康熙得知他还在世，纵是70多高龄依然斩草除根，其子嗣皆被杀害
朱由检也就是我们现在所称的崇祯帝，朱由检是一个晚明最有智慧的皇帝，只是时不他待，留给他的时间不怎么充裕，他继位后大力铲除阉党，勤于政事，生活节俭，曾六下罪己诏，是位年轻有为的皇帝。惜其性多疑，无法挽救衰微的大明皇朝。在位期间爆发农民起义，关外后金政权虎视眈眈，已处于内忧外患的境地。
1644年，李自成军攻破北京时，崇祯皇帝没想过继续活下去。但是，他也没有想过绝后。于是，他把自己的儿子们分别送往外家。而女儿们，不是被他杀了，就是被他重伤。
可惜的是，他的儿子们并没有得到一个好的结局。由皇后所生的长子，在李自成进京之后就不知所踪，消失在历史长河中。次子早夭，而由皇后所生的三子和贵妃所生的四子，与长子一样，在李自成进京之后，也同样不知所踪。六子和七子也夭折了。自己于煤山自缢身亡，终年34岁，在位17年。
崇祯的子嗣有一个儿子安然无恙的活到了康熙年间，康熙一听到他还活着，直接下令天下搜索，最后抓到虽说没罪依然处死，他就是时人所称的朱三太子——朱慈焕。
朱慈焕崇祯六年出生，甲申之变时，年十二，仓皇出奔，流离颠沛。在大顺军中与两个哥哥失散之后，与一位姓毛的将领逃到了河南，种了一年地。后因为清政府清查“流贼”，姓毛的逃走，他只能一个人流浪。十三岁到凤阳，遇到一位姓王的前明老给事中，细询根由，执手悲泣，乃留在王家，改姓“王”，名士元。
年十九时，王家突遭变故，慈焕再度流亡江湖。至一佛寺中削发为僧，偷生度日。
后又往浙中，结识一个姓胡的余姚人，亦明官员后裔，后两人谈经论文后，胡颇钦佩他的才学，劝他还俗，并将女儿嫁给她。从此朱慈焕以余姚王士元为名靠教私塾为生。
康熙四十七年时，朱慈焕已达七十五岁高龄。并且组成了有一妻一妾，六子三女一个孙子的大家庭。他对于自己的身世一直守口如瓶，但作为明朝皇室的嫡系子孙，他最终也没能摆脱那高人一等的意识，他按皇家的传统，在为所有的儿子取名时以“和”字排辈，最后一字都为带有土部的怪字。这些举动逐渐为人们所注意，一位念一和尚在浙东起义时便打着他的旗号，终于使这位隐藏了几十年的前明龙种遭到了灭顶之灾。
虽然朱慈焕已到了风烛残年，并且并无叛逆之心，但最终康熙帝以其“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心”“朱之父子不可宥。”将朱慈焕及其子嗣彻底肃杀，朱慈焕凌迟处死，所有子孙除死于狱中的，全部斩立决。
朱慈焕虽然没有做谋反的大事，但很多明朝留下的忠臣依然在康熙年间打着明朝太子的名号进行反清复明的活动，这当然让康熙不舒服，早就想给明朝的皇族一个一网打尽，这样康熙就可以让那些试图反清复明的人士没有名正言顺的招牌来威胁到满清的统治，所以就是匹夫无罪怀璧其罪的道理。