大清此衙门技术性最强，也最有特点，很多官员要从民间百姓中选拨
虽说太医院级别不高，但却是一个技术性很强的机构，里面有品衔的御医、太医都不是通过科举考试选拨，而是通过另外一种方式进行铨选。按正常渠道，成为御医的先决条件就是要进入太医院，成为太医院的医官，具备医官资格，才有可能进宫服务。
太医院医官的铨选分两种情况：一是内部提拔，即在太医院接受学习的生员中，通过各级考试后择优录取；二是从民间医生之中选择医学造诣较高者，经太医院考核后，选拨任用。
正常情况下，成为太医院医官首先就是要进入太医院教习厅接受医学教育，进入教习厅的程序也因人而异。和其他行政单位相比，进入太医院的程序较为简单，只要有太医院官员作保，汉人由六品以上的同乡官员保荐，最后由太医院官查实其人确实粗通医书，通晓京语，便可进入太医院。
进入太医院后，还需经过面试阶段，面试合格者还不能马上成为正式编制，而是在太医院挂名，如同现在的实习医生。然后排队等待传其到院，获取教习厅入学资格。那些没有获得正式入学资格的人被称为“医生”，能够入院学习的医生称为“肄业生”。
太医院下所设教习厅，专门教授医学典籍，传播医学知识。教习厅设有教习数人，一般都是从御医、吏目中选拨而来，入选之人均是精通医理、品行端正。同治元年（1866年），太医院教习厅更名为医学馆，相关事宜改由医学馆主持。
进入教习厅学习的肄业生，每年照例还要参加四次考试，考试由太医院官员主持，考试成绩上报礼部记录在案。三年期满后，礼部堂官到院主持考试，试题基本出自《素问》、《难经》、《本草》、《脉经》及本科重要方书内。被录取者将升为医士；未被录取者的则继续学习，等三年后再考。
太医院的编制自上而下分为院使、院判、御医、吏目、医士。和其他衙门所不同的是，太医院的内部等级制度并不明显，无论尊卑，都要入宫当值，为皇帝、后妃服务的职责，因此，只要是考中医士便意味着迈出了御医的第一步。
根据清代史料记载，太医院的医官并非都是太医院自身培养起来的，有一部分都是从民间考取的。如康熙晚年，太医院有御医、吏目等105人，而每天在宫中各处轮值的就需要110人，可谓差多人少，况且太医院中还管理着宫内众多的药房，其人手更是捉襟见肘。
有鉴于此，太医院采取了应急措施，在各省民医和在职中下层官员中，选拨精通医理、情缘效力者，经过考察后予以录取。效力年久后，照例补授实官。
还有一种情况比较特殊，民间医生或是通医之人进入太医院后，并不入太医院编制，只是以应召医生身份在宫内服务，这些人的所有供应都由内务府拨给。一旦出宫后，仍然是从事他们的老本行。