日本政事再变。足利义教上位，转而又与明通好。
然后此时明朝财政困难，永久性终止了下西洋，从越南撤军，但面对日本的“善意”。便立马求之不得一般，继续实行变本加厉的金钱外交。
给了日本一种“明廷讨好它们”的错觉，通商期间便漫天要价，一把日本刀，竟要价一万文铜钱，少的也要两千文。
以至于后来明朝与日本之间的邦交，最后演变为明朝变相的向日本“花钱买和平”。
根据朱亚非《明代中外关系史研究》记载。
正德六年，日本方面不满明廷“所带刀剑超出规定太多，难以按价支付”，日本国使了庵桂梧公开在争价书中威胁明武宗，“若不答应要求，失我国主之心，废职贡之事，它日海寇闻风复集，其罪谁当？！”，对如此嚣张恐吓，明武宗竟然连据理驳斥都不敢，硬生生忍辱求全，按日方要挟付款！
罗振玉就在《中日文化交流史作者》一书中指出，大量的中国金银财宝涌入日本，使日本各阶层都获利巨大，运回的珍宝“堆积如山，目不暇接”，进一步加剧了中国百姓的负担。
根据《明实录》记载，在来华的众多各国使团中，以朝鲜、琉球使团最为文明、最为恭顺。只有日本使团，素质最低下，举止最放肆无礼，时常寻衅撒野，酿成大事。
景泰4年（1453），日本使团经过临清，目无王法，光天化日之下抢劫路边民居，又对前来阻止的明朝军官（指挥使）一顿暴打，几乎活活打死“殴之几死”。（选自《明英宗实录》）。
明弘治九年 ，日本使团路过济宁，因看中路边百姓财货，强买不成，便拔刀斩杀，又酿成命案，却照样不了了之。（选自《孝宗实录》）
成化四年，北京城中，天子脚下，日本国使臣麻答二郎竟然使酒撒泼，强买民物，遭拒绝后，光天化日之下拔刀斩杀京师百姓！然而明廷却“从对日邦交大局出发”，只是像征性的让日本使团出了区区十两烧埋银，日本使团行凶之后扬长而去。讽刺的是此时正逢大明开国100周年。
明朝对日本外交上的软弱造成了倭寇一次又一次的侵华，他们勾结中国的海盗，一起杀得江浙、福建一带村镇为墟，军民死难数十万之巨，一说“杀伤人民百余万”。（选自洪若皋《海寇记》。
明实录记载，仅仅嘉靖三十一年到四十三年的十年间，明朝仅参将以下武官就有107员死于倭寇刀下，“天下骚动，东南膏髓已竭矣。”
《倭志》里记载了明朝百姓惨象。一船一船的百姓在震天哭声中被倭寇掠走，到日本贱卖为奴，终世在日本人脚下当牛作马，受尽虐待。
一些日本浪人，甚至到了久居沿海，无恶不作的地步，对明朝女子随手搂入怀里纵情轻薄，或关在霸占的据点里，尽情玩乐，“裸形戏辱之状，惨不可言”。
日本倭寇“以必死为念”的民族气势，也远远压倒了“临阵畏缩，有必走之心”的明朝官军。选自郎瑛《浙省倭寇始末略》。
类似“三四倭奴，挺刃而至，官兵数百，相顾披靡”的丑事，数不胜数。以致战场上，“一人见杀，千人自溃”。选自归有光《备倭事略》。
嘉靖三十四年，发生了一起令人发指的大明国耻。
根据顾起元《客坐赘语》记载，区区三十几名倭寇，一路横冲直撞打到南京城南樱桃园，数百官军迎战不敌，被30余倭全部赶入一座“深丈，阔数尺”的大坎之中，坎中，明军人体“累累积几满”，无人反抗，被倭奴从容燃放火药集体活活烧死，扬长而去。
戚继光曾在《练兵杂记》卷二中痛心疾首的回忆，“我兵必死之念与习服之熟，与倭远甚！”
江浙闽广地方志也有记载，民众长期一日数惊，一有倭警，便如世界末日一般，“各乡民拥入城者几万计”、“哭声震天”、“报至，邑人皆鸟兽蹿”，形成了种族性的畏日本如虎的心理恐慌。有时，往往倭寇只二三人，民众也照样“人望之股栗远避，或延颈授首”，任其宰杀。
明代小说《拍案惊奇》中也生动反映，说明朝民众见到倭奴便吓得“一个个走动不得，要杀要缚，只得凭他了”。沿积数代，甚至形成了某种文化，闽浙民间普遍用倭寇来吓唬婴儿，止其啼哭。
明神宗万历时期，明军积极改革，高丽抗倭也为中华挽回些许颜面。但是百姓对倭寇的心理阴影却难以消除。
万历高丽战争刚爆发时，倭军正在高丽肆虐，万历朝名臣李颐路过北京南郊的固安县，却也发现当地民众闻风恐慌，害怕日本人杀过来，纷纷想弃家南逃。据《神宗实录》卷五二零记载，“该县人心汹汹，至欲契家南迁”，李颐见民众如此无理性的畏惧远在天边的日本，又急又气，再三再四的安抚解释，让大家放心，日本人不可能打到固安来，可县民们“终莫之信也”，反而加剧了猜疑，更加惶恐的“畏而速离其居也 ”。
这种无理性的城乡大逃命风潮又蔓延到附近常州，两个月后，常州郊外孟河庄渡口飘来一只船，船里下来的人中，据说有一人说“番语”。于是当地便恐慌万状，讹传为倭语，传来传去就成了倭奴将要杀来的谣言，再度酿成群体性踩踏惨剧，风声迅速传遍周边的武进、江阴、丹阳更“出口转内销”又传回无锡，于是各处骚动，“百姓惊蹿，一时拥挤，走失子女，压死老幼无数”。
即使援朝战争胜利16年之后，万历42年（1614），南中国又发生了一起堪称国耻的事件。此时，即使距戚继光平倭也已过去半个多世纪，江浙沿海已有几代人不见倭寇。但这年三月，人口稠密的无锡县又无缘无故谣传倭寇杀来，顿时人们也不辩真假，吓得城乡纷纷逃命，凭白酿成惨剧：“城野狂奔，浙直皆同。时无锡老稚争以入城，而蹂躏死者甚众”。选自计六奇《明季北略》。