南陈政权灭亡，智顗转而成为隋王朝的支持拥护者
传说正当陈朝君臣大肆兴佛，祈求佛法神灵保佑之际，北方隋朝决定用兵南下，以武力统一中国。开皇九年(589年)，隋朝大军南下，势如破竹，举攻克金陵，尽俘陈后主及陈朝公卿百官，由此，佛教并没有给陈朝带来命运的转机，南陈政权灭亡。
金陵换代易主之际，智顗带领门徒出走荆湘，云游于江西、湖南一带。他力图借此机会摆脱世俗，远离政治，全心致力于弘法传教。但智顗此时的处境却显得比较尴尬，作为效力陈朝的护法国师，他的行踪有人注意，说经有人干预。一次，他在荆州故乡集众讲经，竟遭地方官吏干涉而不得不中止讲论，草率结束这场集众说法活动。这在智顗以前的佛事生涯中是从未发生过的，对他的刺激很大，以至于临终之际还念念不忘此事，并把它作为生平六大遗恨中的第五恨写入遗书。
但智顗毕竟是一代弋佛学大师，于当时社会影响极大，在各阶层人士中享有崇高声望。让这位昔日为陈朝布道护法的高僧转向支持隋朝，以其杰出的佛事活动效力于新政权，这对刚刚完成统一中国大业的隋统治者巩固其统治来说，无疑具有不可估量的社会影响和政治作用。基于这一考虑，隋文帝杨坚在灭陈后不久，专门为智顗发出一道内容如下的敕书“皇帝敬问光宅寺智顗禅师：朕于佛教，敬信情重。往者周武之时，毁坏佛法，发心立愿，必许护持，及受命于天，乃即兴复，仰凭神力，法轮常转，十方众生，俱获利益……师既已离世网，修己化人，必希奖进僧侣，固守禁戒，使见者钦服，闻即生善，方副大道之心，是为出家之业。若身从道服，心染俗尘，非直含生之类无所归依，抑恐妙法之门更来谤言。宜相劝励，以同朕心”。
这道敕书反映出隋统治者对智顗的态度是既猜疑防范，又劝导笼络。朝代更替，时世变迁，智顗积多年来弘法传教的经验，深知佛法的弘扬必须依赖于现世政权，如果得不到当世统治者的合作与支持，要使佛法兴盛，弘扬四方，根本不可能。以佛门利益为重，智顗深明大义，在隋朝统治者的劝诫勉励之下，改变态度，转而成为隋王朝的支持拥护者，并积极寻找机会，谋求与隋朝统治者进行合作。