清朝收复台湾的关键之战：澎湖海战
澎湖海战是清康熙二十二年(1683)，福建水师提督施琅率师于澎湖海域歼灭明郑军主力，收复澎湖、台湾，统一中国领土的作战。澎湖海战是清朝为了消灭郑氏王朝所发动的战争，虽然郑军一度击退清军，最后仍然由清军获胜。澎湖被占领后，郑氏王朝已无力抵抗清军，只得投降，结束在台湾历经22年的统治，台湾也因此成为清朝的领土。
康熙十六年(1677年)，清朝恢复福建水师体制。康熙十八年(1679年)，任命湖南岳州水师总兵官万正色为福建水师提督。至是年年底，福建水师有战船240艘，官兵28580名。
康熙十九年(1680年)，郑经和清朝的战争失利，放弃厦门、金门，退往台湾。 福建总督姚启圣打算趁势进攻台湾，但遭福建水师提督万正色反对，加上一些大臣支持万正色的看法，康熙帝也顾虑在西南的吴世璠未解决，决定暂缓进攻。
康熙二十年(1681年)，郑经中风而死。郑氏王朝发生政变，年仅12岁的郑克塽继任延平王，大权实际上为冯锡范、刘国轩掌握，郑氏官员向心力开始动摇，负责与清朝谈和的傅为霖甚至愿当内应。姚启圣认为是进攻台湾的好时机，但万正色仍反对出兵。 姚启圣知道施琅仇视郑氏王朝，必能帮助他击败郑军，便向康熙帝推荐施琅。康熙帝也不满万正色反战的态度，便同意施琅担任水师提督，万正色调任陆师提督。
按照康熙帝规划，应由姚启圣、万正色、巡抚吴兴祚一起商讨作战，施琅却打算排除姚启圣等人的节制，以便能全权进攻台湾，不过康熙帝只同意吴兴祚负责后勤，仍然命令姚启圣和施琅共同出兵。
康熙二十一年五月初五(1682年6月10日)，清军抵达铜山岛，姚启圣和施琅却在争执出兵时机，姚启圣主张利用冬天的北风，施琅主张利用夏天的南风，导致清军无法顺利出兵。最后康熙帝于十月初六(11月15日)裁定施琅负责前线作战，姚启圣改任后勤作业，才让施琅如愿取得统帅权。 十一月初三(12月1日)施琅率领约21000人，军舰238艘前往兴化平海卫训练军队。
姚启圣军权旁落后，为避免施琅独得战功，转而和郑氏王朝谈判。但是施琅主战意志坚决，且负责谈判的刘国轩不接受剃发易服，谈判因此破裂。康熙二十二年五月廿三日(1683年6月17日)康熙帝下令施琅尽速进攻，因此爆发六月(阳历7月)的澎湖海战。
康熙十八年(1679年)起，清朝实施迁界令，严重打击郑氏王朝的贸易，粮食补给也出现问题，郑经下令每户人家每个月必须多缴一斗米，将领也必须用自己的俸禄充军，仍没办法解除危机。当时英国商馆就如此看待郑氏王朝： “台湾王之境况甚不安定，不易抵抗满清人，满清人常施恫赫，国王因其财富被消耗，故每日向人民横征暴敛，亦不能使军队满意。是以我国不惟受敌人(清军)之威胁，亦恐军队(郑军)因缺饷而叛变。”
康熙十九年(1680年)，郑经退守台湾后，澎湖成为前线要地，防守却很薄弱。直到十月，施琅抵达厦门以及傅为霖为清军内应事情爆发， 刘国轩才前往澎湖强化守备。刘国轩抵达澎湖后，在娘妈宫、风柜尾、四角屿、鸡笼屿筑城; 东莳、西莳、内堑、外堑、西屿头、牛心山设置炮台。同时在海边建造矮墙并配置火铳，阻止清军登陆。
康熙二十二年(1683年)，刘国轩得知施琅准备进攻，便从台湾本岛调度乡兵到澎湖，并将商船以及私人用船都改为军舰(大小炮船、鸟船、赶缯船、洋船、双帆等各式战船约200艘)，准备决战。
康熙二十二年六月十四日(1683年7月8日)，施琅从铜山岛出发，姚启圣也拨3000人同施琅出征(清军24000人，大鸟船70艘、赶缯船103艘、双帆居船65艘)。 十五日郑军哨船发现清军已到花屿、猫屿一带， 赶紧回报刘国轩，当晚清军在八罩岛过夜。
十六日(10日)施琅进攻娘妈宫，以速度快的鸟船当作先锋。刘国轩让林升、江胜指挥水军;邱辉为先锋， 自己在娘妈宫港口督战。当时受风势阻扰，清军不敢前进，只有以蓝理为首的7只舰队突入郑军。
施琅再派出第二波鸟船部队，交战不久后开始涨潮，一些清军船只被海水冲向岸边，郑军趁势将舰队分成两翼包围清军。 施琅见状赶紧突入郑军，想解救被围困的船只，却被林升率军包围。施琅在交战中被火铳射伤右眼，不过没有失明; 林升也被大炮打断左腿。林升负伤让郑军失去指挥，施琅借机撤离战场，到西屿附近的海上休息。
施琅于十七日(11日)返回八罩岛，八罩岛地形险恶，船只遇暴风很容易撞上岛边的暗礁，农历六月又是容易发生台风的时节， 施琅却很幸运没碰到台风。刘国轩得知清军在八罩岛休息，亲自进攻却被施琅击退。 施琅趁势于十八日(12日)先派战船攻取澎湖港外虎井屿、桶盘屿。
二十二日(16日)早七时，施琅决定发动总攻击，将舰队分成三路进攻，剩下约80艘当后援部队：
中路：共有56艘船，分成8队，每队有7艘船。由施琅亲自指挥，作为主力进攻娘妈宫。
右路：共有50艘船，由总兵陈蠎等从澎湖港口东侧东莳攻入鸡笼屿、四角屿，之后会合中央部队夹攻郑军。
左路：共有50艘船，由总兵董义等从澎湖港口西侧内堑攻入牛心湾，让郑军误判清军要在此地登陆。
天亮前，开始刮起台风。辰时(7时—9时)受台风影响，海上吹起西北风，郑军顺着风势进攻，一时处于优势，清将朱天贵被炮击而死。到了中午，台风受到赤道锋面带的影响，海上开始吹南风，风向转变成对清军有利。施琅命令全军反攻，顺着风势发射各种火器，并且以数船围攻郑军一船，郑军全面崩溃，江胜战死、邱辉自焚。共毙伤郑军12000人，俘5000余人。击毁、缴获战船190余艘。刘国轩眼见大势已去，率领残余部队从北面吼门退往台湾，澎湖各岛郑军都向施琅投降。清军阵亡329人，伤1800余人，船只无一损失。
施琅战胜后，考虑台湾水道非常险恶，进军困难。施琅决定暂缓进攻，采取攻心战术，让郑氏王朝从内部崩溃。施琅在澎湖禁止杀戮，张榜安民;发布《安抚输诚示》。派原刘国轩副将曾蜚赴台， 派人医治受伤战俘，并配给他们衣服、粮食，再将士兵送回台湾。还拉拢郑军将领为内应，防守淡水的何佑首先私通施琅，其他将领也跟进。
郑军战败消息传到台湾，人心开始不安。为了延续政权的生存，有将领提出进攻菲律宾，得到冯锡范同意。却传出远征军只想抢劫，还打算逃往海外，因此刘国轩阻止此计划。七月十三日(9月3日)，施琅率军在台湾登陆。后来在刘国轩大力主张下，郑克塽于七月十五日(9月5日)向施琅投降，并于八月十八日(10月8日)剃发易服，郑氏王朝正式灭亡。
郑克塽投降后，清廷为了是否把台湾并入版图产生争论，不少大臣认为台湾孤悬海上，治理以及防守花费不小，主张弃守。最后施琅以台湾战略地位重要，说服清廷将台湾并入版图。
澎湖海战交战双方的兵力大体相当，郑军经营澎湖多年，设防据守，以逸待劳;清军渡海作战，远来疲惫。郑军处于有利态势，而结果却一败涂地，全军覆没。除政治腐败，士气不高以外，指挥上的失着应是一个重要原因。
首先是防御部署上的错误。郑军只注意防守八罩水道以北的北大山、西屿、北山等大岛，而忽视了在八罩水道以南的八罩、虎井、桶盘、花屿、猫屿等诸小屿设防，这就使南来的清军水师得以乘虚入据，成了清军驻泊、休整和出击的前进基地。
其次是消极防御，贻误战机。当清军水师经过30多小时的航行，抵近澎湖时，郑军宣毅左镇邱辉对刘国轩说：“乘彼船初到，安澳未定，兵心尚摇，辉愿领烦船十只，同左虎卫江胜贯阵却之。”建威中镇黄良骥也说：“先发制人，半渡而击，正合兵法。”刘国轩却说：“炮台处处谨守，彼何处湾泊?当此六月时候，一旦风起，则彼何所容身?此乃以逸待劳，不战可收全功也。”遂按兵不动，使清军水师得以顺利到达澎湖，环泊花、猫二屿。邱辉又建议：“乘夜潮落，冲舟宗击之”，又遭拒绝。十六日，清军出战不利，千帅受伤。邱辉建议乘胜夜袭，刘国轩仍以等待飓风使彼自覆为由未予采纳。邱辉说：“兵法有云：半渡可击，立营未定可击，乘虚可击;今敌患三者，而不乘其势，若早晚无风，合万人为一心而死战，将奈何?”刘国轩不听部属的合理建议，三次放弃歼敌的有利战机，把取胜的希望完全寄托在可期而不可必的风暴上，结果是风未至而兵已败。
第三是冒险决战，全军覆没。战史上因主帅胸无全局，迁就眼前事变，由消极防御变为冒险决战的事例时有发生。郑军的作战方针本来是以澎湖为重点设防固守，刘国轩本人也不愿主动出击，而是指望海上风暴会使清军不战而败。既然如此，就应该充分利用防御工事，保存有生力量，避免与清军决战。刘国轩见不及此，当施琅发起总攻时，亦率全部海上兵力迎战，终于全军覆没。
在澎湖海战中，清军之所以取胜，除战船装备精良，将士作战勇敢之外，也是与作战指挥的正确分不开的。清军水师统帅施琅“治军严整，通阵法，尤善水战，谙海中风候” ，因此在指挥上有许多独到之处。在渡海时间上，他一反在东北风季节渡海的传统，选在西南风始发的六月中旬。有人间这是什么原故，施琅说：“北风日夜猛，今攻澎湖，未能一战克，风起舟散，将何以战?夏至前后二十余日，风微，夜尤静，可聚泊大洋，观衅而功，不过七日，举之必矣。”
这种选择曾经遭到姚启圣等人的强烈反对，但施琅始终不为所动。实战证明，这一选择是正确的，它保障了清军水师在发起总攻前的安全锚泊。在渡海航路上，以往从大陆到台湾，都从金、厦出航，而施琅又一反惯例，把出航点选在靠南的铜山岛。因为水师从铜山出航后可利用西南风，直取澎湖以南郑军未设防的诸岛屿，以作为前进基地，然后向北转入澎湖海域，这样便始终处于顺风顺流的有利阵位。实战证明，这种选择是正确的，取得了预期的效果。在战术上，集中兵力，速战速决。澎湖海域六月多风，深谙海情的施琅是知道的，在初战小挫之后，便立即抓紧再战准备，并不失时机地发起总攻。施琅除分兵二路，从东、西两个方向进行佯动和箝制以外，在主攻方向上集中了56艘主力战船，并以五船合攻一船，逐次歼灭了郑军主力，而清军水师却无一船损失。一场大规模海战，损伤如此悬殊，这在海战史上也属鲜见。
依据《天妃显圣录》记载： 施琅进攻澎湖时，抵达八罩岛，岛上缺乏淡水。清军挖开退潮后的沙地，发现有淡水可供饮用。妈祖还告诉清军“二十一日必得澎湖，七月可得台湾。”和郑军决战的日期，清军将士还看到妈祖现身。施琅认为是妈祖庇佑清军战胜，因此于康熙二十三年(1684年)，康熙帝加封妈祖为护国庇民妙灵昭应仁慈天后。