如果吴三桂不投降清军，李自成能阻挡清军入关吗？显然不能
漠南整体沦陷，清军全面威胁中原地区
在我们的固有印象中，清军似乎只是从东北对中原地区形成威胁，其实这种局面早已改变，随着蒙古诸部的接连战败和投降，整个漠南地区都已经被清军占领。
在山海关难以攻破的情况下，盘踞于东北的清廷自然也在积极想办法，他们的办法就是向西扩张，将一盘散沙的蒙古诸部逐个击破，进而从整个北方对中原地区形成全面压制和威胁，为他们之后的入关做好准备。
早在努尔哈赤时期，蒙古科尔沁部、扎鲁特部便在清廷的联姻攻势下归附了后金，而土默特、喀喇沁、兀良哈等部因为之前进攻库图克图汗的原因，为了避免遭到报复，不久后也归附了后金。
而在皇太极即位之后，也将主要目标放在了库图克图汗身上。崇祯元年（1628年），皇太极派遣贝勒阿济格与喀喇沁部会盟，双方决定联手攻击库图克图汗。同年九月，皇太极亲率大军至绰洛郭尔，察哈尔部控制下的敖汉、奈曼、喀尔喀、札鲁特和喀喇沁等部均率兵前来会盟，此时的库图克图汗空有大汗之名，却已经陷入了孤立无援的境地，面对清军和蒙古联军，只能被迫退出西拉木伦河流域，至归化城（今呼和浩特）固守。
明崇祯五年（1632年）4月，皇太极再度亲率大军西征，会集蒙古诸部后向库图克图汗发动进攻，面对远胜自己的敌军，库图克图汗只能放弃归化城向西逃窜，但在大势已去的情况下，部众逃散十之七八，库图克图汗逃奔青海两年后在青海打草滩病逝。
明崇祯八年（1635年），多尔衮和岳托等人率兵万余渡河，招降了库图克图汗剩余的部众，孛儿只斤·额尔孔果洛额哲献传国玉玺出降。至此，整个漠南蒙古完全纳入了后金的版图。
防住山海关，并不能阻止清军入关
从清廷得到漠南之后的形势图不难看出，仅仅依靠一座山海关就要挡住清军入关显然是不现实的，如果要真正阻止清军入关，在巩固山海关的基础上，还必须加强整个北部边关的防御。
弘治年间，为了防御北部蒙古，明廷在东起鸭绿江、西抵嘉峪关，绵延万里的北部边防线上相继设立了辽东镇、蓟州镇、宣府镇、大同镇、太原镇（也称山西镇或三关镇）、延绥镇（也称榆林镇）、宁夏镇、固原镇（也称陕西镇）、甘肃镇等九个边防重镇，史称“九边重镇”。
在漠南整体沦陷的情况下，九边重镇除了辽东镇已经无用之外，其余八个边镇的作用则极为重要。因此，要防止清军入关，必须在控制山海关的同时，必须以八个边镇为核心，加强整个北部边关防线。
然而以当时的情况来看，李自成并没有任何加强北部防线的意图和行动。因此，我认为不论吴三桂如何选择，都无法阻挡清军入关的步伐，除非李自成意识到危机，迅速派兵加强北部防线，但我想短时间内是不太可能的。