张居正死后被清算的根本原因究竟是什么
一、张居正做首辅时几乎架空了皇帝
明朝开国皇帝朱元璋除了给子孙留下一个疆域辽阔的以外，还有一个《皇明祖训》，对很多方面作了明确的规定，比如：财政体系、货币政策、后世永远不得设立丞相等。这些规定中影响最大的就是“相权”，朱元璋定得死死的，200多年的明朝谁也不准再提设立丞相。历史上自汉唐以来，皇权、相权与民权历来分离制衡。皇帝贵为天子，但无权干涉具体事务；宰相虽掌握行政权，却由皇帝进行任免考核；另外，原则上来讲，皇帝和宰相都要受到台谏官的监督。汉唐能成为盛世，得益于这种三权分立，彼此监督制衡的政治构架。
朱元璋精力旺盛，长于谋略，但不能保证他的子孙都像他一样。自永乐以后，明朝皇帝逐渐开始偷懒，内阁应运而生，内阁成员品级不高，只有正五品，他们轮流帮皇帝阅览公文，并起草处理意见。可是明朝皇帝依然很繁忙，于是把拍板的盖印的任务交给了司礼监掌印太监。经过一百多年的发展，这套体制已经非常成熟。内阁首辅和司礼监的掌印太监分别有了“外相”和“内相”的称呼，成了不是宰相的宰相。如果朱元璋知道这事，估计会气得从明孝陵爬出来暴揍这些不听话的子孙。
隆庆皇帝驾崩以后，万历以10岁冲龄即位，时任内阁首辅高拱欲趁皇帝年幼之际，增强阁权，他以司礼监秉笔太监升任掌印太监的过程中存在猫腻为由，联合了朝中大批言官准备弹劾冯保，进而削弱司礼监的监督之权。没想到，冯保暗中和张居正结成了政治同盟。他凭借太后的宠爱，声称高首辅对10岁孩子做皇帝一点信心也没有，从而引起太后对高拱的不满，将其免职逐出京城。张居正就在此乱局中出任内阁首辅。为了获得司礼监的支持，方便推行改革，张居正屈尊对冯保大搞统战工作。可以说，有明一朝，以首辅之尊深结阉宦者，唯张居正一人而已。另外，张居正还竭力和李太后搞好关系，得到太后的高度信任。
张居正通过考成法改革，把考成的“事权”从皇帝手中转移到内阁里面，这样行政效率大为提升，于是他得以推行一系列的政治、经济、军事改革，国库存银持续得以积累。
可以说，张居正为了推行改革呕心沥血，如果有必要，他甚至可以架空皇帝。
二、本人过于张扬
张居正自己过于张扬也为后面万历对他的清算埋下了伏笔。万历六年，张居正向万历请假回荆州老家葬父，有河北的地方官给首辅大人进献了一顶32人台的豪华的轿子，轿子里面陈设非常奢华，张居正欣然接受。另外，张居正对身边的人约束不是很严。
三、小皇帝教育的失败
张居正对万历小皇帝的教育是非常严格的，他亲自给万历编了一本《帝鉴图说》来教育小皇帝。每逢万历有读错字的时候，张居正则厉声斥责。李太后对小皇帝的教育失策也起到了推波助澜的作用，每逢小皇帝不听话时，李太后则恐吓他要告诉张先生。特别是，万历八年小皇帝醉酒后在后宫胡闹，李太后盛怒之下，扬言要废掉万历。此事吓坏了万历，还是张居正打圆场，帮皇帝起草罪己诏发布天下才作罢。
四、万历贪财的本性
万历继承了他外祖父李伟贪财的本性，他听到大臣汇报说张居正家巨富的消息的时候，下定决心抄没张家。当然后面才抄了10万两银子，令他大失所望。
总而言之，因为以上种种原因，在张居正死后不久，万历对张居正进行了彻底的清算。最根本的原因是张居正做首辅时几乎架空了皇帝。