康熙帝平定三藩后，吴三桂的家族和大臣们都怎么样了？
1681年冬，清军进入云南省会昆明，吴世璠被迫自杀，结束了长达八年的三藩之乱。自云南光复后，清政府面临的最大问题是如何处理善后，如何处理吴三桂叛乱的残余势力及其部署。康熙帝的目的是本着惩恶扬善，宽宥恐吓的政策，根据罪行的轻重区别对待。
首先是
严惩吴三桂的党羽。康熙二十一年正月，王会议作出决定，将吴三桂的遗骨分发各省，散布天下。刑部当众绞死了吴世璠的头；马宝、夏国祥、李本深、王永青、蒋易等。背叛党的，当年全部处决；高起龙、、巴阳原、郑王、李斩首示众，妻女财产登记为官。四月，兵部奏告胡的子女、王绪、李匡等重罪，并将他们的妻子、女儿和家人全部送往内务部。
其次，叛臣被赦免死罪，革职。康熙二十一年六月，官方称由王之子、前太仆寺卿、前连长郭毅交代罪行。但是康熙认定他们的罪行是"从小偷"，被赦免死罪，被遣送回原籍，以示宽大处理。当年12月，康熙再次颁布法令，在三藩之乱中具有朝廷效力的那些官员，酌情允许留任。
到康熙二十二年二月，朝廷对吴三桂调配的处理基本结束，除了极少数广西巡抚陈洪铭"亲情极其可恨"被流放到宁古塔，没有财产的，全部回乡，不再追究。
最后，吴三桂诸侯被革职。康熙二十一年四月，康熙帝下令，将吴三桂的亲属、家眷及其将领、总兵、中队长随清军六次押往北京，并将军衔以下的下级军官、游击队直接分配到河南、山东、湖广、江西四省安置。这既体现了朝廷的宽大政策，也使叛军无法聚众作乱。
后来清廷派吴三桂的部分士兵到东北开原县上阳堡驻地服役。同时还规定:"凡属犯法者，应入官匠役、家属、人口。私自进京者，勒令送部。如果已经为民私放，也是责令为先。隐瞒不报者，移交部复议。像往常一样，人们正在计划犯罪。"
持续八年的三藩之乱虽然给清廷带来了严重的打击，但对康熙来说也是一次难得的机会。他借机平定三藩，在制度上做了一些重大调整，有效地集中了皇权。
魏源曾经说过:"自从三藩市被平定后，我再也没有把军权和土地交给臣下，元恭所有的王子都留在了首都。宗室从太子到曾在恩宠中服役的将军，都有俸禄和农场；英雄们从一等公到恩齐威二十六等，有世袭之别。""虽各有镇守将军，但掌管兵权，不善财利，与文官相互牵制。名义上是政府，实际上不是。缓冲地带，得失两千年，就此决定。"
也就是说，自三藩之乱以来，朝廷收回了原地方藩镇的势力，地方将领风平浪静时进京朝觐，兵权集中在朝廷。像吴三桂、耿仲晶、尚志新他们以前都不骄不躁，以至于造反的事情就此杜绝了。
三藩之乱后，藩属全部归朝廷，清廷30多年的藩属兵制度宣告终结，军队编制也由此定型。清廷在撤藩的同时，还对一些反叛的专家进行了单独处理。如部由汉军接管，王部被取消，大大提高了军队的中央从属地位。
此外，清廷还在边疆和地方城镇增设了八旗和绿营。康熙十九年，康熙帝撤平南、京南后，在广州、福州设立八旗守备，开始整顿军队。康熙二十年十二月，正在议政的王在云南复辟，提出在荆州、湖广、陕西汉中等地驻军。还约定荆州设八旗将军1人，副都督2人，八旗兵3600余人。汉中有一个将军，两个副将和3000人。在广西和云南，清廷加强了绿营的兵力。
清廷在荆州、汉中、Xi安等地驻军，是在总结三藩之乱后加强全国统治的有力举措。特别是在荆州驻扎了6000多人，荆州在世界各国之中，是世界上最大的城镇，大大增强了清朝控制全国的力量。此后，清廷由朝廷直隶官军驻防，广州、福州等地八旗的设立也成了定制，直接加强了中央的中央集权统治。