孙恩之乱——东晋百年门阀政治的落幕序曲
尽管晋室南迁、中原板荡，一众随迁而来的北方豪强地主们仍然凭借着自身雄厚的经济基础和政治特权，与当地吴姓士族、司马皇室共同瓜分了整个东晋内部的社会资源和上升通道，以至于形成为后世称之为“门阀政治”的独特现象。
门阀虽立，历史也从来不会如同一潭死水、波澜不惊。就在这些巍冠博带、闲适安逸的世家大族们继续为着自身的政治权力与经济利益暗自博弈、挥刀相向时，来自东晋社会深刻的统治危机也将他们彻底拉下神坛。
奇妙的是，东晋统治危机的肇事者却来自门阀大族们自以为坚不可摧的士族联盟。
公元398年，此时的东晋朝廷正面临着以桓玄为盟主的诸多藩镇，占据建康以西的州郡，而朝廷政令只能施行在东方的会稽、临海、永嘉、东阳、新安、吴县、吴兴、义兴八郡的残酷分裂局面。
于是乎，无论是为了抵抗西面桓玄、北方蛮夷强大的军事压力，还是为了维持庞大东晋朝廷的日常活动运转，一系列沉重的赋税剥削就这样自然而然地压在了八郡的普通民众身上，而日益沉重的赋税也日益激起了底层群众的不满。
就在这时，出生次等士族却因政治抉择失误而走到东晋朝廷对立面的孙恩站了出来，再次背叛了自身“高贵血统”，选择了裹挟民众、信徒与庞大的士族集团为敌。
公元399年，正当执政的司马元显为防御王恭等人的进攻，广泛征召江南八郡“免奴为客”者（指本身或父祖是奴隶，但已放免为佃客的壮丁）集合建康充当兵役，号称“乐属”，引起广大利益受损的中小地主和佃客怨恨时，流亡海岛的孙恩也趁机协从信徒、党同百余人攻破上虞县，然后以传统的“滚雪球”的造反方法裹挟民众攻破会稽府城山阴，杀城主王凝之，屠戮本是王羲之、谢安等北方士族聚居的会稽府人。
正如那句“哪里有压迫，哪里就有反抗”的老话。就在孙恩等人在会稽大肆杀戮士族、劫掠财富的同时时，东晋的其余七郡对士族心怀不满者也相继起事，攻杀晋官吏、响应孙恩。不过短短十天，以裹挟民众、招纳响应起义者等方法聚拢士兵的孙恩部众便高达数十万人！不久，孙恩更是挥兵吴郡、吴兴，将南方士族的中心居地捣毁的一干二净。
会稽、吴郡、吴兴三郡并称“三吴”，属于当时东晋人口最为密集、经济最为发达的地区。而当叛乱的旋风来临，原本世家大族麾下卑贱的园丁、佃户也将世代残酷的压迫以铁和血的形式通通还返。讥讽的是，当叛乱的派生物——饥荒、疾病肆意横行时，满门显贵的世家大族也只能在绝望中身披玉衣、坐拥财宝地满门饿毙、再无昔日的辉煌荣耀。
所幸此时的世家大族虽是争权夺利、彼此攻讦，仍不失为东晋精英。
不久，听闻命脉受损、意识到问题严重性的东晋朝廷立即派遣徐州刺史谢琰、兖州刺史刘牢之亦率军讨伐孙恩。谢琰先是收复义兴、吴兴两郡，后是与北府兵大将刘牢之两军合兵共进，大破孙恩军队于钱塘江附近。若不是孙恩急中生智以金银掷地断后，而刘牢之的大军忙于拾捡财宝无力追击，恐怕他逃到海岛上的机会都没有了。
出乎意料的是，再次潜逃回岛的孙恩带着自己的部众、信徒为东晋朝廷上演了一幅新时代的战斗情景“海盗袭陆”。
待到孙恩再次从海上来袭，负责海防谢琰出战但战败，反被帐下督张猛所杀。公元401年，孙恩更是起楼船千艘、士卒十万意图从海上进攻建康。吓得建康内外戒严，百官入居台省，城内各军亦驻守要地，豫州刺史司马尚之也连忙率军入卫建康。
奈何掌握国家机器和正统道义的东晋朝廷还远没到达自我崩溃的边缘。
当孙恩在丹徒登陆时，却遭到自海盐追击而来的刘裕大败。及后刘裕率兵讨伐，在多次战斗后大破孙恩军，孙恩的实力也是由盛转衰，被逼沿海退走。公元402年，当走投无路的孙恩再攻临海郡、劫掠生活物资时，临海太守辛昺也是将其击败。无奈的孙恩为避免被晋军生擒泄愤，只得投海自尽，结束了自己波澜壮阔的“海盗”生涯。
不过，以陈郡谢氏谢琰战死、庶族刘牢之接任为代表的世家大族兵权的丧失和以三吴地区世家大族庄园农庄的摧残为代表的经济根基的动摇，却使得这些自诩高贵的世家门阀们在寒门、庶族崛起的冲击下愈发无能为力，最终为出生北府兵的平民刘裕夺得了南方政权。